书屋所在地产权共计土地51笔，其中31笔是私有地，多属瑞芳李家所有，另有一笔土地为市政府所有，其余均为“国有地”。但当时陈水扁即提出地籍资料质疑，书屋主建筑虽位在私人土地上，不过外围三间办公室、三间警卫室及从办公室到书屋的道路均占用市有地。包括三间警卫室及私有道路占用建设局1076平方米土地，大门前三间办公室占用公园处5979．97平方米土地。
他也批评书屋主建筑包括国民党史料馆及办公厅舍全都没有建筑登记，裁撤阳明山管理局后，也未将阳明书屋列入移交清单，因此阳明书屋根本是个大违建，是“又漏税，又无籍的幽灵屋”。
陈水扁此举无疑是希望凸显市政府继收回士林官邸后，仍在继续突破禁忌与国民党特权，并宣称不惜与国民党对簿公堂。不过“内政部”阳明山管理处仍于1997年完成各私有地征收事宜，唯独那一笔市有地归还台北市政府。经阳明山管理处后续行文市政府要求拨地，已经扯足顺风旗的陈水扁态度一百八十度大转弯，决定将地无偿拨用给阳明山管理处，这才彻底化解了争议，连租金都免了，阳明书屋也就正式对外开放参观。
不过陈水扁还是继续上演“追讨市产”的大戏，并亲自到阳明书屋勘察，质疑书屋部分土地及建筑占用市有地，甚至阳明书屋范围内道路及花园也占用到养工处及建设局的地。按当时台北市政府的诉求，从进入大门右侧的大义馆开始，沿花木扶疏的道路至正馆间约有200米距离，起码约七八十米属于占用市有地的道路，如果切割归还，包括梅园及林园均将被强行划分，势必园不成园。
阳明书屋面积约15公顷，由于先前蒋介石并未同意捐地之议，到民进党崛起后，产权问题变成了烫手山芋，更引起曾入主台北市政府的陈水扁与国民党党史会之间的连串争议。甚至地主李氏家族也一度表示，既然当初李家并未捐地，应可要求收回产权。
另外，办公室前属于财政局的约5000平方米土地也被党史会纳为己有，不准民众进入。
建筑方面共9栋，面积6500平方米，为国民党出资兴建，因此国民党始终主张应有管理权。不过因为当初行馆的主管单位阳明山管理局已并入台北市政府，故陈水扁在与国民党叫阵时坚称阳明书屋属于市产，市政府还常编列预算维修，因此市政府应有权处理。
在各方争议之下，国民党改弦更张，拟将阳明书屋产权捐赠给“内政部”，以求列入阳明山公园管辖范围，回避所有台北市政府有管辖权的问题，以保全阳明书屋及党史会。国民党甚至指出，阳明书屋所在地属于公园游憩区，原本用途设计即为“文物保存”用，因此国民党如将阳明书屋捐出，即可符合文物保存用途让公园管理处利用。只是此举立刻遭民进党批评为私相授受，蓄意规避追讨市产。
陈水扁要求国民党党史会提出阳明书屋建筑证明，与此同时，市政府建设局也向党史会追讨阳明书屋周遭建筑占用的市有土地。建设局表示，已要求国民党党史会归还占用的市有地，否则要循法律途径要回市产，更不排除把还是违建的阳明书屋依法拆除。
无视民进党的批评，国民党于1996年9月将阳明书屋捐出，历经9个月、花费400多万元整修后，开放游客参观，从此阳明书屋成为阳明山公园游憩景点，内藏珍贵史料全数交还国民党位于台北市区的党史馆典藏。
虽然一开始，行馆正房仍未开放，但由于从阳明书屋可远眺台北盆地、淡水河、基隆河，近眺纱帽山、尖山与华冈及大埔台地，视野广阔，加上“两蒋”行馆的神秘感，立刻成为阳明山知名游憩据点。
