至此，阿里巴巴集团的股权结构也发生了重要的变化：雅虎持股40%左右，而软银持股29.3%，马云及管理层共持股约30%，三方在董事会中形成1∶1∶2的格局，雅虎的杨致远、软银的孙正义和阿里巴巴的马云与蔡崇信各占董事会的一个席位。
孙正义是一位具有传奇色彩的韩裔日籍投资家，身高约1.5米，曾在20世纪90年代互联网泡沫的雅虎估价最高时，一度超过比尔·盖茨成为世界首富。而其在21世纪初对阿里巴巴集团数次投资，也获得了惊人的回报，两次合计8000万美元的投资，在阿里巴巴集团在美国上市时变成了五百多亿美元市值的股票。
从旁观者的角度看，阿里巴巴管理团队可能觉得，支付宝是我们一手干起来的，不能跟我们没有关系，或者不能让创业团队所有的股权不足以反映其对公司的贡献。但软银和雅虎作为出资方可能认为，出资人是股东，按照受托责任，管理层有义务打理好公司。
在这次投资中，软银总裁孙正义在北京听马云演讲了六分钟就决定重金投资的故事，一度在投资界传为佳话，孙正义也在此后与马云亲密无间。2004年2月，阿里巴巴在第三轮融资中再获8200万美元的巨额战略投资，其中软银出资6000万美元，其他资金来自富达创业投资部、寰慧投资和TDF。
在这样的背景下，有了央行发放支付牌照的事情，股东之间的利益分配机制就迎来了再次调整的契机，因此获得牌照是硬币的一面，而硬币的另一面是马云和阿里巴巴管理层希望与大股东达成新的利益分配机制。
试图回答这个问题，还要从阿里巴巴集团的融资历程谈起。
在一年之后的2000年，阿里巴巴又获得了来自软银、富达、汇亚资金等风险投资商共计2500万美元的投资。其中，软银领投2000万美元。
一个不容忽视的事实是，虽然阿里巴巴在多次融资过程中获得了未来发展充裕的资本，但是其管理层的股份不断地被稀释，这个问题在公司发展的初期并没有显现，伴随着阿里巴巴旗下淘宝和支付宝等业务的快速扩张，股东和管理层之间的利益诉求有了进一步理顺的需要。
这种情况不难理解。创业之初，由于阿里巴巴公司前景并不明朗，资本对于阿里巴巴是极其稀缺的，可是随着业务规模逐渐扩大，公司的价值越来越清晰，创业团队的作用越来越突出，资本的作用开始下降，客观上产生了利益调整的需要，这时如果双方协商不成，就有可能发生一些问题，在支付宝这样一个未来有巨大潜力的优质资产上，这种张力更加明显。[2]软银和雅虎对阿里巴巴的入股，均在2005年之前，那时支付宝刚刚成立，商业前景和模式并不明朗，而随着时间的推移，支付宝的价值逐渐凸显，各方对其必须重视起来。
这次投资之后的一年里，马云和阿里巴巴又迎来了其历史上最重要的一笔投资。2005年8月，雅虎入股阿里巴巴，以10亿美元收购阿里巴巴35%的股份，成为阿里巴巴的大股东，与此同时，决定将雅虎中国的资产注入阿里巴巴。
用马云的话说，成立淘宝就是他跟孙正义两个人的君子协定。马云全力以赴谋发展，孙正义给予资金支持，放手让创业团队进行业务拓展。因此，后来成立支付宝、成立阿里云都没有决议。
1999年3月，马云和他的团队回杭州，以50万元人民币开始了新一轮创业，创立了阿里巴巴。1999年10月，由高盛牵头的一批投资银行向阿里巴巴投资了500万美元，这是阿里巴巴获得的第一笔“天使投资”。在获得投资的同时，当时在高盛工作的蔡崇信也因看好阿里巴巴的前景而加入了该公司。蔡崇信的加入，使马云团队在成立的早期就有了顶尖的投行专才，蔡崇信也成为公司后来在资本运作方面的股肱之臣。
