傅斯年在北大办《新潮》时，曾得到过鲁迅的支持，并有过书信往来。当时傅以北大学生兼《新潮》主编的身份写信于鲁，征求意见并请其指教。后来，傅斯年与鲁迅同在中山大学任教，二人相处甚好。但日后因顾颉刚，二人闹翻。
后来，傅斯年在北大办文科研究所，曾想聘顾颉刚为北大研究所教授，但顾拒绝。傅斯年因失了面子甚觉恼火，找别人捎话转告顾颉刚：“燕京有何可恋，岂先为亡国之准备乎？”顾颉刚听后则反唇相讥曰：“我入燕京为功为罪，百年之后自有公评，不必辩也。”
1941年10月，陶孟和带领他的中央研究院社会科学研究所全体人员，也向李庄搬迁时，陶不得不向他学生辈的傅斯年乞求：“张家大院之房，务请拔几间给社所暂用，顷社所已去十余人。”但傅斯年根本不为所动，听任陶孟和跟李庄的士绅协商，化整为零为寄居在有空房的当地人家中，直到第二年春夏才在附近找到落脚点。
此后，二人开骂，甚至发展到几欲肉搏。最后顾颉刚决定退出史语所。中研院史语所的成立大会上，顾颉刚没有出席。这次事件，宣告了傅、顾之间同窗之谊与十几年密友关系的破裂。
傅斯年后来也与好友顾颉刚反目，筹办中央研究院史语所时，二人各执己见。据顾颉刚女儿顾潮说：“傅斯年与父亲两人各有一番设想：傅氏在欧洲7年，甚欲步法国汉学之后尘，且与之争胜，故其旨在提高。父亲以为欲与人争胜，非一二人独特之钻研可成，必先培育一批人，积叠无数材料加以整理，然后此一二人者方有所凭借。两人意见不同，而傅氏脾气暴躁，不免有家长作风，父亲亦生性倔犟，不能受其压服，于是两人始破口相骂，幸赖杨振声等人劝解而止”。顾颉刚在给胡适的信中抱怨道：“孟真对于我的裂痕已无法弥缝，差不多看我似叛党似的。”胡适曾为二人调停，但未奏效。顾颉刚在给胡适的信中说：“我树的敌人可以分做两种，一种是妒忌我，一种是想征服我，这两种都是没法避免的。我不能求悦人而自暴自弃，迁就了别人的标准。我自己不愿压迫人家，也不愿人家来压迫我。如有人想要压迫我，当然反抗。……我决不愿把身子卖给任何人。我决不能为了同党的缘故而把自己的前程牺牲了。”
傅斯年在中山大学，想聘请好友顾颉刚来中山大学任教。鲁迅一听傅让顾颉刚来中大，顿时火冒三丈，疾言厉色地道：“鼻（顾颉刚）来，我就走！”傅斯年脾气也上来了，索性不再理会鲁迅，将顾颉刚请到中山大学。鲁迅顿觉失了面子，于是立即向校方提出辞职，并移居白云楼以示要挟。傅斯年也当场向朱家骅提出辞职，顾颉刚也宣布辞职走人。这令校方左右为难，于是决定让学生自行选择。想不到学生们开会后认为三人一个都不能少。主持校务的朱家骅只好硬着头皮出面调停并表示“挽留”，同时想出调和的办法，委派顾颉刚到江浙一带为学校图书馆购置图书以示让步。鲁迅声言鲁、顾决不两立，无半点调和的余地。在写给友人的信中，鲁迅愤愤地道：“我到此只三月，竟做了一个大傀儡……傅斯年我初见，先前竟想不到是这样的人，当红鼻到此时，我便走了；而傅大写其信给我，说他已有补救法，即使鼻赴京买书，不在校……现在他们还在挽留我，当然无效，我是不走回头路的。”最后，鲁迅辞职离校，回到上海。
社会学家吴文藻及其弟子费孝通等人抗战时期流寓昆明，在云南大学社会学系创办了民族学会，这不仅是另立山头，而且违背了傅斯年“中华民族是一个”的爱国原则，傅斯年不仅写文章批驳，更给中央研究院代院长朱家骅等人写信说：“夫学问不应多受政治支配，固然矣。若以一种无聊之学问，其想影响及于政治，自当在取缔之列。吴某所办之民族学会，即是专门提倡这些把戏的。他自己虽尚未作文，而其高弟子费某则大放厥词。若说此辈有心作祸固然不然，然以其拾取‘帝国主义在殖民地发达之科学’之牙慧，以不了解政治及受西洋人恶习太深之故，忘其所以，加之要在此地出头，其结果必有恶果无疑也。”在这种情况下，吴文藻、费孝通只好关门大吉。
