陈水扁随即借馈赠101岁生日礼物、刻有100种不同字体的“寿”字水晶樽向宋美龄祝寿之便，宣称将积极推动官邸正房作为“蒋总统介石先生纪念馆”开放。不过宋美龄并未回应，仅通过“中华妇女联合会”秘书长严倬云回赠礼品。当时“总统府”也表示，基于尊重前“国家元首”及遗孀，目前“不具急迫性”，不宜开放，代宋美龄婉拒。
事实上，士林官邸状况虽大致良好，但已陆续出现多处破坏，包括正房木地板下陷、皲裂渗水，门窗白蚁蛀蚀与雨水侵袭，需要进一步修缮。不过相关部门能拖就拖，甚至还质疑官邸只是老旧没法收回的宿舍用地，让蒋家长媳蒋徐乃锦很难堪。反倒是凯歌堂长久遭受白蚁肆虐，影响建筑安全，经台北市政府着手修复，已恢复周日证道活动。
陈水扁则不甘示弱，主动宣布于2000年10月31日蒋介石诞辰开放官邸正房一日，公开让民众参观，引发马英九不满，强调官邸已是古迹，开放应先提交计划审议。民进党借机反击马英九为反对而反对，“对国家元首不尊重莫此为甚”。市政府则由龙应台出面，强调是否开放是专业问题非政治问题，一方面，官邸正房50年未曾有大批人潮进入，楼地板承重量、文物保险与防火等安全问题都需顾虑；此外，开放前必须清点官邸内文物并造册，并经家属同意，因此台北市将先邀蒋方智怡清点士林官邸文物，“文化的归文化，政治的归政治”。
◆五星上将，特指美国的最高军衔，历史上只有十人获此殊荣，在第二次世界大战期间，通常颁发给战功卓著的战场指挥官，相当于其他国家的元帅。蒋介石的五星上将军衔，则是中华民国国民党统治时期专门为蒋介石设立的军衔。蒋介石逝世之后六年，设立五星上将的特例废止，历史上再不会有五星上将。
2000年，陈水扁当选，虽将官邸宪警全数撤离，仅剩3名老人看管，但他硬是拒绝台北市长马英九所提返还官邸管理权要求。倒是马英九于2000年7月由当时“文化局长”龙应台指定士林官邸为第93号市定古迹，且更名为“蒋中正·宋美龄故居”，简称“蒋宋故居”，以记录蒋宋两人起居、生活与其间发生的历史，并彰显宋美龄作为20世纪现代女性对台湾的特殊贡献。
1996年，畅议“空间解严”的陈水扁要求李登辉主政的“总统府”返还士林官邸这块属于台北市政府的土地，当时“总统府”以宋美龄仍在世且随时可能返台居住为由，只归还土地与花园，但拒绝归还正房。因此陈水扁当年即收回士林官邸花园并开放市民使用，官邸正房仍由“国安局”特勤小组24小时轮流看管，并未对外开放。
台北市长郝龙斌就职后，也积极推动士林官邸开放工作，整修相关设施。
