1973年批林批孔运动开始，冯友兰又紧张起来，于是他写成两篇批判文章。很快，这两篇文章都在《北京大学学报》登出。不久《光明日报》加“编者按”予以转载，《北京日报》也转载了。这把冯友弄糊涂了，直到1974年1月他才听谢静宜说：“有一次会上，北大汇报批林批孔运动的情况，毛主席听到冯友兰的那两篇文章，马上就要看。我立即找着这两篇文章当场交给毛主席。毛主席当场就看，并且拿笔改了几个字和几个标点符号。后来发表了……”
1945年5月国民党全国第六次代表大会上，冯友兰被选为大会主席成员，蒋介石宴请他吃饭，并亲自许诺已内定为中央委员，冯则以“一当了中委，就不好对青年人讲话了”为由，婉言谢绝。
解放前夕，冯友兰有其他两个选择，一个是去美国或留在美国，一个是去台湾。一九四八年十二月，南京派一架飞机来北京，愿意走的人，可以上飞机。冯友兰和妻子商议后决定，哪里也不去，在北京等着解放军来：“当时我的态度是，无论什么党派当权，只要它能把中国治理好，我都拥护。这个话我在昆明就已经说过。当时在知识分子中间，对于走不走的问题，议论纷纷。我的主意拿定以后，心里倒觉得很平静，静等着事态的发展。有一次景兰（其弟）问我说：‘走不走？’我说：‘何必走呢，共产党当了权，也是要建设中国的，知识分子还是有用的，你是搞自然科学的，那就更没有问题了。’当时我心里想的，还是社会主义‘尚贤’那一套。”
1947年，战局日趋明朗，南京政权摇摇欲坠。冯友兰正好在美国，于是有些朋友劝他在美国长期住下去。他说：“俄国革命以后，有些俄国人跑到中国居留，称为‘白俄’。我决不当‘白华’。解放军越是胜利，我越是要赶快回去，怕的是全中国解放了，中美交通断绝。”
冯友兰年轻时向往革命，参加过国共合作时期的国民党，去过当是的革命发源地广州。冯友兰说：“我想到广州看看这个革命根据地。当时的人心都倾向广州，好像在抗战时期倾向延安那样。”
“一二·一”惨案发生后，傅斯年向联大教授施加压力，当局要学生尽快复课，不然，蒋介石要派霍揆彰武力解散联大，把学生编入青年军。在教授会议上，冯友兰对傅斯年开玩笑说：“你原来是个学生头头，专门跟学校当局闹别扭，现在别扭闹到你头上来了，真是‘请看剃头者，人亦剃其头’。”因为傅斯年是“五四”运动中最著名的学生领袖，而这次虽然同情遇难学生，但完全维护国民党的利益。当年闻一多非常反对学生罢课闹学潮，这一次，完全支持学生罢课。这种转变，显然符合历史的逻辑。在双方僵持不下时，冯友兰和训导长查良钊联合提出一个方案：学生先复课，教授会保证于复课后15天内使关麟征去职。双方都做了妥协。
国民党政府垮台前夕，冯友兰拒绝搭机南下去台湾，并以清华大学文学院院长的身份，竭诚迎来了共产党。
有人认为，冯友兰能在屡有学潮、校长迭换的清华身居要职、屹然不撼二十年，主要由于：一、头脑冷静、析理均衡、明辨是非、考虑周至。二、深通世故，处世和平中庸，而观点进步，学术上有高度安全感。三、国学根底雄厚，文言表达能力特强，初则勇于起草，继则众望所归，经常被推执笔。给陈立夫的抗辩书就是冯友兰所写。
1945年冯友兰的母亲去世，冯友兰回家奔丧，县长来拜望，冯友兰不送，而家里旧亲友来，都送到大门。乡里一时传为美谈。
1925年，冯友兰因为向往广州，加之朋友邀请，想去广东大学任教。在离开开封以前，冯碰见于右任。冯问于：“广州的情况怎么样？是不是可以去？”于回答说：“革命的人可以去，不革命的人不可以去。”冯于是决定前往。
冯友兰后来回忆说：“任载坤对我说，那两个学生坐在客厅里，在沙发上睡着了，发出很大的鼾声。她听见门外常有人来来往往，怕出危险就把他们叫起来藏在后院厨房里。我也不知道那两个学生是谁。”当年的一个学生后来回忆说：“我们从梅校长家出来，已将天黑，大家就按校长的话，设法躲避。我自己是躲在叶公超教授家里，像姚依林当时躲在冯友兰教授家里……从这一件事看来，梅校长当时作为国民党政府特任的国立大学校长，能冒着一定风险，如此保护学生，应该说是十分难得的。”
有一次，清华接到当局的一份学生名单，要学校把这些学生交出来。当局派部队围住了清华，要逮捕这些学生。刚吃罢晚饭，梅贻琦打电话叫冯友兰去他家开会。冯刚要出门，有两个学生要进来，他说：“好吧，请进来吧。”到了梅家以后，才知道大部分学生聚在体育馆内，军警正准备攻打体育馆。梅贻琦说：“看情况随时都可能发生大事，校务会议的人都不要走，等着随时应付。”然后梅贻琦就往城里打电话，请求援助。后来找到当时的市长秦德纯，他过去是宋哲元的幕僚，秦找了宋哲元后，军警才撤离了清华。等冯友兰回到家里，那两个学生也走了。
