2009年4月，央行要求从事支付清算业务的非金融机构，须在2009年7月31日之前按要求进行登记。尽管央行表示，登记的结果仅作为制定有关政策的参考依据，但用时任支付宝CFO井贤栋的话说，当时支付宝认为，如果是外资公司，就可能会遇到申请牌照的麻烦，于是在2009年6月做了第一次股权转让，将支付宝70%的股份转至马云和谢世煌全资拥有的浙江阿里巴巴电子商务有限公司，同时将支付宝的注册资金增加至5亿元。2009年7月，支付宝做了相关的备案登记。
中国的电子支付市场发端于2000年前后。那时一些商业银行开始搞互联网支付，央行等监管机构也开始准备单独规范这一领域，然而在那时，线上电子支付业务量还比较少。当时，市场上最大的支付公司是1999年成立的上海环讯支付，而脱胎于淘宝的支付宝也是在2004年诞生的。
对于新兴的在线支付领域，央行一开始考虑用电子支付指引的方式来规范。比如，银行电子支付主要是基于网络银行，商业模式相对清晰，所以央行在2005年就发出了《电子支付指引（第一号）》，原本计划分别针对支付公司和其他主体接着发出第二号和第三号等，但是由于这些新兴的公司商业模式还不确定，监管机构还需要进行一段时期的政策观察。
到了2010年，支付公司的商业模式逐渐清晰，形成虚拟支付账户、银行卡快捷和网关三种主要模式，国务院高层也觉得规范时机成熟，于是有了《非金融机构支付服务管理办法》（〔2010〕2号令，以下简称2号令），这给了支付公司一个法律认可的名分。在2号令的第九条中，有一款针对外商投资支付机构的规定：“外商投资支付机构的业务范围、境外出资人的资格条件和出资比例等，由中国人民银行另行规定，报国务院批准。”
第一次转让之后，在2010年6月出台2号令以后，马云和管理层在当年8月把剩下30%的股份转让给内资持牌企业，使其变成了100%的内资。总之，支付宝的两次股权转让，一次发生在2009年6月1日，另一次发生在2010年8月6日，两次转让的总价约为3.3亿元。至此，马云将支付宝从阿里巴巴集团中剥离出来，转移成纯内资公司，由自己和谢世煌分别持股80%和20%。
井贤栋在记者会上解释称，促成阿里巴巴管理层结束协议控制的触发点是在2011年第一季度，支付宝收到了央行发来的函件，央行要求支付宝对整个协议控制做一个说明，阿里巴巴管理层认为这是“千钧一发”的时刻，就在这时终止了协议控制。
雅虎和软银本想通过协议来延续其对支付宝的控制，但是在2011年第一季度，马云和阿里巴巴管理层在完成了股权转让之后，单方面终止了协议控制，正是这一举动把为获得牌照而做的“假离婚”变成了法律意义上的“真离婚”。
在第一次支付宝的股权转让后不久的2009年7月24日，阿里巴巴董事会纪要明确授权管理层通过进行股权结构调整来合法获取支付牌照，但这个授权是以协议控制为前提的，即股权调整后成立的支付宝内资公司只是用来持牌，而支付宝的所有收益和财产权利将通过协议控制转移至阿里巴巴集团，换言之，阿里巴巴集团可以合并支付宝的报表。
这项规定成为马云和阿里巴巴管理层眼中“支付宝私有化”最重要的原因。2004年12月，马云将支付宝单独成立公司。2009年6月以前，支付宝中国网络技术有限公司，也就是牌照申请公司，由阿里巴巴集团旗下的Alipay E-commerce公司完全控制，后者是外资公司。
如果支付宝股权变更只是停留在这个阶段，即将股权转让给内资持牌公司，再由阿里巴巴集团通过VIE（可变利益实体）结构对其进行协议控制，雅虎和软银作为大股东也是乐意看到的，因为这也是在前述董事会授权中的意思表示。
而用彭蕾的话说：“这个事情我们不能有任何侥幸心理，我们今天必须用200%的努力去确保一个100%正确的结果。”
“VIE结构”也称为“协议控制”，是指境外上市实体与境内运营实体相分离，境外上市实体通过协议的方式控制境内运营实体，使该运营实体成为上市实体的可变利益实体。这种安排可以通过控制协议将境内运营实体的利益转移至境外上市实体，使境外上市实体的股东（即境外投资人）实际享有境内运营实体经营所产生的利益。“协议控制”模式由新浪网在纳斯达克上市时所创造，后被普遍运用于互联网、出版等“外资禁入”行业的企业境外红筹上市。
事后，马云在发布会上称：“假如支付宝没拿到第一批牌照，结果会怎么样？支付宝就是一家非法经营公司。那六亿用户该怎么办？淘宝80%以上的交易是支付宝交易，是靠支付宝支撑的，中国还有几十万个小网站靠支付宝支撑。假如没有拿到牌照，支付宝将变成一家非法经营机构，后果也将不堪设想。”
而正是这个决定掀起了轩然大波。
但另外一个常常被阿里巴巴股东提起的事实是，其他与支付宝有类似VIE协议控制的支付公司，也都顺利拿到了央行的支付牌照。而这正是软银总裁孙正义所不理解的：“为什么其他公司都可以，唯独支付宝不行？”
