《本草纲目》是李时珍走了上万里路，倾听了千万人的意见，参阅了八百多种书籍，花了二十七年才完成的，共十六部，其中，植物五部：草部、谷部、菜部、果部、本部，动物六部：虫部、鳞部、介部、禽部、兽部、人部，矿物四部：金部、玉部、石部、卤部，其他一部，五十二卷，约二百万字，其中编入了一千八百九十二种药物，其中包括三百七十四种新增药物，还附有一万一千多个药方以及一千一百多幅插图，内容覆盖了植物、动物、矿物、化学、天文、气象等许多领域的知识，吸取了历代本草著作的精华，尽可能地修补前人的误漏之处，并有很多重要的发现和突破，其规模超过了以往的任何一部本草学著作，且编排体例系统而又严谨，对中医药学具有极大的贡献，是我国医药学史上的一座里程碑。
因药夺命的事故频繁发生，给李时珍的内心带来了很大的冲击。他想，古医药书无疑蕴含着丰富的知识和宝贵的经验，但是也确实存在着一些误漏，如果不及时订正，那么将会有多少人因此而贻误病情甚至失去性命！想到这里，李时珍就立刻去找父亲，与父亲在灯下倾心而谈。李言闻在得知了儿子的宏愿之后，语重心长地说：“你重修本草的想法虽然很好，可是实施起来却很困难，因为这需要大量的人力和财力，恐怕只有朝廷才有这么大的力量。另外，凭你现在所掌握的医学知识，还远远达不到修书的要求，所以你还是先在读书上狠下一番工夫吧，你说呢？”李时珍闻言，心里顿时有了底。从此以后，李时珍就全心沉浸在浩如烟海的医书之中，他在十年的时间里熟读了《内经》、《本草经》、《伤寒论》和《金匮要略》等古典医书，以及大量关于花草树木的书籍，积累了许多珍贵的读书笔记等资料。
从太医院回来的第二年，三十五岁的李时珍就开始重新编写医书了，并将其命名为《本草纲目》。刚开始时还比较顺手，可是接下来问题就出现了。本草是古代药物学的代称，它包括花草果木等植物，以及鸟兽鱼虫等动物，还有铅锡硫汞等矿物，因其中绝大多数是植物而得名。历代有许多关于本草的专著问世，却没有一本能够概括自东汉《神农本草经》成书至李时珍诞生这千百年来的医学进展。李时珍发现了这一问题之后，就挑起了这副重担。可是，他并没有预料到药物竟然有那么多品种，如果不一一了解它们的性状和习性，就很容易像前人一样犯混淆药材的毛病。从此以后，李时珍就穿着草鞋，背着药筐，在徒弟庞宪、儿子李建元的伴随下远涉深山旷野进行实地考察。他遍访名医宿儒，搜求民间偏方，还虚心地向农夫、渔夫、樵夫、猎人、矿工等人请教，学到了许多书本上没有的药物知识。比如，芸苔是治病常用的药，但它究竟长什么样呢？《神农本草经》里没说清楚，各家注释也讲不明白。李时珍通过一个菜农的指点并察看了实物，才确定它其实就是油菜，于是他就在《本草纲目》中对它进行了详细的注解。李时珍听说北方有一种药物叫曼陀罗，它的叶像茄子叶，花像牵牛花，人吃了它以后会手舞足蹈甚至陷入麻醉状态，于是李时珍就来到北方并找到了曼陀罗，还亲自验证了花的性能，并记下了“割疮灸火，宜先服此，则不觉苦也”。经现代药理证实，曼陀罗花确实具有麻痹交感神经等作用。
李时珍在给人看病期间，发现了古医书上有许多条目都是错误的。比如，《日华本草》就把消肿的木鳖子和主治恶疮的虎掌混为一谈了。有一位精神病人在服用了含有防葵的药之后很快就死了，原因是医生按照古医书上的记载，把狼毒当成防葵处方了。狼毒的毒性很大，人吃了怎能不丧命呢？
