马寅初认为，发展中国经济最关键的是两个问题，首先是人口问题，其次是农业问题。他曾经多次说过这样的话：“除了人口问题外，农业问题应及时研究，要早为之图，要花大力气，下苦工夫！”之后不久，马寅初就着手搜集农业方面的材料，准备组织一个班子，编写一部《农书》。
1927年，马寅初担任浙江省政府委员，财政委员会主席等职务。他强烈要求要禁鸦片。他写了《鸦片问题》、《关于禁烟问题之几个要点》等十多篇文章，在报刊上呼吁。他说：“今日之禁烟问题，实吾浙江之生死问题。”还说，“我在职一天，必须反对到底，毫不妥协，因为我是省政府委员，是要为浙江人民谋利益的。”马寅初还收集和编写了《戒烟歌》、《戒赌歌》。命人张贴、传唱。如戒烟歌一：“劝我民，莫吸烟；五脏六腑都熬煎。甘之如饴真鸩毒，想一想，速死由己不在天。”
1957年7月15日，75岁高龄的马寅初在《人民日报》发表了《新人口论》，这篇论文是经过调查研究后写成的，马寅初在文章中指出人口多、资源少是我国一个很严重的矛盾。建国以来，我国人口增长率为20％，以此推算，如不控制人口，50年后我国人口将达到16亿。他说：“人口固然是一个极大的资源，但也是一个极大的负担。”要保住这个大资源，去掉这个大负担，办法是提高人口质量，控制人口数量。他提出了控制人口生育的建议和措施。《新人口论》发表后，引起全国强烈的反响。
近代以来调停或干预中国内政的外国人中，马歇尔是地位和声望最显赫的一位。马寅初曾说：“举国人民的目光都注视到他，寄以无穷的希望，好像中国之命运已经握在他的手中。最高领袖的地位，好像已转移给他。”
作为经济学家，马寅初自然心系民生。他认为“统筹兼顾，综合平衡”是中国社会主义经济的基本规律，也是社会主义经济建设必须遵守的一条定律，指出应该提倡计划生育，控制人口。他说：“我们的社会主义是计划经济，如果不把人口列入计划之内，不能控制人口，不能实行计划生育，那就不成其为计划经济。”而且认为人口问题“若不早为之图，难免把一切恩德变为失望和不满”。
在美国留学期间，马寅初撰写的论文《纽约市的财政》，轰动了当时美国的财政界和经济界，被哥伦比亚大学列为一年级新生的教材。
