朱元璋去世以后，由其孙儿朱允炆即位，史称明惠帝，不过后人习惯按照朱允炆在位时的年号称他为建文帝。建文帝是太子朱标的次子，明朝建立伊始，朱标便被父亲朱元璋册封为太子。朱元璋认为，元朝统治者就是因为没有及早册立太子，所以才会经常发生宫廷政变，他不希望明朝再重蹈覆辙。
朱棣并未灰心，于翌年再次出兵南下，并接连取得胜利。一年后，朱棣开始将战场由北方转向南方，誓要攻破当时的首都南京。
为了确定建文帝是生是死，朱棣在登上皇位以后，便委派大臣胡濙到全国各地走访，寻找建文帝的下落，据说，朱棣派郑和下西洋同样是为了查访建文帝的下落。至于最终的调查结果如何，史书上并无明确的记载。不过，后人根据种种史料推测，建文帝很有可能是出家为僧了，因为他已看破红尘，再无复辟之心，所以朱棣也并未对他赶尽杀绝。
朱元璋此举引起了很多藩王的不满，尤其是有资格继承皇位的燕王朱棣。明朝建立之初，朱元璋在首次册立太子时，就曾考虑过朱棣。朱棣有勇有谋，比平庸的长兄朱标不知优秀几多，但就是因为他不是长子，便与皇位擦身而过。朱棣这样一个野心勃勃的人，可想而知他的心里有多么不甘。既然不能被动地等待皇位落到自己身上，那么就只能主动去争取了。由此可以说，建文帝削藩未尝不是给了朱棣一个争取皇位的最佳契机。
在削藩的过程中，建文帝最为重视的一直是朱棣。他命人暗中监视朱棣，随时准备将其逮捕。朱棣不甘心坐以待毙，先是将建文帝派来监视自己的大臣杀死，随后又借口惩治齐泰和黄子澄这两名主张削藩的“奸臣”，起兵南下。朱棣将自己此次的行动称为“靖难”，意思就是平定齐泰和黄子澄制造的叛乱。朱棣率领的燕军很快就攻占了北平、同州、蓟州、怀柔等地。
建文帝登基之后没多久，皇帝与藩王之间的矛盾终于暴露人前。当时，建文帝在朝臣齐泰和黄子澄的辅佐下，首先向藩王宣战，下令削藩，几个实力较弱的藩王最先沦为牺牲品，周王、代王、岷王、湘王、齐王先后被夺权，在所有藩王之中，湘王的下场最为惨烈，最终自焚身亡。燕王朱棣是众藩王中实力最强的一个，由于建文帝在削藩的过程中采取的是先易后难的策略，所以随着削藩的进程不断推进，朱棣的地位也越来越岌岌可危。
庆成郡主失望而返。一个月后，燕军渡过长江，攻破南京。南京城破之时，皇宫中起了大火，建文帝自焚身亡。朱棣最后只看到了一具面目全非的焦尸，谁也分辨不出这到底是不是建文帝。有一种说法是，建文帝早已逃出宫去，剃度出家了。
朱棣在北平驻守多年，当时蒙古各个部落不断騷扰北平，朱棣凭借自己非凡的军事才能，一次又一次将他们击退。在北平的这些年，朱棣的实力日渐增强，终于成为力量最强大的藩王。
朱棣是朱元璋的第四个儿子，朱棣出生时，朱元璋正与陈友谅在太平激战，连给儿子起名字的时间都没有。直到明朝建立前夕，朱元璋才给他取名为朱棣，这一年，朱棣已经七岁了。朱棣幼年时饱受战乱之苦，还曾被父亲送回家乡居住过一段时间，因此深谙民间疾苦。朱棣从小就十分聪慧勇敢，十一岁时就被册封为燕王，二十一岁时便奉命领兵驻守北平。朱棣在取代了侄儿建文帝登上帝位以后，为了平息天下人对自己的非议，便声称自己的生母是马皇后，但他的生母实际上只是朱元璋的一个妃子。
第二年，李景隆又在白沟河一战中溃败。朱棣乘胜追击，想要攻克济南。驻守济南的铁铉死守城池，燕军无论如何都攻不进去，最后只得撤兵。铁铉因此名声大振，很快取代了李景隆的地位，率兵讨伐燕军。在随后的交战中，朱棣再度败在铁铉手上。
明太祖朱元璋在位时，将自己的儿孙分封到各地做藩王，从而导致藩王的势力日益膨胀，对中央皇权造成了严重的威胁。建文帝登基后，为了解决这一问题，便采取措施，不断削弱众藩王的势力，引来了藩王的强烈不满。坐镇北平的燕王朱棣不愿坐以待毙，遂挥师南下，讨伐建文帝。最后，朱棣取代建文帝成为明朝的第三位皇帝。这就是历史上著名的“靖难之役”。
“靖难之役”结束后，朱棣登基为帝，史称明成祖。其后，朱棣将齐泰和黄子澄等五十多名大臣灭族，并继续实施削藩政策。
可惜朱标却在三十七岁时英年早逝。在决定新任太子的人选时，朱元璋没有考虑自己那为数众多的儿子，而是将目光投向了朱标的次子朱允炆——朱标的长子一早就夭折了。此时的朱允炆才十五岁，他为人正直，性格温和，又孝敬长辈，深得祖父朱元璋的欢心。不过，比起他那些叔叔，以少年朱允炆那微薄的资历显然不足以支撑他登上皇位。然而，朱元璋并不在乎这一点，他坚持将这个孙儿册封为太子。
朱元璋统治时期，在大力加强中央集权的同时，极力增强皇室的力量，以确保大明江山可以维系千秋万代。朱元璋将自己的二十四儿子和一个孙子都册封为藩王，分别驻守全国各地的军事要塞。朱元璋的本意是想让这些藩王维护大明王朝的统治，可是藩王的势力膨胀，必然会严重威胁中央集权。学者叶伯巨曾经上书指明了这一点，可惜未能引起朱元璋的重视。
消息传来，建文帝大吃一惊，赶忙派出大将耿炳文率领三十万大军讨伐燕军。在之后与燕军的正面交锋中，耿炳文率领的明军接连败退。于是，建文帝又派李景隆率领五十万大军北上，攻打北平。
几个月后，燕军攻破了扬州等地，南京已到了生死存亡的关键时刻。建文帝焦急万分，只好派出朱棣的堂姐庆成郡主去向朱棣求和。庆成郡主晓之以情，动之以理，力劝朱棣退兵。然而，朱棣心意已决，哪里是堂姐几句话就可以说动的？
在此期间，朱棣率领部分燕军精英攻克了大宁。李景隆乘机猛攻北平，却始终无法将其攻破。朱棣凯旋归来以后，一举将李景隆统率的明军击溃。
