1954年，马寅初以人大代表的身分第三次回浙江农村调查，走访了10个县的20余个农业生产合作社，围绕人口问题进行全方位的比较分析，写出了调查报告。这次调查中，他一连喊出三个不得了：“人口出生率高得不得了！人口增长速度快得不得了！这样发展下去简直不得了！”为乐唤起更多人的重视和支持，他找到老朋友邵力子、李德全、柳亚子、马叙伦、李达等商谈，言词恳切地说：“如果不采取措施，我们会犯极大的错误，会给国民经济带来极大的困难，新中国将会背上一个极其沉重不易摆脱的包袱。”后来，他又写成《控制人口与科学研究》的长篇论文，提交给1955年7月召开的第一届全国人民代表大会第二次会议。
1957年，“反右派”风暴刮起，康生等人想利用运动将马寅初打成“右派”。中央统战部许涤新为此事请示周恩来，周恩来明确指出：马寅初这个人有骨气，有正义感，是爱国的，他是我国有名的经济学家，国内外都有影响，不能划为“右派”。马寅初才得以幸免于难。但据许涤新在一篇序文中揭露，马寅初仍被打入了“内定右派”的花名册。
马寅初的提案，遭到康生、陈伯达等人的围攻和批判：“人不但有一张嘴，还有一双手，可以创造世界。没有人还搞什么革命？还搞什么共产主义？”他们认为：“社会主义国家不存在人口问题。”马寅初毫不妥协地说：“我既然发现和认识了这个问题的极端重要性，就一定要坚持到底。否则作为一个经济学家和人民代表，我就没有尽到自己对国家和人民应尽的责任。”
1958年7月，为了迎合“人多是好事”的观点，康生公开点名批判马寅初，向《新人口论》发难。1959年10月24日，他召集理论界和有关报刊负责人开会，布置批判马寅初，并指示说：“批判他的文章不一定多，分量要重，可以和他过去的理论联系起来批判。”还指示有关部门批判完了将马寅初调出北京大学。接到康生指示后，《光明日报》从1959年11月至1960年1月，共发表了10篇批判文章，《新建设》发表了4篇批判文章，批判马寅初的“资产阶级学术思想”。
不久，马寅初又被免去全国人大常委的职务。还规定马寅初不得发表文章，不得公开发表讲话，不得接受新闻记者访问，不得会见外国人士和海外亲友，以戴罪之身，遭到软禁。至此，近8年的人口论争划上了句号。
于是，一个批判“马寅初反动思想”的运动在全国范围内开展起来。据现在档案资料统计，仅1958年下半年，《人民日报》等全国重要报刊发表的批判文章就达200多篇。马寅初感到个人遭批判、受委屈事小，国家的前途命运事大。要求会见毛泽东、刘少奇、周恩来三位领导人中的任何一位。然而，他的这一恳请未被批准，没有一个与他面谈。只有毛泽东派人放出话来：“马寅初先生不服输，不投降，可以继续写文章，向我们作战嘛！他是个很好的反面教员嘛！”马寅初公开表露，“为了国家和真理，我不怕孤立，不怕批斗，不怕冷水浇，不怕油锅炸，不怕撤职坐牢，更不怕死……无论在什么情况下，我都要坚持我的人口理论。”
1957年4月27日，马寅初在北京大学大饭厅发表人口问题的演讲。在讲演中，马寅初讲述了几年来调查研究的结果。这个演讲稿经过加工整理，成为后来的《新人口论》发言稿。
起初毛泽东对马寅初“控制人口”的主张表示赞赏。他说：“我们这个国家有这么多的人，这是世界上各国都没有的。要提倡节育，要有计划地生育。”1957年6月，马寅初将《新人口论》作为一项提案，提交一届人大四次会议，《人民日报》用整版篇幅全文刊载了《新人口论》，在国内外引起巨大反响。10月，毛泽东在党的八届三中全会上说：“抓人口问题恐怕也是三年试点，三年推广，四年普遍实行。十年不搞，将来又增加到8亿。”
马寅初辞去了北京大学校长的职务，离开了燕南园，住进了东总布胡同。世态炎凉，门可罗雀。但也不尽然，周培源、陈叔通都曾看望过马寅初。陈毅元帅不请自来，用他那宏钟般的声音对马寅初说：“你的人口理论完全正确，一定要坚持，不检讨是对的，我支持你！”
