眼看被蒋家打到“国葬”的痛脚，陈水扁只能沉默以对，但慈湖撤哨、封馆却已成事实。不过直到政党轮替后，相关争议也戛然而止。
事实上，民进党长期以浪费人力、公帑为由对“两蒋陵寝”提出批评，但相较于“两蒋陵寝”初期警力、宪兵编制多达600人，宣称“防范不法人士对陵寝恶意破坏、骚扰死者安宁与纵火”，后期其实仅剩一连约80人的宪兵驻扎慈湖，一排兵力驻守头寮，警力大幅缩编三分之二，陵管处人员仅30人，全年预算不到新台币260万元。当地维安工作的目的也改成防止“荣民”滋事、向“两蒋”哭灵，或防止蓝绿相互冲击。
不过由于正值选举，加上陈水扁见缝插针，批蒋家不识大体，为免激化蓝绿对决，影响选情，蒋家决定暂缓相关做法，仅由第四代蒋友柏发言，强调“两蒋”移灵若民进党界定为“国事”，陈水扁须比照严家淦惯例，依“国家元首”规格对待，迁葬五指山，经费须由政府负担；若民进党不愿当成“国事”处理，而是蒋家家务，就应尊重蒋家决定。
但是陈水扁为配合“去蒋化”攻势，以浪费公帑为由，要求蒋家尽速将“两蒋陵寝”从慈湖、头寮迁走，移灵到五指山“国军公墓”下葬。民进党也说，撤哨是民进党政府落实转型正义、面对历史的一部分，未来“陵寝”也会改称坟墓、墓园或墓地。
蒋友柏也说，就他个人的意见，将会遵守曾祖父、祖父的遗言，把遗体烧成骨灰移灵浙江溪口，费用也不用民进党政府来负担。至于骨灰如何送回去，如何与对岸协调，蒋家自有方法。
消息传出后，蒋孝严批评陈水扁赶尽杀绝，坚持不同意由陈水扁主持“两蒋”迁葬。蒋经国三儿媳蒋方智怡更口出惊人之语，强调移灵五指山的时间点已过，家属会遵照蒋经国日记遗愿，将“两蒋”遗体移回浙江奉化老家安葬。她也说，“两蒋”对这块土地，已奉献毕生心力，如果“国家”现在不愿意再继续照顾，还说是蒋家的家事，就让蒋家人接手。
