汉魏两晋是道教神仙谱系的初创时期。其早期经典《太平经》既确定神仙、真人为崇拜对象，将它们分为六等：“一为神人，二为真人，三为仙人，四为道人，五为圣人，六为贤人。”此时的神仙谱系比较粗疏。这时期活动的主要道派五斗米道，除称老子为太上老君，又造构了天、地、水三官，此外，则不见造构他神。
以上表明，南北朝所造神仙既多且杂，又漫无统序，使信众无所适从，于道教传播不利。南朝梁道士陶弘景有鉴于此，遂作《真灵位业图》。他根据世俗“朝班之品序”和“高卑”原则，将五百多名天神、地祇、仙真、人鬼，用七个阶次组织排列起来。第一中位（即第一神阶，下同）以玉清元始天尊为主神，第二中位以玉晨玄皇大道君为主神，第三中位以太极金阙帝君为主神，第四中位以太清太上老君为主神……最后第七中位以酆都北阴大帝为主神。每一中位之下，分列左位、右位、女真位、散位、地仙散位，分别容纳若干天神、地祇、仙真、人鬼，编制出道教史上第一个神谱。此神谱并未完全系统化，但它将十分庞杂的神仙群纳入七个系列，比原来的漫无统序前进了一大步。
造神最多者，是东晋中后期新出现的上清派和灵宝派，它们在南北朝时所撰著的经书中，另辟蹊径，造构新的至上神，主要有元始天王、元始天尊、太上大道君、太上玉晨大道君、太上灵宝天尊等。次于尊神的新神，更是不胜枚举。据记载，南北朝时所创神仙中，列鬼官七十八，地仙一百三十九，地真二十二，九宫真仙四十一，太清自然神九十九，太清真仙八十五，太极真仙九十三，共五百五十七名，天神、地祇、仙真、人鬼，样样俱全。
南北朝神谱整理中还有一个各派所奉最高神不一致，需要加以协调的问题。五斗米道（天师道）、楼观道一直奉太上老君为最高神，而上清派、灵宝派则奉元始天尊、太上大道君（或称灵宝天尊）为最高神。这种情况也是不利于道教传播的。一些道士乃仿照佛教的“三身”说，将各派所奉的最高神糅合在一起，组成能共同接受的最高神，此即后来的三位一体的最高神“三清”。
南北朝是道教大量造构神仙和进行初步整理的时期。寇谦之在改造北天师道时，一方面借太上老君之名，自立“天师之位”，表示仍尊太上老君为该教教主，另一方面，又另造新神，为其神权张目。
造构神仙与编制谱系经历了一个由少到多和由纷杂无序到较有系统的演变过程：
两宋是道教神仙谱系最后编定时期。北宋真宗、徽宗是著名的崇道皇帝，他们搞了很多降神和天赐的事。南宋金允中《上清灵宝大法》编制了黄箓大斋醮神名单，列出了三百六十分位神仙名单，按其性质、品第，可分为以下十一个等次：（1）三清、四御；（2）南极长生大帝、东极救苦天尊、木公道君、金母元君及三十二天帝；（3）十太一、日月五星、北斗、二十八宿星君；（4）五帝、三官、四圣；（5）历代传经著名法师；（6）魔王、神王、仙官；（7）五岳及酆都地府诸神；（8）扶桑大帝及水府诸神；（9）天枢院、驱邪院雷府等部主宰及诸神；（10）各种功曹、使者、金童、玉女、香官、吏役等；（11）城隍、土地及所属神众。经过如此整理后，十分庞杂的神仙“队伍”算是较有系统了。
