官员们在每年几个重要庆典，或有重要外宾抵台，也会安排到中正纪念堂献花致意。为配合开馆，台湾“行政院”于1980年7月1日成立中正纪念堂管理处，隶属台北市政府。1986年，中正纪念堂改隶“教育部”管理，并完成组织条例程序，更名为“国立中正纪念堂管理处”。
因此大佬陈重光出面，安排时任国民党秘书长的宋楚瑜与民进党主席黄信介秘密会谈，希望化解僵局，降低冲突，让群众离开中正纪念堂广场。
另外，部分台大教授也公开进行联署，要求实施“名称上并非罢课的民主教育周”，带着学生到纪念堂“民主教学”。在这样的推波助澜下，学生由数百增加到数千，露宿中正纪念堂外抗议，现场还成立指挥中心，拉起白幡，头上系着黄带，把抗议“国大”活动从校园拉到社会。
中正纪念堂及纪念公园开放后，周边建筑采取限高措施，并比照忠烈祠等单位规定，仅供各界瞻仰参观，也有宪兵驻守与仪队表演。当时每天上午9点开放到下午5点，中正纪念公园也是晚间12点就封园管制。
但随台湾社会快速开放，空间解禁，普通民众去中正纪念堂的目的已不再是去致敬或找寻故往的政治痕迹，兴建时的政治使命也逐渐为后人所淡忘。因此中正纪念堂逐渐转变为假日休闲、活动聚会及婚纱摄影的公园绿地，还曾被台北市民选为最受欢迎的建筑。
1986年，国民党扩大举办蒋介石百年诞辰，旅居美国的宋美龄虽已89岁高龄，但仍返台并发表“我将再起”演说，引起政坛诸多议论，以为蒋经国与宋美龄间权力竞逐必有蹊跷，或宋美龄可能再度插手政务。
随后，李登辉在“总统府”中接见5名学生代表，肯定了学生的热情与改革要求，并宣布将于一个月内召开会议，提出改革时间表，才让争议出现化解迹象。中正纪念堂前静坐学生决议停止活动，并以所谓“民主野百合”作为本次活动标志，即所谓的“野百合学运”。中正纪念堂经此波折后，也因此在台湾的民主运动上，占有了一个相当特殊的地位。
中正纪念堂尤其是日本等国际观光客来台观光的重点，一年可吸引900万参观人次，旅游节目若介绍台湾，多数都会选择中正纪念堂为起点出发介绍台湾各处有趣的景点。同时随着中正纪念堂成为婚纱摄影取景的热门地点，位于爱国东路的婚纱街也渐成气候，相连的橱窗形成特殊的街景，并让台湾婚纱产业蓬勃发展。
不过中正纪念堂毕竟还是别具特殊政治与历史意义。1990年春，当年从大陆随蒋介石东迁来到台湾的“国大”代表，由于长期不退休、不改选、坐领干薪，又通过增加自身待遇薪给的自肥条款，引发民间反弹，多个亲绿民间团体因此计划举办大型抗议活动造势，地点正是在中正纪念堂，一个被党外人士视为蒋家政权、国民党威权的象征地[因为国民党迁台后，无法依“宪法”在大陆地区选举代表，为维系“中华民国”的法统需要，只能让大批随蒋介石来台的“国民大会代表”，长年无须选举也能持续担任公职，形成数十年不退休的怪状，被戏称为“万年国会”。相较于台湾地区通过选举才能当选的代表名额有限，这批年长的代表待遇优渥，却又因与时代脱节，经常出现荒腔走板的言行。例如当时这批代表先后通过“延长增额国代任期”和“国大每年自行集会一次”（可加领出席薪资）议案，引发各界质疑与反感。除了民进党与亲绿团体多年抨击，就连国民党北知青“女教师联谊会”50余名党籍教授及台大教师联谊会也分别提出声明，吁国民党加速改革步调，也有国民党籍学生在台大门口静坐抗议，要求解散“国大”，清除政治垃圾、“中央党部出面解决问题”。]。
几经冲突后，现场出现由台大学生发起、民间社团逐渐投入的抗议活动，要求落实民主、“国会”改选。只是活动虽宣称跨党派，但现场已频频出现闽南语演讲、民进党籍代表到场大受欢迎。
在对立气氛的催动下，政治影响力迅速蔓延，民进党人群不但选在中正纪念堂举行群众大会，广场内外遍插民进党旗帜，还特地花4个半小时，硬把广场上巨大的铁制旗杆扳倒，并烧毁国民党党旗，插上民进党党旗。
其间发生推挤、叫嚣等争议，还有摄影记者因拍摄现场照片，被质疑可能当作犯罪证据，因此遭群众围住、推挤、拉扯，扯出相机底片。民进党也决定，中正纪念堂广场聚集的解散“国大”、直选“总统”和平示威静坐活动将一直持续下去，直到国民党让步为止。政治僵局扩大，广场上静坐人潮聚集，形成政治危机。当时李登辉试图化解，民进党和学生却开出解散“国会”，停止“总统”“副总统”选举等办不到的条件；同时民进党和多所大专院校学生一起在中正纪念堂举行的“除老贼，救国难群众大会”竟吸引数万名来自全台各地民众参加，还一度冲向“总统府”及爱国西路“总统官邸”，并丢掷石块，似乎出现失控局势。
有意思的是，为声援学生中正纪念堂的静坐抗议，台湾当时的剧场界人士还制作了四具八尺余高的大型傀儡，加入中正纪念堂的静坐抗议行动。日后担任台北市文化局长与民进党中央为中正纪念堂争议杠上的李永萍，当时即带领有名的实验剧团环球剧场，到场表达对静坐学生的支持，她当时说，剧场界成员大多刚自学校毕业或是还在读书，学生活动所代表的清纯性、理想性及全民性意义，正符合剧场界对政治环境的观念。
国民党在20世纪90年代前后，为推展国际观光，首创筹办国际性元宵灯会活动，占地宽广的中正纪念堂成了长期主场地，但动辄数百万人新年观花灯，却没有足够公德心，因此常让中正纪念堂与花圃、公园饱受蹂躏，甚至满目疮痍。
结果宋美龄在蒋介石诞辰当天，坐着轮椅、身穿深色旗袍，在蒋经国陪伴下公开现身，并于中正纪念堂前发表相当简短的演说，最后仅表示，“很高兴和大家共同来纪念先‘总统’的百年诞辰”，“我只希望大家再进一步发扬无私无我的精神，把艰苦建设的责任担当在自己的肩头，让中华民族世世代代都能享受更多的自由幸福”。一场风波消失于无形。当天在中正纪念堂举办的中枢纪念大会，更有多达5万人参加，场面相当盛大。
是以早就有建筑师认为，中正纪念堂形式传统，建筑很古朴，但活动很现代，早已达到“亲民”的标准，建筑纯粹属“纪念”意象。