1960年1月，马寅初在《新建设》上发表了《重申我的请求》。文中说：“《光明日报》和《新建设》所发表的批判我的文章很多。不过，过去两百多位先生所发表的意见都大同小异，新鲜的东西太少，不够我学习。11月30日《光明日报》一篇文章说过去批判我的人已经把我驳得体无完肤了，既然是体无完肤，目的已经达到，现在何必再驳呢？但在我看来，不但没有驳得‘体无完肤’，反而驳得‘心宽体胖’了。”“我个人被批判是小事，没什么，不过我想的是国家和民族的大事，我相信几十年以后，事实会说明我是对的。”
随着“大跃进”的发动，毛泽东在《介绍一个合作社》一文中说：“除了党的领导之外，六亿人口是一个决定的因素，人多议论多，热气高，干劲大。”观点发生了变化。
《新建设》在发表马寅初的文章时据此加了按语，说：“他的这篇文章和其他许多文章，资产阶级谬论很多，必须进行讨论和批判。”之后，马寅初的申辩权被剥夺。1960年1月3日，马寅初被迫提出辞去北京大学校长职务的口头辞呈，翌日，递交了书面辞职报告，不久，国务院批准了他的辞职。很快他又被罢免了全国人大常委的职务。从此，中国人口盲目增加，多生了几亿人。人们常说：“错批一人，误增三亿！”
康生看到这篇文章的小样后，说：“这是猖狂进攻！他的问题已不是学术问题了，而是借学术为名，搞右派进攻。要对他进行彻底的揭发批判。”
不久，已经年过七旬的马寅初，带领一批助手和学生，到全国各地进行人口调查。此时，中央也十分关注全国的人口问题。刘少奇召集有关人士开会，作了《提倡节育》的重要讲话。马寅初参加了这次会议，在会上疾呼：人口问题，千万千万大意不得！现在不努力，将来后悔莫及。然而，毛泽东的观点与马寅初完全相悖，表现出不以为然的态度，说，中国人口就是增加十亿又何妨？既然最高领袖的意见是多生，全国各级政府也就鼓励生育，个别地方还对生育多的妇女给予奖励。
后来毛泽东看了马寅初《重述我的请求》，向秘书口授道：“马寅初向我们下战表，堪称孤胆英雄，独树一帜，也可以说是茅坑里的石头，又臭又硬。马尔萨斯姓马，他也姓马，有人要捍卫他的外国祖先到底，有什么办法？看来，马寅初不愿自己下马，我们只好采取组织措施，请他下马了。理论批判从严，生活给予出路，此事不可手软。”这以后对他的批判就升级为政治斗争和人身攻击了。一夜之间，上万张大字报贴满了北大校园，甚至连他家的院子里、书房里及卧室里，都贴满了大字报。“马寅初不投降，就叫他灭亡！”的口号声在北大校园内此起彼伏。
在批判马寅初的同时，科学规律毫不留情地惩罚着愚昧。中国的人口年年月月分分秒秒地猛增着，给国计民生带来极大的压力，而且难于短期克服。1974年12月29日毛泽东在审阅《关于1975年国民经济计划的报告》时批示：人口非控制不行。这句话，竟与十七年前马寅初《新人口论》中的三个小标题完全一致！
十年动乱发生时，周恩来指示对马寅初进行特殊保护，使他在身体上没有受到伤害。可是，他的大量珍贵的文稿连同书画等文物，都被当时是学生的马老的孙辈作为“四旧”烧毁了。
建国后，马寅初就以警醒的态度审视着和平发展时期的人口问题。他将人口问题列入自己科研计划的重点项目，矢志不渝地展开攻关，并身体力行进行深入细致的调查研究，从而掌握了大量的第一手材料。他建议中央人民政府开展人口普查。根据他的建议，1953年，我国进行了第一次全国人口普查。普查结果为，截止1953年6月1日午夜，我国人口为6亿。仅仅4年时间，全国就增加了1亿多人口。这个数字让马寅初感到震惊和不安。
1957年春，在最高国务会议上，马寅初当着毛泽东的面，再一次提出了人口问题。他直言不讳地说：“人口太多是我们的致命伤。1953年普查已经超过了6亿，如果按净增率千分之二十计算，15年后将达到8亿，50年后将达到15亿。这绝不是危言耸听……”他并大声呼唤，“不控制人口，不实行计划生育，后果不堪设想。”毛泽东说：“人口是不是可以搞成有计划的生产，可以进行研究和试验嘛。言人之未言，试人之未试嘛！”
