1923年，因政府积欠经费九个月，北京八校教职员全体大会于同年11月9日议决：“必须10日拿到30万元，不然就关门。”蒋梦麟回到北大后，召开全体教职员大会。蒋沉痛道：“如果主张关门，自无用说；若大家仍要维持，我虽则能力已尽，但是为着本校的维持，我仍旧愿负这责任，虽生死以之可也。”蒋的坚韧感动了北大的教职员。最后，大会以“本校校务仍旧维持外，其他事件仍与各校以同情之合作”付诸表决，获得通过。
年逾古稀的蒋梦麟开始学习日语，他每天利用从家到农复会上班路上的时间，背诵表侄宋越伦给他整理的500个基础日语字集，并拜农复会一位台湾籍的低级职员为日语老师，每周花几个小时上课。不到一年，他便可以无障碍地阅读日文书报了。
蒋梦麟在不知此事的处理结果前，因恐第一个报告起不了作用，又写好第二份视察报告，准备再递上去。这时，杜聿明得到某大员被捕的消息，通知他说：“你的报告已经发生效力，那位仁兄已被捕交给军事法庭了。”蒋才把预备好的第二份报告烧了。
某日下午，一个日本宪兵找到蒋梦麟，说日本在东交民巷的驻防军请他去一趟。蒋答应了，通知几位朋友后，于天黑前孤身前往。他刚走进日本军官的办公室，便听到门锁咔嚓一声锁上了，旁边一位军官拔出手枪站在门口。这时，日本大佐高桥让蒋梦麟坐下，让蒋解释为什么进行大规模的反日宣传。蒋申明，他并未进行反日宣传，在反对日本自治运动的宣言上签字是中国的内政问题。高桥接着问道：“那末你是日本的朋友吗？”蒋答：“我是日本人民的朋友，但是也是日本军国主义的敌人。”高桥让蒋去大连，蒋明确表示拒绝，从容说道：“我不是怕，如果我真的怕，我也不会单独到这里来了。如果你们要强迫我去，那就请便吧。不过我劝你们不要强迫我。如果全世界人士，包括东京在内，知道日本军队绑架了北京大学的校长，那你们可就要成为笑柄了。”高桥的脸色变了，只好送蒋梦麟出门，这时夜色已经四合。
蒋梦麟代理校长期间，内忧外患，经费短缺，困难重重。蒋一力担当，鼓励众人：“至少也要维持北大的生命，决不让他中断。”
几日后，军政部长给蒋梦麟发了一份公文。蒋梦麟记得内有蒋介石批示给军政部长的话：“役政办法如此腐败，某之罪也。但该部所司何事，腐败一至于此，可叹可叹。”可笑的是，军政部的报告中竟说，某处患病壮丁，已送医院治疗；某处被狗吃过的壮丁尸体，已饬掩埋。蒋梦麟颇为愤怒，他后来回忆说：“这些话真是牛头不对马嘴，壮丁早已死了，而且那地方并无医院，狗吃人肉早已吃完了，还要埋什么呢？这真是‘科员政治’的彻底表现了。”
蒋梦麟等人先行到达长沙，南开的张伯苓和清华的梅贻琦还没有到。三校摩擦不断，有人甚至说：“假使张、梅两位校长不来，我们就拆伙好了。”蒋声色俱厉地说道：“你们这种主张要不得，政府决定要办一个临时大学，是要把平津几个重要的学府在后方继续下去。我们既然来了，不管有什么困难，一定要办起来，不能够因为张伯苓先生不来，我们就不办了。这样一点决心没有，还谈什么长期抗战。”叶公超回忆：“我敢说，整个抗战期间，在后方的高等教育没有间断，而能为国家继续培养人才，蒋梦麟先生个人的贡献是不可磨灭的。”
抗战期间，蒋梦麟准备利用躲警报的时间写《西潮》。但因为躲警报不是在郊外，就是在防空洞内，没有桌椅等设备，经常是席地而坐，蒋梦麟决定用英文来写。因为他觉得，写中文需要郑重其事，而写英文可以闭起眼睛不加思索地画下去，而且有时躲警报是在夜间，没有灯光，写作仍可继续进行，只是写到t与i，上面的一横与一点，没有办法写得准确。但写完一章后，他感觉运用英文文字的技巧不能透彻表达他的思想，便暂时搁下写作，开始熟读英美有名作家的作品，如此经过了三年，再从头写起。此时他已经五十六岁。