遗憾的是，李时珍生前没能亲眼看到自己的这部巨著印行。万历二十六年（1593年）初秋，李时珍离开了人世，《本草纲目》由书商胡承龙等人主持刻版，三年后才付印。《本草纲目》不仅对中医药学具有极大的贡献，还对世界自然科学的发展起了巨大的推动作用，所以它一经问世就不胫而走，并辗转流传到世界各地，被公认为“东方医学的巨典”。其作者李时珍，不仅是中华民族的骄傲，也是世界文化名人。
嘉靖三十年（1551年），李时珍因医术精湛受聘于楚王府，主管祭祀礼仪和医务。李时珍原本不愿与皇亲国戚交往，但他又考虑到楚王也许能帮助自己向朝廷传达他重修本草的目的，就来到了王府。没过多久，李时珍就因为治愈了楚王世子的暴厥以及其他一些疑难杂症而声名远播，并被举荐为太医院的医官。太医院是明朝的中央医疗机构，拥有大量外界罕见的珍贵医书和药物标本，使李时珍大开眼界。李时珍在太医院期间，夜以继日地研读、摘抄和描绘药物图谱，汲取了大量的医学精髓。在此期间，李时珍还多次向太医院提出重新编写本草的建议，可是非但没有得到响应，反而遭到了无端的讥讽与中伤。李时珍很快就明白了太医院绝非他实现理想的地方，所以一年之后他就毅然地告病还乡了。
万历六年（1578年），李时珍终于完成了《本草纲目》这一具有划时代意义的药物学巨著。
一天，李言闻出诊去了，诊所里只剩下李时珍一人。这时来了两位病人，一个是眼睛红肿且疼痛，另一个是大泻不止。李时珍思索了半晌，说：“父亲要到晚上才能回来，要不我先给你们开个方子试试吧。如果不行，你们再来找我父亲。”那个泻肚子的病人难受至极，哪里还管得了这么多，迫不及待地说：“好，好，郎中的公子开方子还能有错？”那个眼睛红肿的病人也捂着双眼连连催促李时珍开方子。李时珍便果断地开方取药，病人取了药就走了。等到李言闻回到家中，李时珍详细地跟父亲说了看诊及开方的情况，说得头头是道。李言闻一边听一边不住地点头，心想儿子不仅读了不少医书，还能把医书上的知识应用到治病实践当中，确实是块当大夫的材料，心中不觉由惊转喜，更加放手让儿子行医了。没过几年，李时珍就成了当地一位很有名望的医生。
在进行实地考察时期，李时珍还不忘为父老乡亲治病。有个妇女鼻腔出了一天一夜的血，怎么治都不见效。李时珍把大蒜切片，然后敷在患者的脚心上，不一会儿患者就不流血了。这个方子正是他从民间学到的。随着考察的深入，李时珍更加深切地认识到：处处皆有学问，只要用心学习，每天都会有新收获。
李时珍（1518～1593年）字东璧，晚年自号濒湖山人，湖北蕲州（今湖北黄冈蕲春）人，其父李言闻是当地名医。李家的后院种了好多药草，李时珍自蹒跚学步时起就和这些药草结下了不解之缘。随着年龄的增长，李时珍对这些药草有了更加深入的了解，整日都消磨在后院之中。不过，由于当时的医生被豪绅贵族视为“下九流”，社会地位十分卑微，所以李言闻自然不愿意让聪慧的儿子像他一样饱受被歧视的屈辱，而是希望儿子能够通过读书应考光耀门楣。李时珍十四岁就中了秀才，不过他并不屑于学习空洞乏味的八股文，所以他考了三次举人都没有考中，再加上他自小就体弱多病且醉心于学医，于是他向父亲表明了放弃科举的决心，准备专心学医。李言闻考虑再三，最终同意了儿子的请求，并且悉心地教导儿子。
