1916年，马寅初任国立北京大学经济学系教授兼系主任。当年的北大教授大都是乘人力车到校授课，唯有马寅初乘坐的是中国银行的大马车。
马寅初一直坚持洗冷水澡，他在北大演讲，大讲自己几十年如一日坚持冷水浴的乐趣，甚至在火车上也必须弄桶水来冲凉，“凉水一激，汗毛孔里的泥垢就出来了。”
马寅初讲课很少翻讲义，讲得激动时，往往走下讲台，挥动手臂，言词密集，如同阵雨。一些坐前排的学生说：“听马先生上课，必须撑雨伞。”
1919年初，北大教授评议会决定取消文、理学长，提出设立教务长，统管文、理、法三科。教务长的权力处在校长之下、教授之上，因此成为各科教授争夺的焦点，尤其是教授力量最强的文、理二科的教员更是志在必得。最后经过商量，决定各科推出一名候选人。当时，文科推出陈大齐，理科推出俞同奎，法科推出马寅初。最后在评议会正式选举时，为避免无谓的争端，校长蔡元培投了马寅初一票，因此，当时回想奔丧的马寅初成为了北大历史上第一任教务长。
1956年秋天，章廷谦在北大讲授中国文学史课。章是浙江绍兴人，鲁迅的学生，嗜酒，且只饮黄酒，自己坦言早上起来必先喝够了酒才能上课，尤其是冬天，因此他的课必定是上午的第三第四节。一天章讲柳永的词作《雨霖铃》，且吟且解说，当说到酒字时，章先生滔滔不绝地讲起了历代有关酒后意境的诗词佳作，古人的酒仪酒具，诸如“举案齐眉”等等，说得满脸涨红，舞之蹈之，神采飞扬。先生精神振奋，学生气氛活跃。正是高潮处，教室门轻轻地开了。那天宋运郊到得晚，只能在靠门口的座位就坐，文史楼的阶梯教室门开在教室东面正中。他抬头一看，是马寅初，正要招呼，马寅初半弯身子示意不要声张，要继续听课。台下马老在静心听课，台上章先生照讲不停。马老听了三五分钟，俯身弯腰问宋：这位是谁？宋告诉他是章廷谦先生。又问：绍兴人？宋点头肯定。最后马寅初问他：你们认为讲得如何。宋说阐述得很精彩。他笑一笑说：“章先生真是海量啊！”然后轻轻转身出了教室。
在北大学生当中，马寅初历来是传奇人物，一是他的谦恭敬业，二是他的尊师爱生，三是他的不拘行迹不拘言辞（例如他常说的口头语“兄弟我”），四是他对共产党的恭敬尊重，不犯规矩，例如他对一些政治原则问题从不胡乱表态，都是说，“这个事情应当请示江（隆基）先生，我们是有分工的，他做得比我好”。
马寅初的儿子马本初说，马寅初1961年以80高龄回故乡城嵊县视察，因洗冷水澡而患上肺炎，才终止了这一习惯。
解放初期，北京大学中文系为郭良夫老师举行婚礼。身为校长的马寅初便抽空去祝贺。郭良夫当时只是一名普通教师，见校长亲自前来祝贺，心情非常激动，便同新娘一起向校长敬酒。马寅初应邀即席发言：“我想你这个新娘应该放心了，因为根据新郎大名，他一定是位好丈夫。”马老的幽默引起满场的欢笑。
解放前嵊县绑匪较多，所绑肉票，多藏匿于上海租界，为此租界捕房嘱咐旅馆，遇嵊县人住宿要仔细盘问。有一次马寅初去租界旅馆投宿，称是嵊县人，旅馆登记人员一听，怕找麻烦就一口回绝了，连找数家都是如此，最后自称为绍兴人，才住上旅馆。
北大当年的学生回忆入学时，聆听马寅初校长讲话时的情形，他们的感觉是“有一股扑面而来的热情和不加修饰的真率”。而他们看见马校长，第一个印象是，“身体出奇地棒，当时他年已古稀，虽然鹤发稀疏，却有红润的童颜。他仍常常在假日到西山去爬山，还常年坚持洗冷水澡，在北京冬天那寒风刺骨的河岸上，老人家光着身子往冷水里跳”。
马寅初在向北大师生宣讲他的“新人口论”理论，谈中国人口增长过速的原因时，总结出了好几条，其中三条是：一是和尚尼姑大量还俗，增加了生产力；二是中国生活水平低，素食民族比肉食民族生育率高；三是中国农村大部分地区没有电灯，早早躺下睡觉，不多生孩子才怪。
蔡元培、吴稚晖和邵元冲、张默君夫妇以及马寅初，一行人来游雁荡山。蔡元培是前清翰林出身，吴稚晖是民国元老，文才口才都十分了得，邵元冲、张默君、马寅初也非等闲之辈，无疑都是雅人。那天他们来到梯云谷云潭瀑，马寅初走得热了，爱那潭水清凉，便跃身入潭畅游起来，蔡元培笑道：“此潭可有名称？”生性诙谐的吴稚晖戏谑道：“洗马潭。”
“文革”开始了，社会上出现了“破四旧”的极左行动。一天早饭后，马寅初把家人叫到客厅，尽量以一种平静的语气说：“近来我一直思考一件事情，总犹豫不定，现在我决定了。今天，你们都不要出去，我们全家自己动手来破‘四旧’。这样做，虽然可惜，也非常痛苦，但不这样做，又有什么办法呢？与其让别人烧，不如自己烧！”于是一件件珍贵的文物以及马寅初多年积累的资料被送进锅炉。
马寅初出任北大校长期间，翦伯赞曾任历史系主任，负责过北京大学校刊。一次马寅初写了一篇文章，是关于健美养生的，交给了校刊部。翦伯赞见了，皱着眉头说：“这文章怎么能在校刊上发呢？”坚决不让发。马寅初有意见，一次，在会上说：“我的文章挺好的，为什么不让发？”说归说，翦伯赞并不理“上级”的话，仍不让发，马寅初也没有办法。可见当时北大的氛围还是很民主。
马寅初出生时，有位算命先生对他父母说：“此子贵不可言——五马俱全（马年马月马日马时出生，还姓马）”。
1922年7月3日，胡适在日记中回忆说：“当时原议教务长只限于文理二科合成的本科，而不管法科。尹默又怕我当选，故又用诡计，使蔡先生于选举之日打电话把政治、经济两系的主任加入；一面尹默亲来我家，说百年（陈大齐）等的意思不希望我第一次当选为教务长。他们明说要举马寅初（经济系主任）。我本来不愿当选，但这种手段是我不能忍耐的；……但后来尹默与寅初又成冤家，至今不已。”
