列奥纳多是塞萨尔·博尔吉亚的主要近臣之一。
耶稣纪元1502年，本公爵在罗马涅执政第二年8月18日于帕维亚发此执照。罗马涅公爵塞萨尔。Cesar Dux Romandiolae．
1502年秋，他决定向波洛尼亚的统治者本蒂沃利奥进军，以便占领这座城市以后好用它充当新国家的首都。附近的各个统治者都惊慌起来，他们明白，他们中间的每一个人迟早都将依次成为塞萨尔的牺牲品，他幻想着——消灭一切敌手之后，宣布自己是整个意大利唯一的专制统治者。
这个时候，列奥纳多在日记里写道：
9月28日，瓦伦蒂涅的敌人——枢机主教保罗、格拉文诺公爵奥西尼、维特洛佐·维特利、奥利韦拉托·达·菲莫、佩鲁贾的统治者吉安·保罗·巴利奥尼和锡耶纳的统治者潘多尔福·彼特鲁奇的特使安东尼奥·乔达尼·达·韦纳夫罗在卡尔皮边境上的马乔内城集会，结成反塞萨尔的秘密同盟。维特利像当年汉尼拔一样发誓——在一年之内消灭共同的敌人，或者把他俘获关进牢狱，或者把他驱逐出意大利。
他对践踏精神平衡的法则无动于衷，只字不提，而对罗马涅车辆构造违反力学法则却不能容忍。
“在罗马涅，使用四个轮子的车辆：前面两个轮子小，后面的两个大；这种构造很荒唐，因为按照物理学原理——参见我的《自然要素论》第五节——全部重量都压在前面的轮子上。”
这是列奥纳多将来视察各要塞的通行证。
他根据公爵的委派，在被占领的城市里建造富丽堂皇的建筑物，宫殿、学校、藏书楼，从而美化这些城市，同时还在遭到破坏的博洛尼埃斯要塞旧址上给塞萨尔的军队建造宽敞的兵营，建造切塞纳蒂诺港，这是亚得里亚海西岸最好的港口，通过一条运河把它跟切泽纳连接起来；在皮昂比诺建造了最坚固的要塞。他制造战斗器械，绘制军事地图，处处跟随着公爵，凡是塞萨尔建立血腥战功的地方，他都到场，其中有：乌尔比诺、佩扎罗、伊莫拉、法恩扎、切泽纳、弗利。他按照习惯记下简短而准确的日记，可是这些日记里没有一句话提到塞萨尔，仿佛是没有看见或者不愿意看见周围发生的事。他记下了旅途中遇到的每一个细节：切泽纳农民用吊藤把果树连接起来的方法、锡耶纳大教堂里敲钟的杠杆装置、里米尼市内喷泉水柱降落时发出的乐曲声。他在乌尔比诺城堡对鸽子窝和带螺旋形楼梯的塔楼做了写生，倒霉的奎多巴多公爵被塞萨尔洗劫一空，从这里逃跑时，用同时代人的说法，“只穿着一条短裤”。在罗马涅，列奥纳多观察亚平宁山麓下的牧民为了加大号角的音量如何把号角的大头从一个小孔插进很深的山洞里，发出的声音如同雷鸣，响彻山谷，回声不断，号角的声音如此响亮，在最远的山头上吃草的羊群都能听见。在皮昂比诺，他一个人站在荒凉的海滨，整天观察后浪推前浪的波涛，把碎石、木屑和水草忽而推到岸上，忽而卷进海中。列奥纳多在日记里写道：“波涛为了争夺战利品而相互战斗，战胜者就能获得战利品。”与此同时，在他的周围，人的公正的法则遭到严重践踏——他对此却不闻不问，既不谴责，也不为之辩护，他只是在观察波涛的运动，这种运动看起来好像是偶然的和古怪的，但实际上却是一成不变的和有规律的，他从中看见了“第一推动力”所确定的铁面无私的力学法则的神圣不可侵犯。
1502年6月9日，在罗马附近的台伯河里发现了法恩扎年轻的君主亚斯特雷及其弟弟的尸体，他们是被勒死的，脖颈上绑着绳子和石头，从圣安琪儿监狱给抛到河里。据同时代人说，这两具尸体很美，“在成千上万具尸体中也没有遇到一具这样的”，保留着违反自然的暴力的印迹。民众的舆论认为这件暴行是塞萨尔所为。
马乔内密谋的消息刚刚传播出去，无数受到塞萨尔伤害的君主纷纷参加结盟。乌尔比诺公国动荡起来，最后垮台了。他自己的军队背叛了他。法兰西国王迟迟不肯救援。塞萨尔处在灭亡的边缘上。可是，他虽然被出卖和被遗弃，几乎失去了战斗力，但他仍然还很可怕。他的敌人相互埋怨和纷纷动摇，错过了有利的时机，本来能够消灭他，却跟他进行谈判，竟然同意和解。他使用各种狡猾手段，威胁和利诱敌人，对他们进行诓骗和分化瓦解。他本来就掌握了假仁假义的高明手腕，用殷勤迷惑了一批新的朋友，把他们召到刚刚投降的西尼加利亚城，目的似乎是不只在口头上，而且在行动上，即通过联合进军来表明自己的忠诚。
塞萨尔·博尔吉亚·德·弗兰恰浴上帝之恩典，领罗马涅公爵、安德里亚大公、皮昂比诺的统治者等衔，兼任神圣罗马教廷旗官和最高军事长官。
晓谕各总督、要塞司令、军事长官、雇佣兵队长、教职人员、全体官兵和国民：持本执照者为本宫廷最著名与最受宠幸之总建筑师列奥纳多·芬奇，务须友好接待之，予彼及其同行之全体人员以免税通行之权利——彼携带之任何物品在各要塞与城堡可依照彼之愿望免于检查，彼如需要人力，应立即提供之，尚应尽心尽力予彼以一切帮助与照顾。本公爵赋予彼上述权利，同时委派彼视察本公爵管辖之各要塞与城堡，特命令其余各建筑师凡事皆得与彼商议之。
塞萨尔·博尔吉亚在罗马教皇和法兰西基督教国王的庇护下，无恶不作，采用各种欺骗手段，这时已经占领了古代“教会地区”，据说这是历任教皇接受与使徒等同的康斯坦丁皇帝的礼品。从合法的君主——十八岁的亚斯特雷·曼弗莱迪手中夺取了法恩扎城，从卡塔琳娜·斯福尔扎手中夺取了弗利城——这两个受害者一个是小孩子，另一个是妇女，他们轻信了他的骑士忠诚精神，被他给投进了罗马圣安琪儿监狱。他跟乌尔比诺公爵结成同盟，其用意在于解除他的武装，背信弃义地向他发起进攻，犹如强盗在大路上袭击过往行人是为了抢劫他们一样。
