马寅初一身正气，针针见血的演讲使国民党的腐败暴露在光天化日之下，丑恶无处藏身。蒋介石在气急败坏时曾说马寅初是“嵊县强盗”，马寅初则说自己是“嵊县强道”，即强大的道理，而蒋介石之流不是“大道为公”而是“大盗为私”，正义加雄辩，举国景仰。
马寅初有一很著名的话是：蒋介石的光脑袋就是“电灯泡”，里面真空，外面进不去。
蒋介石知道马寅初在他的心腹学校点火，非常生气。1940年秋，蒋介石“召见”马寅初被拒。孔祥熙接着对他进行利诱，请他当财政部长，又遭拒。蒋介石便于1940年12月6日派宪兵闯入学校，将他逮捕。随后中央通按讯社发出了“立法委员马寅初，奉命派赴前方研究战区经济状况，业已首途”的假新闻。实际上他却被幽禁在贵州息烽军统集中营的山沟里。
马寅初因为揭露四大家族而被舆论形容成“马寅初作狮子吼”。
抗战爆发后，马寅初以专家身份考察中国的战时经济，对国民党的军政要员大发国难财极为不满，他将这种情况精辟而形象地概括为“前方吃紧，后方紧吃！”并将矛头直指孔、宋家族。
抗成胜利后，马寅初继续反对四大家族的官僚资本主义，痛斥国民党政府出卖民族利益。当李公朴、闻一多惨遭国民党特务暗杀消息传来，马寅初愤怒万分，当即写了遗书，告别大家，孑然一身穿蓝布长衫赴南京中央大学讲演，用大量事实揭露国民党反动派发动内战的罪行，当讲到物价飞涨时，指名道姓、抨击蒋介石，有力地推动了当时国统区的反蒋爱国民主运动。
1941年3月30日，马寅初六十大寿，重庆各界人士为他开了一个没有寿星的祝寿会。重庆大学生在地下党的领导下，为马寅初组织了一次声势浩大的祝寿活动。中共驻重庆办事处的三位最高领导人周恩来、董必武、邓颖超送来了一副巨大的对联，以示声援。对联曰：桃李增华，坐帐无鹤；琴书作伴，支床有龟。1942年8月，周恩来等人进行了多次营救，但蒋介石并不买账。此后，美国罗斯福总统的特使赫尔利也向蒋提出释放的要求，赫尔利是马寅初留学美国时的同学，蒋介石处处依赖美国，又迫于抗战形势于8月20日释放了马寅初，但仍将他软禁在歌乐山家中，而且不许马寅初教书，不许发表文章，在经济上断其生路。
1940年春，重庆郊区的陆军大学邀请马寅初给将官班讲《抗战财政问题》，这些将官学员很多是从前方调来受训的。马寅初一连讲了两个多小时。他说，抗日战争正在中华民族存亡的严重关头，全国上下应该有钱出钱，有力出力，同心同德，共赴国难。但是现在不是这样，现在是“下等人”出力，“中等人”出钱，“上等人”则既不出钱，又不出力，囤积居奇，发国难财。还有一种“上上等人”依靠权势，利用国家经济机密从事外汇投机，大发超级国难财。他公开点名指出：“这种猪狗不如的‘上上等人’就是孔祥熙和宋子文之流。”他还说：“必须把孔祥熙、宋子文撤职，把他们不义的家财拿出来充作抗战经费。”演说在将官们中间引起强烈反响，席间不时爆发出热烈的掌声。主持人则吓得不知所措，连感谢的话也不敢多说，就赶紧把马寅初送走了。
抗战时，面对蒋宋孔陈的大发国难财的举动，马寅初批评蒋介石：“有人说蒋委员长是民族英雄，我认为他不够格，他只能算是他们蒋家的家族英雄，他若做民族英雄必须做到大义灭亲这四个字啊……”
