在这种情况下，支付宝和银行间的气氛有些剑拔弩张了，银行方面开始呼吁加强对余额宝的监管。
在经济结构转型、三期叠加[7]的情况下，决策高层寄希望于中国经济能走上创新驱动型的轨道，国务院也在不断强调“简政放权”，这时央行出于安全和审慎的考虑的行政行为，就被扣上了“阻碍创新”的帽子，监管机构瞬间背负了很大的压力。
当时，在银行业流传着这样一句话：“银行做宝宝类产品是找死，不做宝宝类产品是等死。”足见银行当时的两难境地。其实，在余额宝推出之前，银行并不是没有想过做类似余额宝这样的网销货币市场基金，一家国有银行的创新部门还曾专门提过类似建议，但是这个建议遭到了该行其他部门的反对，因为在争夺存款要挤破头的当时，谁也不想为客户的利益主动提升自己的成本。这不禁让人想起了经典的柯达胶卷的例子：最早发明数字照相技术的柯达公司，由于自身在传统胶卷产业的既得利益，不愿意做颠覆自己的创新，后来只能在竞争中落后。
在中国这个长期实施金融管制的社会中，利率和汇率都不能自由定价，甚至直到今天，金融市场的价格也要受到严格的调控。而老百姓也习惯了理财产品的匮乏和极低的收益率，习惯到甚至感觉不到这种现象的存在。余额宝的横空出世，像一条鲇鱼一样搅动了沉寂多年的水面，打开了潘多拉的魔盒，唤起了人们对理财的认知。
“余额宝”的诞生掀起了一股互联网金融的旋风，它在唤醒老百姓的理财意识的同时，也让金融机构感受到了潜在的威胁。
公平地说，余额宝推高资金市场价格的看法并不成立，更多的时候，它只是资金市场价格的跟随者。在余额宝2013年6月中旬诞生前，货币市场已经出现了资金紧张的情况。用全国人大财经委副主任委员吴晓灵当时的话说，解决问题的办法，不是抑制“宝宝们”，而是要解决银行同业市场所存在的制度性问题。
事实上，没有绝对的安全，也没有绝对的风险，天平的倾斜度其实取决于各自的立场，事态的发展不可避免地夹杂着金融业背后的利益博弈。二维码的发展可能颠覆线下收单的既有格局，而虚拟信用卡则会冲击现有商业银行的信用卡业务。
但事态并没有就此平息，更猛烈的暴风雨才刚开始。
钮文新的评论虽然极端，但也代表了部分人对余额宝的观感。当时，中国商业银行传统的赢利模式是靠存贷息差。2014年，中国经济增速开始下滑，银行资产端的收益不断下降，但是与此同时，刚性兑付、“钱荒”等所导致的负债端支出居高不下。此时，余额宝通过投资协议存款的方式，“聚沙成塔”地将储户零散的活期存款变成了货币市场基金对于银行的协议存款，在长期存贷利差保护之下的银行对此岂能没有意见。
3月24日，工商银行结算与现金管理部处长王鋐就限额问题高调对外公开回应称，据银监会《关于加强电子银行信息管理工作的通知》（银监发〔2011〕86号，以下简称86号文）规定，对于由第三方机构完成安全认证的电子资金转移与支付业务，应至少在首笔业务前由账户所在银行通过物理网点、电子渠道或其他有效方式直接验证客户身份，并与客户约定双方相关权利与义务。长达三年，快捷支付一直处于“违法”状态，银行为此承担了法律风险。
2014年2月21日，新闻评论员钮文新在博客中呼吁取缔余额宝。他认为，余额宝不仅会冲击银行，还会提高全社会的融资成本，威胁国家经济安全。他甚至还用了“余额宝是趴在银行身上的‘吸血鬼’”这样耸人听闻的说法。
五天之后的3月19日，当时主管支付结算业务的央行副行长刘士余在总行会议室里举行的小范围媒体交流会上表示，暂停二维码业务主要是从支付安全的角度考虑，而暂停虚拟信用卡主要是因为其违反了“三亲见”[8]原则。
一时间，舆论哗然。
3月14日晚间，《支付机构网络支付业务管理办法（征求意见稿）》突然曝光，这个规范是在支付清算协会的一次内部研讨会上讨论的工作底稿，无疑再次触动了市场脆弱的神经，其中最令支付机构不堪的一条规定是：支付公司个人支付账户转账单笔不超过1000元，年累计不能超过1万元；个人单笔消费不得超过5000元，月累计不能超过1万元。这种限额体现了监管机构的监管指向，即希望将第三方支付公司的业务限制在小额支付领域内。
