在这一波波“去蒋”攻势中，除树立在各级军队中的蒋介石铜像列为首波整顿焦点外，位居“总统府”正前方的中正纪念堂，是全台纪念蒋介石的最核心建筑物，自然也逃不过民进党之手。
这种做法，立刻引发蓝营质疑，对意识形态治国纷纷表达不满。不过民进党并未放弃机会，先借宣布将在陈水扁就职七周年前一天“挂牌”，宣告“中正纪念堂”进入历史，还要把纪念堂牌匾拆除。最后在台北市政府严词警告下，民进党在纪念堂四周挂起巨幅绿色布幔，宣称“民主纪念馆”正式开馆，陈水扁还宣示要将大门牌楼“大中至正”四字改为“自由广场”。
在陈水扁的执政路上，靠着正名、改名与冲突，让他曾经攀上声望高峰，换得铁腕称誉。例如1996年3月，陈水扁任台北市长时，将原本的介寿路改名为“凯达格兰大道”，强调象征空间解严及对台湾少数民族的尊重。
不过从2006年下半年以来，陈水扁政府为了挽救低迷的支持率，转移贪腐的质疑，推出一系列正名运动，则明显是为凝聚“绿营”支持度而来，希望解决长期以来经济不振、低迷所引发的支持率下跌的问题，也迫使党内精英不致以挑战陈水扁路线方式牟利，避免跛鸭危机。
为避免“泛蓝”有过激动作，马英九说，他若当选台湾地区领导人，会把“大中至正”四字挂回去；台北市长郝龙斌在“总统府”四周悬挂起“反贪腐广场”条幅，反制民进党。值得一提的是，在拆除牌匾前一个礼拜，陈水扁还赠送给他的恩师、台湾“司法院长”翁岳生一枚上书“中正”“中华民国宪法”字样的“中正勋章”，以表彰翁岳生的贡献，两相比较之下，实在让人不觉莞尔。
◆中正纪念堂仪仗队
不过在政党轮替后，“自由广场”的牌匾虽然被保留，但挂在正堂的“台湾民主纪念馆”牌匾，又重新被换回了“中正纪念堂”。
这个看似简单的动作，总计花了新台币177万元，之后在正门牌坊上改挂上每字长宽各175厘米，由塑钢外覆铜板、采用东晋书法家王羲之字体的“自由广场”字样，本堂大门上挂上以红色花岗石采阴刻方式铸刻再漆上金色、采用唐朝书法家欧阳询字体的“台湾民主纪念馆”七字，许多泛蓝民众在牌匾前痛哭失声，或唱着“蒋介石纪念歌”，但都未影响拆卸牌匾的作业，旧牌匾拆卸后则存放在纪念堂内文史馆。
2009 年1 月24 日，台北中正纪念堂停办一年多的仪仗队整点表演恢复，在“去蒋化”过后恢复的仪仗队交接式更特别策划新的交接方式，由“单一军种”改为“三军仪仗队”轮流执勤，参观的民众尽可观看不同的制服和表演风格。仪仗队的交接式是中正纪念堂最受青睐的项目，服务纪念堂25 年的老警卫私下都表示，由于仪仗队交接的取消，原先爆满的参观场景一度消失，纪念堂人气大减，如今又恢复昔日的热闹，游客争相观看。
不过民进党原先还相当迂回，先质疑纪念蒋介石这个“二二八”元凶并不妥当，随即宣布中正纪念堂管理处已正名为“台湾民主纪念馆管理处”，同时将拆掉纪念堂围墙。陈水扁更公开说，蒋介石是“二二八”事件元凶，慈湖陵寝和中正纪念堂未来存废，都会逐步处理[与牌匾争议同时，由于台北市长郝龙斌、文化局长李永萍通过程序将中正纪念堂内外列为市立古迹保护范围，因此依法不得更动或破坏古迹，暂时保住了岌岌可危的围墙。]。
虽然台北市政府开出30万元破坏古迹罚单，并以迅雷不及掩耳之势拆除“台湾民主纪念馆”布幔，但民进党已铁了心要搞到底。2007年“立委”选举前夕，民进党派出数百名警察进驻中正纪念堂，以禁止任何人进出园区方式，肆意拆除“大中至正”牌匾。虽然郝龙斌痛批“中央”搞戒严，镇压台北市民，甚至也将执行任务的官员以妨碍公务、毁损古迹罪嫌移送，甚至因为蓝绿冲突而引发流血事件，但2007年12月6日，民进党政府的“教育部”还是把“大中至正”“中正纪念堂”两块牌匾拆了下来。
