据冯友兰回忆，自北平沦陷之后，一直到清华师生南迁，这段时间清华园完全成了一片真空。冯说：“我们参加校务会议的这几个人，还住在清华，说的是要保护学校。我在图书馆内对图书馆的工作人员说，中国一定会回来，要是等中国回来，这些书都散失了，那就不好，只要我人在清华一天，我们就要保护一天。……后来日本军队正式进入北京，日本人到处接管，我们就觉得，在政权已经失了以后，保管是没有意义的，事实上是替日本保管，等它来接收。这就决定南迁。”“决定以后，南迁的人和留守的人，都痛哭而别。”
冯友兰晚年口授《中国哲学史新编》，当写到“中国近代美学：奠基人–王国维”（第六册，全书第六十九章）时，涉及“意境”问题，联想到“七七”事变前后自己的真心实感，特意写下一个附记说：日军进北京城后，他和留守的清华校务会议的人觉得清华完全不同了。有一晚，吴有训和他一起巡察清华园，皓月当空，十分寂静，吴说：“静得怕人，我们在这里守着没有意义了。”冯顿然觉出幻灭之感，以为他们守清华为的是替中国守一个学术上教育上完整的园地，北京已沦陷，他们还在守着，岂不是为日本服务？过了几天，他就和吴有训同往长沙去找清华。他读清人黄仲则诗：“如此星辰非昨夜，为谁风露立中宵。”以为所写正是一种幻灭感，反复吟咏，倍觉沉痛。到长沙后，冯住朋友家中一小楼上，经常凭栏远眺，见栏下一腊梅花，顿觉李后主“独自莫凭栏，无限江山，别时容易见时难”之亡国痛油然而生，深刻极了，沉痛极了。
“七七事变”之后，冯友兰、吴有训南下逃难，在河南郑州，冯邀吴去吃黄河鲤鱼，碰见了熊佛西，三人边吃边聊，几乎所有话题都扯到了国耻。熊喜欢养狗，说起了许多狗故事。北京有许多人逃难，狗没法带，只好抛弃。那些狗，虽然被抛弃了，可是仍守在门口，不肯他去。冯友兰说，这就是所谓丧家之狗，我们都是。
1946年，西南联大因抗战胜利而解散，清华大学亦迁回北京。同年，冯友兰应美国宾夕法尼亚大学邀请，赴美作为期一年的讲学，讲授中国哲学史，并将讲稿整理成《中国哲学简史》一书由纽约麦克米伦公司出版。在美讲学期间，冯友兰深深感到：“我在国外讲些中国的旧东西，自己也成了博物馆里的陈列品了，心里很不是滋味。当时我想，还是得把自己的国家搞好。我常想王粲《登楼赋》里的两句话：‘虽信美而非吾土兮，夫胡可以久留？’”
