韩山童和刘福通看准时机，马上将这些民工组织起来发动起义。韩山童自称是宋徽宗的后人，刘福通则自称是南宋抗金名将刘光世的后人，一君一臣立誓要联合起来，共同推翻无道的元朝，复兴宋朝。从一开始，起义军就汇聚了三千多人，他们在韩山童和刘福通等人的领导下，在颍州的颍上县集合，开始宣誓起义。
1363年，张士诚派出大将吕珍围攻安丰，切断了安丰的粮草供应。安丰城内的粮食都被吃光以后，甚至出现了人吃人的惨状。刘福通在万般无奈之下，只好向朱元璋求救。当时，朱元璋率领的起义军的实力已经非常强大了，他击溃了张士诚的军队，成功将韩林儿和刘福通解救出来。
蒙古贵族疯狂剥削各族百姓，这其中尤以对汉族百姓的剥削最为残酷。大批农田被蒙古贵族兼并，农民们失去了赖以生存的农田，只能到有钱人家或是官宦人家为奴为婢。这大大加剧了国内的民族矛盾。
红巾军起义是元朝末年爆发的一次大规模的农民起义。当时国内的各种矛盾日益尖锐，一直忍气吞声的百姓终于在走投无路的情况下揭竿而起，随后各地农民云起响应。虽然红巾军起义最后以失败告终，但是却从根本上动摇了元朝的统治，为后来明朝政府的建立打下了坚实的基础。
与此同时，那些家中尚有一些薄田的农民也并不好过。元顺帝在位期间，黄河连年发生洪涝灾害，田里的庄稼颗粒无收，再加上瘟疫横行，百姓们不是饿死就是病死。
元朝最后一位皇帝元顺帝在位后期，朝政极其腐败。元顺帝不理政事，终日在后宫过着荒婬无道的生活，任由奇皇后把持朝政，祸害忠良。不仅如此，为了满足自己的婬欲，元顺帝还派人到民间大肆搜罗美貌女子，送进宫中供他玩弄，百姓对此敢怒不敢言。一国之君尚且如此，更何况是朝中大臣？元朝各级官府巧立名目，对百姓横征暴敛。与元朝初年相比，元末百姓的税务负担足足增长了二十倍，即便如此，政府还是连年出现财政赤字。为了解决眼前的财政困难，元朝统治者想出了一个饮鸩止渴的法子：在国内大量发行纸币。此举导致纸币贬值，通货膨胀，民不聊生，让社会矛盾日趋尖锐。
眼看情况已经到了不可收拾的地步，元顺帝只好任命贾鲁治理黄河。治河工程规模庞大，需要耗费大量的人力、物力和财力，这为百姓带来了巨大的负担，对于原本就穷苦不堪的百姓而言，这无疑是雪上加霜。在这个过程中，有十五万百姓被征为民工，参与治河。这些民工每天都要从事高强度的劳动，官府却乘机克扣他们的粮食，让他们饿着肚子干活。民工们内心悲愤无比，大规模的反抗蓄势待发。
大宋政权建立以后，刘福通率领起义军渡过黄河，将元军击溃。年底，元军大举进攻亳州，刘福通率军击退了元军，使得亳州转危为安。第二年，在刘福通的统率下，起义军兵分三路，开始北伐。经过两年的浴血奋战，起义军终于在1358年攻破了开封城，大宋政权随后迁都开封，距离复兴宋室又近了一步。至此，红巾军的势力已经发展到了顶点。
其后，徐州、蕲州、邓州等地的百姓纷纷响应，全国各地大大小小的起义不断。第二年初，郭子兴也在安徽濠州发动了农民起义，明朝的建立者朱元璋就是在郭子兴率领的红巾军中成长起来的。
官府事先已经对此事有所耳闻，这时突然赶来镇压。韩山童不幸被捕，之后更壮烈牺牲，刘福通等人则率领起义军冲破官兵的包围圈，开始了四处征战的历程。没过多久，安徽、河南境内的很多城镇就被起义军占领了。
在治理黄河期间，饱受压迫的民工不堪重负，群情激愤。韩山童和刘福通审时度势，认为这正是发动起义的大好时机。他们先是编造了一首民谣，其中有这样两句话：“石人一只眼，挑动黄河天下反。”之后，他们又将这首民谣在百姓中间广泛传播开来，而那些治河的民工更成了他们的重点传播对象。民工们一开始对这首民谣将信将疑，哪曾想不久之后，他们竟在黄河的河道中挖出了一个石人，石人背后居然还刻着“石人一只眼，挑动黄河天下反”这样的字样。这自然是韩山童和刘福通做的手脚，不过却据此成功地笼络了人心。民工们看到石人以后，无不大惊失色，进而认为起义根本就是上天的旨意，这让他们勇气大增。
在此之后，起义军一路高歌猛进，元朝政府应对不暇。1355年，刘福通和韩山童的儿子韩林儿率领起义军，在安徽亳州建立了大宋政权。表面上是韩林儿被拥立为皇帝，但实际上大宋政权真正的掌权者是刘福通。韩林儿年纪尚轻，又无多少指挥作战的经验，所以事无巨细，全都由刘福通做主。
在朱元璋的支持下，韩林儿此后仍是名义上的大宋政权的皇帝，但已经形同虚设。1366年，刘福通在与张士诚的对抗中牺牲，没过多久，大宋政权就覆灭了，红巾军起义也宣告失败。此次起义总共延续了十三年，范围遍及大半个中国，尽管没有直接灭亡元朝，却让元朝的统治变得岌岌可危。如果没有红巾军起义奠定的基础，后来朱元璋也不可能顺利地消灭元朝，建立明朝政权。
1351年五月初，韩山童和刘福通等人在安徽颍州发动了轰轰烈烈的农民起义。因为起义军都头裹红巾，所以此次起义便被称为“红巾军起义”。同年八月，徐寿辉和邹普胜等人在湖北蕲州领导起义，同样以红巾军为号。
在这样的情况下，元朝政府迅速派出军队镇压。起初，起义军力量弱小，在与元军交战的过程中接连溃败。后来，元顺帝派出中书右丞相脱脱率领百万元军到江苏高邮镇压张士诚领导的起义军。脱脱遭到奸臣陷害，被临时剥夺兵权，百万元军群龙无首，竟被张士诚的起义军打得落花流水。
元朝政府感受到了来自红巾军的巨大威胁，再也无法泰然处之。元顺帝派出大军大举镇压起义军。第二年五月，开封被元军包围。三个月后，开封被元军攻破。大宋政权的大批官员及其亲眷共计几万余人，另有五千名起义军都沦为了元军的俘虏。韩林儿则在刘福通的保护下，逃到了安丰。大宋政权损失惨重，此后再难振兴。
