汉军和黄巾军交锋初期屡屡战败，黄巾军相继占领更多郡县，张角等人越战越勇，东汉政权岌岌可危。汉军损失了不少将领和士兵，还有更多的军队被黄巾军围困，情况十分危机，汉灵帝下令地方军阀曹操带兵支援。曹操和汉军首领皇甫嵩在长社城消灭一万多黄巾军，汉军士气大振。
公元184年，眼看时机成熟，张角悄悄地给全国各地的信徒传递消息，决定了起义的时间，还打出了“苍天已死，黄天当立；岁在甲子，天下大吉”的口号。张角命人在各个城镇的大街小巷留下“甲子”二字，用来提醒信徒不要忘记时间。就在这个时候，太平道却出了一个叛徒，这个人名叫唐周，他的上部是马元义。在张角宣布起义后，马元义率领着荆州、扬州的一万多名百姓，悄悄赶到邺县（今河北临漳）准备起义前的事宜。唐周乘人不备，把太平道起义的消息告诉了东汉统治者，汉灵帝十分震惊，慌忙调集军队抓捕太平道信徒，并把这些人就地斩杀。马元义仓促之间抵抗不济，也被杀死，随即汉灵帝在全国下令抓捕太平道信徒，并要求一定要抓到张角和他的两个弟弟。
汉军一鼓作气又在几场战斗中胜利，黄巾军损失惨重。黄巾军将领张曼成被东汉将领秦颉斩杀，黄巾军奋起反抗，赵洪代替张曼成掌管军队，不出几日便把宛城攻了下来。秦颉联合地方势力围攻宛城，黄巾军在交战过程中损失不少将士，但依然死守宛城。张角带着军队在河北进行反击，前几次吃了败仗，后来汉军内部发生了矛盾，黄巾军乘机发动进攻，打得汉军连连败退。眼看胜利就在前方，张角却得了重病，他自己也不知道该怎么治疗，军队中也没有其他医生，不久之后，张角病逝了。张梁和张宝掌握了黄巾军的大权，可惜两人在获胜后过分轻敌，产生了骄傲自大的念头，也疏忽了士兵的操练。一天晚上，汉军突然袭击驻扎在广宗的黄巾军，张梁不幸牺牲，几万士兵英勇就义。随后，汉军赶往曲陽，和张宝带领的起义军交战，最终张宝也被斩杀，他的十多万起义军几乎全军覆没。
为了继续扩大太平道的势力范围，张角让弟弟张梁、张宝随同自己一起前往冀州。当时全国爆发瘟疫，冀州的灾情很严重，张角一方面给人治病，一方面派两个弟弟在百姓之间宣传太平道。在太平道信徒人数达到几十万之后，张角便把他们分成三十六各部分，多的有一万人，少的有六七千人。从这之后，张角开始谋划起义的事宜。
其实在张角之前已经有不少农民起义队伍出现，朝廷虽然武力镇压，但起义队伍实在太多了，这边被打压下去，那边又冒了出来，如雨后春笋一般。这些起义运动在一定程度上牵绊住了东汉统治者对太平道的注意，使得张角的势力不断扩大，最终爆发了黄巾起义。
得知起义消息泄露后，张角也等不到计划好的那一天，索性提前起义。他自封“天公将军”，张宝和张梁分别被封为“地公将军”和“人公将军”，起义军戴着黄色头巾作为标志，因而也被称为“黄巾军”。张角三人带着黄巾军四处占领郡县，斩杀官员，还把官府的钱财粮食都分给老百姓。汉灵帝得知起义军攻占了不少郡县，心里十分着急，他连忙任命何进为大将军，带领大批羽林军前去镇压张角，又下令各郡县操练士兵准备迎战，这就给地方势力可乘之机，很多官员明里召集军队镇压起义，暗地里利用军队扩充自己势力。
公元188年，侥幸存活下来的小部分黄巾军再次起义，几个郡县接连被黄巾军占领。这次起义的军队虽然规模不大，但分布广，数量多，镇压起来很是麻烦，令东汉政府十分头痛。太常刘焉向汉灵帝提议，准许地方官员自行打压起义军队，这样一来，地方政权的势力得到增长，起义也得到了根本上的控制。汉灵帝采纳了刘焉的提议，从眼前情况来看，这一措施的确能有效镇压起义军，但从长远来看，地方政权的强大会威胁到中央政权，地方官员拥兵自重，久而久之便不再听从皇帝命令。
当时太平道可以说是民间最有号召力的组织，朝廷本来有些担心太平道会对东汉政权产生威胁，不过张角一直在宣扬治病救人的理念，朝廷也就放了心，可令朝廷意想不到的是，张角可不单单满足于给百姓看病。
“苍天乃死”字砖东汉字砖中“苍天乃死”四字与黄巾起义的口号不谋而合，起义军因此广泛传布太平道，表达民众推翻汉朝的普遍心愿。
张角的太平道推崇黄老学说。在张角看来，黄帝时期的天下是最美好、最太平的，人们衣食无忧，统治者睿智仁慈，而如今的东汉，满目疮痍，令人心寒。在这样的社会情况下，张角的太平道出现了。
张角一开始打着治病救人的旗号，自称“大贤良师”，四处给穷人看病，还不收医药费。因为他本来就有一些医学知识，一般的病症都能解决，因而得到了广大百姓的拥护。眼看百姓渐渐对自己产生了信赖，张角便开始宣传太平道的思想，还把太平道的思想和治病救人结合起来。果然，越来越多的人拜入太平道，十年之间，信徒就遍布全国三分之二的地方，人数达到几十万之多。
公元192年，在中央政府和地方势力的双重打压之下，黄巾起义以失败告终。但它给东汉政府带来沉重的打击，在一定程度上加速了东汉王朝的灭亡，揭开了东汉末年军阀混战的帷幕。