刘士余在沟通会上说，《支付机构网络支付业务管理办法》还需要讨论、修改和完善，短时间内不会发布实施[9]。至于1000元的单笔转账金额，他解释称，这是由2013年支付公司单笔平均500元的支付金额得出，未来有可能修改或取消。
3月25日，支付宝对上述说法予以反击，称验证方式与上述86号文里要求的“其他有效方式直接验证客户身份”没有冲突，同时表示，在快捷支付发展的初期，支付宝与银行的合作其实非常愉快。言外之意是，快捷支付的所谓“违法”只是一种说辞。
面对冲击，四大行抱团自救，它们相继调低支付宝快捷支付的单笔限额和日累计限额。在移动支付时代，用户通常使用快捷支付来进行消费和转账，对快捷支付的额度进行限制，在某种程度上如同掐住了第三方支付的咽喉。
面对舆论的压力，2014年3月4日，时任支付宝公关总监陈亮在微博上写道：“余额宝从诞生第一天就得到了监管部门的大力指导和有效监管，从诞生至今的264天里，共计得到各种监管43次，平均每六天一次。怎么监管？包含文件备案汇报、现场调研、现场检查等多种形式。从2014年1月至今，央行、证监会、国家审计署等累计来监管了19次。”
马云终于坐不住了。
由余额宝带来的冲击是全方位的，它让银行再一次审视自己和第三方支付的关系：原本看不上眼、干脏活累活的“小兄弟”正在快速成长，并有可能在零售银行业务方面和自己形成正面竞争关系。
平心而论，支付宝能够在短时间内于线上支付领域异军突起，既有淘宝场景的关系，也借助了中国既有的金融体系。没有金融电子化的发展和支付清算体系的完善，支付宝无法“连接”各家银行。这就如同电商在中国的迅速发展离不开政府在公路、桥梁、高铁、航空等基础设施的投资，将自己摆在金融机构的对立面对自己并没有益处。
2014年3月14日上午，一份《关于暂停支付宝公司线下条码（二维码）支付等业务意见的函》迅速传播开来。其中有两条核心内容：一是暂停二维码支付业务；二是暂停虚拟信用卡。时任中央银行支付结算司副司长的周金黄在接受新华社记者采访时，确认中央银行发出过这则通知。
传统银行界人士质疑，余额宝等通过团购协议存款的方式，将储户的钱集中起来在银行体系转了一圈后，反过来再向银行要更高的价格。他们的质疑主要集中在以下几点：第一，是不是“宝宝们”推高了资金市场的价格？第二，余额宝有这么多用户，如果遇到集中赎回，会不会有流动性风险？第三，余额宝是否向消费者充分进行了风险提示？
就目前来看，正是由于受2014年初的那场风波的“洗礼”，支付宝和阿里巴巴才更加成熟地走进了金融领域。
直来直去地表达是马云的个性，但他忽略了在金融这个高度监管的专业领域，参与者主要是国有机构，“玩法”与互联网圈迥然不同，因此这种高调直接的表态不合时宜。而与此同时，支付宝也在和银行寻求一种妥协。在双方剑拔弩张之时，马云逐一私下拜会了几大行的董事长，着力修复支付宝和这些银行之间的关系。
在中国经济靠出口和投资拉动的高歌猛进时代，银行靠存贷利差就可以顺利地进展，支付业务只是一个边缘性的业务。然而，随着以支付宝为代表的第三方支付机构的崛起，银行开始意识到，支付服务虽然看似不赚钱，但可以沉淀用户的数据，而有了数据就有了基于其上的金融服务。
暂停的通知令支付宝和财付通措手不及，而与二者合作的中信银行的股价也经历了大幅波动。而央行暂时叫停两项业务，只是监管趋紧的冰山一角。
3月23日，马云公开发文质疑：“不知道谁给银行权利，可以伤害储户支配自己资金的权利，更不知道谁来监管四大‘国手’联合封杀的合法性。有国际友人说，‘举世未闻，匪夷所思’。”
在钮文新博客发表五天后的2月26日，中国银行业协会在一份新闻吹风稿中指出，在协会的一次内部讨论中，有专家建议应将余额宝这类网销货币市场基金按照一般性存款管理，缴纳存款准备金。虽然银行业协会并非监管部门，但仍引起了不小的震动。
