随着上帝观念的变化，五帝观念也发生了变化。首先是不再承认天上的五帝是人间的五位君主，而把人间的五位君主称为“五人帝”，不再作为上帝加以祭祀；后来则进一步把天上的五帝说成是主管某一方面的上帝，不得称为“天”，只有昊天上帝才可以称为天。
中国古代也有自己的“上帝”，他是古人尊奉的至上神，又称天。据可靠资料记载，秦代祭祀的上帝有四位，即黄帝、炎帝、青帝、白帝。汉朝开国皇帝刘邦又加上黑帝，使上帝的数目符合儒经中说的五帝。这五位上帝，原来都是上古时代的著名君主。汉武帝把儒学定为国家的指导思想之后，认为太一神是至上神，五帝仅仅是太一神的辅佐。西汉末年，王莽根据儒经《尚书》，把上帝定名为“皇天上帝太一”，并且认为五帝不是人间的君主，而是五种灵。东汉继承王莽的祭祀礼仪，称上帝为“皇天上帝”，去掉了“太一”的名称。三国时代，由于国家分裂，三个国家的上帝名称也不一样，但根据都在儒经。晋代，国家根据儒经《周官》，将上帝定名为“昊天上帝”。
唐代儒者们修订礼仪，依据毛氏对《诗经》的解释：“元气广大则称昊天”，认为那浩天的元气就是上帝的形体，而祭天的神坛建为圆形，也被认为是和天的形象有关。称为上帝，则是因为它是世界的主宰，能够赏善罚恶。畏惧天命，是儒者遵守的基本思想原则。
从东汉末年开始，关于上帝共有几位，儒者们展开了争论。著名儒者郑玄认为，皇天上帝太一加上五帝。郑玄的意见称为“六天说”。后来的著名儒者王肃认为，上帝只有一位，五帝只是各自主管一个方面的帝，不能称为上帝。经过长期争论，王肃的说法获得了胜利。