时在病中的胡适花费几日时间，给蒋梦麟写了一封长信，反对他再婚。胡适将信交给蒋梦麟时，蒋直接问胡适是支持还是反对，胡适回答反对，蒋说：“那我就不看了。”遂将胡适的这封信撕碎掷于废纸篓中，后蒋梦麟秘书拾获细心拼合，始恢复原状，并得以保存于世。
1959年，时任北大校长的马寅初在一片批判声浪中坚决呼吁控制人口，而在海峡对岸，曾经的北大校长蒋梦麟也因提出节育人口的主张，遭立法委员及舆论的围剿，甚至有“杀蒋梦麟以谢国人”之口号。蒋在记者招待会上公开表示：“我现在要积极地提倡节育运动，我已要求政府不要干涉我。如果一旦因我提倡节育而闯下乱子，我宁愿政府来杀我的头，那样在太多的人口中，至少可以减少我这一个人！”
晚年，梦麟再婚之事遭到许多友人的反对，陈诚对蒋梦麟说：“我的太太接到蒋夫人——第一夫人宋美龄的电话，她坚决反对你跟这位徐小姐结婚，我的太太也反对，都要我转告于你。如果你一定要和她结婚，那么我们以后不能见面了，至少，你的夫人我们是不能见面了。”
蒋梦麟说：“从童年时代起我就吃软不吃硬。好好劝我，要我干什么都行，高压手段可没有用。”
30年代，陶希圣在北大任教六年，陶回忆：“蒋梦麟校长在这六年中间，未曾发过一次脾气。自日本军阀制造冀察特殊化之后，北大的处境之艰危，随时有随北平文化城覆灭之危险。蒋梦麟先生还是持身安静，处事轻快。师生们的口号是‘在北平一天，当做二十年来做’。可以说，梦麟先生深得蔡先生的豁达的气度，而融合的手腕过之。”
蒋梦麟的身体一直不错，虽然很瘦，可是他常对年轻人说：“你们年纪轻轻，不是头疼，就是失眠。我呢，吃得下，倒下就睡。”他每年检查身体，心脏犹如四十岁的人，有人说他是鹤形。但从1962年大腿骨折动手术后，一直没有复原，常常感到疲倦。为了恢复得快，他天天骑固定的脚踏车，一天两三次，练习腿劲，活动经脉。他说：“我这条老牛还可以耕几年呢。”
抗战爆发后，蒋梦麟回乡看望老父。离家重返南京时，蒋梦麟告诉父亲：“中国将在火光血海中获得新生。”父亲目不转睛地看着他：“你这是什么意思？”蒋解释道：“这次战争将是一次长期战争，千千万万的房屋将化为灰烬，千千万万的百姓将死于非命。这就是我所说的火光血海，最后中国将获得胜利。”
蒋梦麟认为，结婚离婚都是个人的私事。他再婚时不听从老朋友的劝告。后来发现自己错了，又立即要分居，分居不成则坚决要求诉讼离婚。当时陈雪屏劝他不要打官司，一则打离婚官司必难速断决了，二则以他这样的高年与社会地位，必然成为轰动一时的社会新闻，对于他自己实在不利。蒋梦麟答道：“这是我个人的私事，我发觉错误便应改正，所谓‘人作孽，不可救’，我愿面对事实，接受不幸的后果。”遂坚决提起离婚诉讼。
1941年7月，蒋梦麟将担任红十字会会长期间考察的所见所闻，写成《关于兵役状况的视察报告》，亲自送到军事最高当局的收发室，并留了收条。之后久无消息，蒋梦麟便向陈布雷打听。陈未曾听说此事，便去查询，才知道报告被搁置在秘书室里。蒋介石看后，带了一名亲信，亲自到重庆某壮丁营调查，完全证实了蒋梦麟的报告。遂将主持役政的某大员交付军事法庭审判。法庭经审理，判处该大员死刑。
第二天，宋哲元派一位少将来劝蒋梦麟离开北平，蒋表示感谢，但他却执意留下。罗家伦后来称赞道：“在这般威吓的情况之下，他仍能态度从容，而且指点敌人的愚蠢及其后果。唐郭子仪冕胄见回纥的情况，也不见得能超过这位文人！”
