公元前213年，秦始皇在皇宫中大摆宴席，担任博士（皇帝顾问）的儒生们向皇帝祝酒。这时，一个军事长官周青臣颂扬道，过去秦国的土地不过千里，由于皇帝的英明，现在只要是日月能够照到的地方，就都是我们的领土。原来的诸侯国成了郡县，百姓人人安乐，千秋万代，再不受战争之苦。从古以来，都没有哪位皇帝有这样伟大的功德。秦始皇听了，非常高兴。
经过这次焚毁，儒学的书籍虽然在民间几乎绝迹，但国家还保留着。然而秦朝末年，项羽带兵推翻了秦朝的统治，并且焚毁了秦朝的宫殿，这一次，国家的藏书也遭到了重大损失，终使许多儒学书籍失传。
这时，一位博士名淳于越的上前反驳道，我听说商朝和周朝的统治都延续了上千年，是因为他们分封了子弟和功臣，作为中央政权的枝叶和辅佐。现在我们却实行郡县，子弟们都和平民差不多。假如有人要篡夺中央政权，如何互相救援。统治一个国家而不效法古人，这样的统治就不会长久。可是周青臣却当面阿谀奉承，这是要加重皇帝您的过错，不是忠臣的行为。
这次焚书执行得相当严厉，沉重打击了儒学在民间的传播。
秦始皇把他们的意见交给臣子们讨论。丞相李斯认为，从古以来，历代的政策都不相同，但都能把国家治好。不是他们要故意相反，而是情况发生了变化。现在皇帝创立了这么大的功业，愚蠢的儒生们是不能理解的。淳于越讲的是古代的情况，怎可作为今天的榜样！过去诸侯们互相战争，都用丰厚的礼物招聘到处奔走、谋求做官的学者。现在天下统一了，百姓们应当人人把农业生产作为主要事业，士人们应当好好学习国家的法令。但这些儒生们却要学习古代的东西，诽谤今天的政策，迷惑百姓。我认为，战争期间各种言论可以自由发表的状况不能再继续下去，这样会使人根据自己的学说来反对国家的统一号令，他们互相吹捧，到处发表诽谤言论，如果不加禁止，就会削弱皇帝的权威。这种情况，我认为应该严厉禁止。因此建议，第一，焚毁民间的《诗经》、《尚书》及学者们的专著，国家收藏的保留；第二，保留医药、占卜和种树之类的书籍；第三，有愿意学习法令的，向官吏学习。
孔子的时候，他的主张就得不到诸侯的采纳。孔子以后，孟子、荀子的主张也得不到诸侯的采纳。孟子描写他当时的情形是，天下人的言论，不是赞成扬朱，就是赞成墨子。虽然有不少儒者在以各种形式为当时的政权服务，但是儒学的主张得不到诸侯的支持。秦朝统一中国后，也面临着一个如何统治的问题，或者说用什么思想进行统治的问题。这样的争论在一个突然的时机爆发了。
这是中国历史上迫害儒者和儒学的重大事件。
