1939年春，陈独秀又寻出了在南京狱中尚未完成的文字学研究初稿《识字初阶》，他将书名更改为《小学识字教本》。书稿送审时，国民党教育部部长陈立夫见后说：“内容无大碍，只是容易和小学校混淆。”让陈修改或另择书名。陈独秀坚持道：“陈立夫无知，小学者声音训诂、说文考据之学也，古来有之，岂可更改！”于是此书不得印行。
陈独秀为学，景仰吕祖谦，吕有侄曰延年，有子曰乔年，陈之二子，亦名延年、乔年。
到北大任文科学长后，陈独秀并不开课，专心致力于北大文科的改革。蔡元培将有关文科的人事、行政事务，一切交由陈主持，不加干涉。陈扩充文科，增设新系，北大文科原来只有中国文学、中国哲学、中国史学和英语门，陈增设德语、法语、俄语三门，并在哲学门、中文门和英文门分别设立研究所；陈还允许学生自由选修各课，允许校外人员旁听；整顿课堂纪律，制定考试制度；采购图书，广设阅览室，为学生提供学习条件。
魏建功读到《小学识字教本》稿时，“赞叹欢喜，以为自古文字资料以来，文字学家趋末弃本，抱残守阙，两无裨补之失，俄然扫空”。
萧劳回忆，他考入北大后上英文课，教授是一位英国人，完全用英语讲课，一个中国字不说。萧的英语听力不行，一点也听不懂，便不去上课了。一个星期后，文科学长陈独秀突然把萧叫到办公室，问道：“你为什么不去上英文课？”萧劳说：“听不懂。”陈说：“我看了你的英文卷子，成绩很好，怎么会听不懂呢？”萧回答：“我在中学是跟中国老师学英文，只能写，不能说。现在英国老师用英语讲课，说得太快，我听不懂。”陈便让萧退到英文水平稍差一些的丙班，还由中国老师授课。
萧劳的中国文学门古文课由黄侃讲授。有一天下午上课，萧精神疲倦，便用手捧头而坐。黄先生见后勃然大怒，说：“我讲书，你困觉！”萧说：“姿势不对，并非睡觉。”随即放下手，端正了姿势。但黄怒气未息，说：“不愿意听就下去嘛！”萧劳负气离开教室，接连两个星期没去上课。陈独秀又把萧叫到他办公室，萧陈述了以上情况。陈说：“你是学中国文学的，主课是黄先生讲，你不上课怎么学呢？”萧说：“怕黄先生不许我上课。”陈说：“好！我送你去。”便拉着萧的手，将他送进教室。黄侃当时正在讲课，陈独秀看着萧劳坐到位子上，黄侃没有说话，方才离开教室。
陈独秀在北大饬行课堂纪律整顿。黎元洪的侄儿经常缺课，陈为执行课堂纪律，决定给予其记大过一次的处罚。但陈将许德珩误认为黎的侄儿，发现错误即收回成命，并对许进行劝慰。
陈独秀对濮清泉说，他认为诗是一种美文，白话难以写出美诗，他最反对把散文写成短句，加上些啊、呀、吗、呢，再加上些惊叹号就自称是诗。
陈独秀研究文字学，为了求得一字的真义，不仅广征博引，而且从地下发掘出的实物中寻找根据，作精确的考证。如对鬲、鼎、曾、复、持等字的分析，不仅引用了《周礼》、《左传》、《诗经》等十三四种古籍，而且考查了地下发掘出的螺、蚌、陶器、青铜器、铁器等实物。
陈钟凡评论《小学识字教本》时说：“其以形声义一贯解释文字的方法可谓缜密，是为文字学上有价值之著作。”
陈独秀与濮清泉谈及文字时说：“大家一致写的别字，就应该承认它。……如医院里打针，大家都说打臀（音殿）部，其实这个字应读‘豚’，管他‘殿’部‘豚’部，打在屁股上就是了；又如青年都说鼓吹革命，这个‘吹’字应读‘Trai’，而不读吹。现在大家都读吹，管它哩，吹喇叭也是吹，吹牛也是吹，宣传革命也是吹，大家都读吹，你一定要读‘Trai’，那就是顽固。再如‘骇然’的‘骇’字，不应读‘骇’而应读‘海’，现在大家都读骇怕的骇音，反正是骇怕惊奇的意思，怎么读都行。总之创造新字也好，写读别字也好，都要渐进，不能由你自做仓颉，随心所欲地创造出一种文字来。须知中国文字并不是仓颉造出来的，而是古代人民的社会创造。”
创造社诗人王独清出了一本诗集，歌颂1927年“广州起义”，诗集上的诗句印刷得很新奇，字大小不一，有正有歪，还加上一些惊叹符号，如同炮弹打出后的弹片飞散一般。王将诗集拿给陈独秀看，陈看后哈哈大笑，连说：“我不懂诗，不敢提出评论，但是我佩服你的大胆，独出心裁，自创一格。”王独清十分狼狈，讪讪而退。日后，陈独秀在狱中对濮清泉谈及此事时说：“王独清那本诗，形式上看来颇为新颖，但他中了形式主义的毒，以为把一些口号写入诗句，这就是无产阶级革命文学了。其实这是笑话。结果把诗弄成屎，自己还不知道，甚至还洋洋自得，这是很可悲的。”
