除了这三个部门以外，还有两个非常重要的室。机要室——原来的译电科——由军统内职位最高的女官员姜毅英负责。其中大多数成员都是江山人，所以他们可以在工作中用他人无法听懂的方言，这些人广泛地被认为文化层次低。另外，稽查室是个高层次部门，由郭寿华（后来是廖华平）领导。它相对由数目较小的一批办公处人员和一大批对外的“秘密督察”组成，他们直接向戴笠和定期的“周督察”汇报对全国军统人员的秘密监视情况。
国民党军事委员会的一个鲜为人知的机关，是中央调查局。它是一个超级的情报和反情报机构，无疑它存在于党和政府的所有机关当中。这个局由戴笠将军领导，据说他是惟一的一个能在任何时间、任何地点见到总司令的人。
这个人事上的巨大扩张的实现主要是通过军统的训练营和间谍学校——戴笠日益把这些单位看成建立一个现代间谍系统的关键。
结果，在扩充办公处人员的同时，外勤人员也在继续增长。就连那时的外国观察家都意识到戴笠及其秘密特工的重要性。
这个在战时建立的独立的军统局，终于为戴笠提供了他长期等待的机会：扩张他秘密的特务王国。几年内，也许是在他被正式命名为正局长时，戴笠已经把军统局扩展到了有10个处和许多相应的办公室、地区站和小组的机关。“区”成立于1941年，决定权就落到了区长手里，区长直接向戴笠汇报工作，而且区长在改组了的军统中变得越来越重要。例如，地区的监察员负责人事、财政、广播和电码设备、地区情报和实地运作。一旦区监察员得到戴笠的批准执行一项计划，所有其他部门就会得到通知，要准备全力支持该计划的执行。换句话说，一个区内的行动计划被置于军统机关内各个部门的需求之上。
每个室与处同级。甲室是戴笠的私人秘书办公室，由特务头子最信任的人组成：张毅夫、何芝园和译电员毛宗亮；乙室也叫秘书室，但它向戴笠的副手毛人凤和郑介民负责；丙室是计核室，张冠夫负责监督内部财政。
与此同时，办公处的人员超过了1000人，他们被分配在8个处、3个区和几个室里。
