第二次国共统一战线形成后，复兴社不得不被解散。蒋介石于1938年4月下令将其解散。同年8月，第一处被秘密命名为“国民党中央党部调查统计局”，即“中统局”；第二处（即复兴社的特务处），改为“军事委员会统计局”或“军统”，它名义上听命于蒋介石的侍从室主任，但实际上由戴笠领导。
但这已经没有意义了，因为这两人都没有意识到，一旦集体性强的复兴社在塘沽协议和第二次统一战线的压力下被解散，它便为一个个人秘密计划彻底打开了通道。即，当蒋介石抛弃了黄埔集体领导的秘密活动后，戴笠便得以放开手，在委员长的羽翼下建立起相对独立，从某种意义上说是个人的，甚至几乎是自己的秘密特务活动。除一人以外，蒋对他黄埔系所有那些急欲成为法西斯宣传家和警察头子的党羽感到的失望，最终这个黑暗压抑的世界落入了他的“犬马”——戴笠之手。
表面上，复兴社与三民主义青年团合并了。除了一小组蓝衣社人员整体从新组织撤出来以外，大多数前复兴社的骨干们成了三青团成员。地方的复兴社分社成了“支团”，新牌子取代了旧的，而原来的分社“书记”改成了“支团干事长”。康泽现在成了三青团的“组织处”处长，而政训处则附属政治部。
萧作霖认为，这些改变只是形式上的，因为复兴社的人事仍旧由蒋介石本人一手控制。当然，蓝衣社在四十年代以军统特务别动队的骨干形式继续存在，尤其是在上海，那里有戴笠和他的同伙在三十年代特务站建立的组织基础。但对复兴社本身来讲，这种名义上的改变对它的组织体制则是本质性的，因为这些变化夺走了复兴社的秘密权力。1941年，当康泽和萧作霖同在重庆，在三青团的资助下领导针对青年和军事干部的“特别训练班”时，康对萧说，三青团与原来的复兴社活动相比水平差远了。康泽说，因为秘密组织比公开的权力更大，它更能发挥作用。他总结说，如果复兴社继续存在的话，国民党的反共活动会远比现在有效。他当然还可以说，复兴社比起戴笠的前二处最隐蔽最秘密的活动来说，只有一步之差，它是能够得到发展壮大的。
