一天夜里，更深人静。人们都熟睡了，他却彻夜不眠，坐在桌前久久冥思。想着想着，他突然激动地大喊大笑起来。人们以为发生了什么事，都赶来看望询问。只见他喜形于色，慢条斯理地说：“朱熹提出‘格物穷理’，说是万事万物都由‘理’派生出来，因此，在外界事物中，都存在着天理。我曾经格过物，穷过理，对着竹子格了七天，结果什么理也没有穷出来。现在我才发现，朱熹说的那一套是错误的。原来，这个‘理’就在心中。只要从自己心里去寻找，就可以悟出当圣贤的道理。”人们听了他的解释，看他那股孜孜不倦的憨劲都笑了。
在贵州的万山丛中，他整整待了三年，百难务尝，但是他没有放弃对程朱理学的研究，终日静坐，体验天理，以实现自己的夙愿。
王守仁对自己苦心经营的这套理论非常欣赏，于是，他一面在龙场山洞著书立说，一面开始筹建龙冈书院，准备招收弟子，宣传与推广自己的理论。后来，这套理论被称为“心学”。
尽管王守仁已经被贬官，但刘瑾还不想放过他。在他离京前，刘瑾派了几名刺客跟在他后面。到了钱塘江，刺客们已经追了上来，准备大打出手。王守仁走投无路，只好假装投江自杀，以迷惑刺客，而暗地里却搭上商船，进发舟山。刚好遇了风暴，他在船上熬了好几天才到达福建海。后来，他在一首诗中记下了这段艰险的经历：“险夷原不滞胸中，仅异浮云过大重。夜静海涛云万里，月明飞锡下天见。”
明武宗正德元年（1506年），明武宗朱厚照即位。当时，宦官刘瑾专权，隶捕了南京20多名官员下狱。王守仁因上书朝廷，激怒了刘瑾，也受到牵连，被捕入狱，还身受杖打四十下。不久，他被贬官到贵州龙场驿（修文具境内）当驿丞，这是负责传送公文的差使。
弘治十二年（1499年），王守仁中进士，并开始在朝廷工部里见习。第二年，朝廷任命他当刑部主事，这只是掌管法律和刑狱事务的小官。干了几年，他便托病回到浙江，在阳明洞盖了几间房子，刻苦攻读，修身养性。后来他又重上官场，任兵部主事。
