在逐渐征服海西女真的同时，努尔哈赤也开始了对东海女真的征服战。从万历二十六年（1598年）至万历四十三年（1615年），努尔哈赤相继征服了东海女真中分支众多的渥集部和虎尔哈部。到天启五年（1625年），努尔哈赤基本上征服了东海女真。
当时，散居在白山黑水一带的女真族经过长期的战争、迁徙和融合，逐步分化为建州、海西、东海三大部分。建州女真主要分布在抚顺关（今辽宁抚顺）以东、鸭绿江以北以及长白山南麓，海西女真主要分布于松花江、辉发河、乌拉河及东辽河流域，东海女真则主要散居于长白山北麓、乌苏里江沿岸以及黑龙江中下游，各部长期处于分裂割据状态。明朝在东北地区最主要的军事力量是辽东总兵李成梁的部队，李成梁为了控制东北地区的局势，对女真各部采取了相互牵制的分化政策，加剧了女真各部之间的矛盾，以致女真各部以及其他民族之间不断混战。
返回赫图阿拉时，努尔哈赤在额亦都等人的拥戴下，用祖父和父亲遗留下来的十三副甲胄起兵。他首先派人质问明朝为什么杀害其祖父和父亲，明朝无以为由，就归还了觉昌安和塔克世的遗体，并给他封赏加官。不久，他就开始了统一女真各部的战争。
万历十一年，努尔哈赤征服了浑河部。万历十四年（1586年）七月，努尔哈赤又攻克鄂勒浑（今黑龙江齐齐哈尔附近），杀死了协助李成梁攻克古勒寨的尼堪外兰，掌控了苏克苏浒部。次年，努尔哈赤征服了哲陈部。万历十六年（1588年），董鄂部首领何和里率部归降，不久后完颜部也受降。从万历十九年（1591年）至万历二十三年（1595年），努尔哈赤先后夺取了纳殷、朱舍里、鸭绿江三部，统一了长白山地区。就这样，努尔哈赤在十年之内就统一了建州女真各部。
至此，努尔哈赤完成了他统一女真各部的大业。天启六年（1626年）初，所向无敌的努尔哈赤在宁远战役中被明将袁崇焕用红夷大炮击伤，于同年八月郁郁而终。他死后，其子爱新觉罗·皇太极即位，于天聪十一年（1636年）改国号为清，追尊努尔哈赤为太祖高皇帝。
努尔哈赤在统一女真各部期间，由于势力还不够强大，所以他采取了不同的对外措施。他躲避相对强大的海西女真，拉拢蒙古和朝鲜，顺从明朝，所以暂时与他们相安无事。万历二十三年，努尔哈赤还因“保塞有功”而被明朝封为龙虎将军，其影响力因此逐渐扩大。
万历二年（1574年），明朝建州右卫指挥使王杲因反叛明朝，被李成梁诛杀，王杲死后，他的儿子阿台逃回古勒寨（今辽宁新宾上夹河镇古楼村）。万历十一年（1583年），李成梁攻克古勒寨并下令屠城，碰巧来古勒寨探亲的觉昌安和塔克世也未能幸免，努尔哈赤和其弟舒尔哈齐因仪表不凡而被李成梁的妻子救下。
努尔哈赤姓爱新觉罗，女真人，明嘉靖三十八年（1559年）出生于建州左卫苏克素护部赫图阿拉，父亲塔克世和祖父觉昌安先后担任建州左卫指挥使，祖上也非等闲之辈，从六世祖猛哥帖木儿开始就一直受明朝册封。努尔哈赤十岁丧母，十九岁时就因继母虐待而分家自立，此后经常到抚顺、清河（今辽宁本溪以北的清河）等地经商，结识了许多朋友，学会了蒙语、汉语等语言，喜欢读《三国演义》、《水浒传》等小说。
努尔哈赤势力的逐渐发展壮大，使得海西女真恐慌不已。万历二十一年（1593年），海西女真叶赫部联络海西乌拉、哈达、辉发三部以及蒙古科尔沁等共八部，组成三万人的九部联军，一起进攻努尔哈赤。双方战于古勒山，努尔哈赤集中兵力攻其主力，大败九部联军，大大地削弱了海西女真的势力，还生擒了乌拉部首领布占泰，因此威名大震。不过，海西女真的势力毕竟比较强大，无法迅速征服，所以努尔哈赤就利用海西女真四部之间的矛盾，采取了远交近攻、各个击破的策略。他对外继续向明朝表示臣服，向朝鲜和蒙古表示友好；对于海西女真，则是先拉拢势力较强的叶赫、乌拉二部。万历二十四年（1596年），努尔哈赤将布占泰送回乌拉，次年，努尔哈赤又与叶赫首领联姻，逐步孤立了哈达部和辉发部。万历二十七年（1599年），努尔哈赤以背盟为由灭掉了哈达部。万历三十五年（1607年），努尔哈赤又以同样的理由灭掉了辉发部。万历四十年（1612年）九月，努尔哈赤因为布占泰背盟负约，率军三万征讨乌拉部，于次年正月消灭了乌拉部。乌拉首领布占泰只身逃往叶赫部。万历四十一年（1613年）九月，努尔哈赤以叶赫部藏匿布占泰为由，出兵攻打叶赫。就在努尔哈赤即将灭掉叶赫部时，明朝出兵驻守叶赫东西二城，阻止了努尔哈赤统一女真的步伐。万历四十六年（1618年），努尔哈赤因认为明朝偏袒叶赫部而心生不忿，愤然颁布“七大恨”起兵反明，先后在抚顺、清河、萨尔浒、开原、铁岭等地与明军展开了数次激战，给明朝在辽东的军事实力造成了毁灭性的打击，叶赫部也因此势单力孤。万历四十七年（1619年），努尔哈赤亲率大军围攻叶赫东西二城，一举消灭了叶赫部。就这样，努尔哈赤经过二十六年的征伐，基本上统一了海西女真。
