王充还根据元气自然论批判谶纬迷信的种种荒谬说法，提出了否定鬼神迷信的无神论观点。为了把帝王加以神化，谶纬迷信往往把帝王说成是人与异物交感的产物，例如尧被说成是尧母与赤龙交感而生，刘邦被说成是刘母梦中与龙交感而生，等等。王充指出，只有同类的东西之间才能交感施气，可是龙与人不同类，“何能感于人而施气”。龙其实不过是兽类，把帝王说成是龙种，那就等于把帝王说成是禽兽生成的杂种。
迷信的说法认为人死之后变成鬼，鬼有知、能害人。王充否认这种说法。他认为人和物是一样的，既然物死之后不能变成鬼，那么人死之后也不能变为鬼。他又用精神依赖于形体（身体）的关系说明人死无知、不能为鬼。他说：“人死血脉竭，竭而精气灭，灭而形体朽，朽而成灰土，何又为鬼？”（同上）就是说人死之后精气消失，形体腐朽，精神不复存在，那又何来有知之鬼？既然鬼根本就不存在，那么自然也没有所谓鬼能害人之事。最后，他指出，鬼的观念完全是由于人的疾病所导致的幻想，说人有病的时候就容易恐惧，“畏惧则存想，存想则目虚见”（《订鬼篇》），所谓活见鬼不过是这样一种“虚见”而已。
他认为，天道自然，风雨变化自有其时，企图通过祭祀来改变天气是徒劳无益的；对祖先的祭祀只是怀念祖先的一种仪式，并不是说通过祭祀就真的可以得到祖先神灵的保佑。因此，用祭祀求助于鬼神是没有效果的，重要的还是依靠自己，“夫论解除，解除无益；论祭祀，祭祀无补；论巫祝，巫祝无力。竟在人不在鬼，在德不在祀，明矣哉。”（《解除篇》）
王充用细微无形的元气说明万物的构成，和以往人们把某种有形的物质形态作为万物本源的世界观相比，在理论上更为圆通。他的元气自然论为后来以气为本的唯物主义世界观提供了基本的理论模式。
