马一浮坚决主张尊孔读经，反对现代学校废除六经。早在1912年，他就反对蔡元培废除六经的主张，并力主学校恢复读经科。辛亥革命成功后，蔡元培被孙中山委任为教育总长，而蔡元培与马一浮既是好友，又仰慕马一浮的学术和名望，就委任马一浮为教育部秘书长，襄助部务。马一浮出于友谊接受了委任。当他到了南京后得知蔡要废除六经，并已公布了《小学校令》废止读经科；公布了《中学校令》废除“读经讲经”；公布了《大学令》和《专门学校令》取消“经学科”，便非常不满，要求蔡收回部令。“道不同不可为谋”，因两人意见相左，于是马一浮到职不到三个星期，就辞谢了这份差事。他对蔡元培说，“我不会做官，只会读书，不如让我回西湖。”
白话文兴起后，至四十年代，时人已不再学四书五经。大儒马一浮倍感惆怅，叹息说：“日日学大众语亦是苦事，故在祖国而有居夷之感。”
马一浮对新式的学校教育颇有成见，认为“当今学校，不如过去的书院。教师为生计而教，学生为出路而学。学校等于商号，计时授课，铃响辄止”。
事后，马一浮在追忆此事时写道：“南京临时政府收罗人望，以蔡孑民长教育。蔡君邀余作秘书长，余至而废止读经、男女同学之部令已下，不能收回，与语亦不剩又劝设通儒院，以培国本，……蔡君河汉吾言，但云时间尚早，遂成搁置，而余亦去”。
