20世纪60年代，冯友兰试图用马克思主义的立场、观点和方法重写中国哲学史，书名也叫《中国哲学史新编》，出版了前两册。这两册书，不免带有那个年代的强烈的特点，后来被冯友兰完全抛弃。
进入80年代，冯友兰终于可以斩断名缰利锁，发挥自己对中国哲学的看法，写出自己的《中国哲学史新编》了。冯友兰晚年坚持着一口真气笔耕《新编》，完全是一种信仰的支撑：“不依傍别人，只写我自己”。
年过90之后，虽然冯友兰每天仍从9点钟开始工作，但由于行动不便，处理生活费时，后来便坚持上午不喝水，以免上厕所。最后一两年，在宗璞夫妇的陪护下，冯先生更是频繁地来往于家庭与医院之间。1990年初，冯友兰躺在病床上，慈祥地望着床前的女儿，低声倾诉：“庄子说过，生为附赘悬疣，死为决疣溃痈；孔子说过，朝闻道，夕死可也；张横渠又说，生，吾顺事，没，吾宁也。我现在是事情没有做完，所以还要治病。等书写完了，再生病就不必治了。”冯先生在此所表述的，大概就是他在以往著述中多次推崇的“明于生死之道”的人生境界。1990年7月，冯先生的《中国哲学史新编》最后一册杀青，同年11月，在他95周岁生日到来之前几日，他默默地永远离开了这个世界。
冯友兰《中国哲学史》的上下卷分别于1931年、1934年写成，是中国人自己写的第一部完整的现代意义的中国哲学史，由美国人D·卜德（Derk Bodde）翻译为英文。卜德在《冯友兰与西方》一文中说此书一直是世界各大学学习中国哲学的通用教材。此书出版以前，国内关于中国哲学史的书只有胡适的《中国哲学史大纲》上卷一部。学术界的反应是关注和赞赏《中国哲学史》与《中国哲学史大纲》的不同之处。学术界高层人物的反应是迅捷而热烈的。该书上卷刚刚出版，清华大学就把它列为《清华大学丛书》。进入这套丛书要经过非常严格的审查，审查者都是当时学术界的泰斗级人物。冯友兰的这部书主审查人是陈寅恪和金岳霖。
晚年，冯友兰先生重新建构自己的哲学体系。作为一位年过80的垂垂老者，他的记忆依然清晰。据他最后的博士生回忆，冯先生视力有障碍后，全靠记忆指导学生协助自己编书，需要引用什么资料，他凭记忆让助手去某处查某一部分，然后由助手念给他听，由他决定取舍。一般他所要查找的资料，与他所说出的书籍出处竟然无大出入。对此他自己却说：“我现在好像‘反刍’，把吃过的东西再咀嚼一遍，也增加不了什么材料。所以后面几卷分量不大，每本都写得简短，把要说的话说完就行了，不像有的愈修改愈多。”
1946年冯友兰访问美国的时候，用英文写过一部《中国哲学小史》，后由涂又光翻译为中文出版，定名为《中国哲学简史》。
