事实上，国民党内斗激烈早已是外界抨击焦点，例如陈果夫、陈立夫兄弟长期发展党务，其“CC派”在抗战胜利后如日中天，与陈诚为首的“三青团”“黄埔系”“复兴社”互不相让。1947年党团合并也无法遏止“CC派”与陈诚间矛盾，更因恶斗使蒋经国被迫放弃出任政大教育长，足见“CC派”实力。也让大败初亏的蒋介石对党内掣肘深恶痛绝，更痛批党内纷争日甚一日，是他毕生最大过错。
倒是蒋介石在台这段期间，由于认定国民党派系斗争是失败的病源，多次思及改造问题，他当时就是在御宾馆成立“总裁办公室”，加上附近的草山第二宾馆，作为幕僚商议党政、军事之处，并可暂时休憩。
所以蒋介石下野后先在溪口召见张群、陈立夫、黄少谷、郑彦芬等人，研究党务改造；尤其在3月间，蒋经国提出整顿现状、改造过渡、筹备新生的三阶段论，更被蒋介石接纳为推动国民党改造的重要方针。1949年5月间，蒋介石率蒋经国一行搭乘“江静轮”在东南海域巡行，当时蒋经国与陶希圣、沈昌焕、曹圣芬等人即在蒋介石指示下，研商“抛弃旧组织”等党政改造方案。
第九组掌管总务，组长陈舜畊、副组长黄寄慈。］。
◆ 草山御宾馆侧面（1935 年）
第六组掌管秘书业务，组长张其昀、副组长周宏涛、曹圣芬。
1949年6月24日，蒋介石由大溪搬到台北，落脚住所虽从草山御宾馆改到更隐秘、易守难攻的草山宾馆，但随着国民党声势日下，大批政要或官员陆续来台，纷纷选择草山御宾馆周边入住，许多日商私人别墅也经台糖公司或台湾工矿公司接收后，分配给达官贵人或做休憩场所。影响所及，草山地区房屋交易格外热络，并形成新的政要聚落。
草山地区在日据时期因裕仁皇太子的光临而奠定了其在台湾地区的重要地位，也因丰富的温泉资源铸就了经久不衰的观光胜地之地位。1923 年，当时学习地球科学的裕仁皇太子于“台湾行启”时，曾至草山，并至北投欣赏其向往已久的“北投石”，该事件促成了相关交通要道的兴建，为提供其休憩而兴建的草山御宾馆更长期成为该地最具代表性的日式温泉建筑之一。1935 年的台湾博览会，在台北近郊北投一带的草山，设置了一个占地5000 平方米的观光馆，是当时台湾博览会宣传观光的重要设施， 其中展出了一系列草山系建筑的珍贵影像。
1949年7月1日，蒋介石抢在国民党在广州召开中常会讨论是否要改组战时决策组织前，正式宣布在草山御宾馆设置总裁办公室，表面看起来仅是蒋介石个人幕僚单位，实质上却相当于小型党机器，成员由蒋介石全权指派，下设设计委员会与9个组，蒋介石形同宣告正式另起炉灶，在台湾成立国民党新中枢，为未来彻底改组吹响号角［当时由于解放军进迫华南，国民党中枢转赴广州作为根据地，但军事、财政大权都在蒋介石掌握下，因此李宗仁与行政院长阎锡山6月间两度去电蒋介石，盼速到广州主持大局，可是未获回音。蒋介石先是出访菲律宾，继而在出访途中完成总裁办公室的组织大纲，取代国民党中央党部各职能，总裁办公室以蒋介石为主席，下设设计委员会和9个小组。设计委员包括王世杰、俞大维、张道藩、俞鸿钧、吴国桢、余井塘、方治、胡健中、雷震、任卓宣、张国焘、端木恺、罗时实等人。办公室分成九组：
第一组掌管党务，组长谷正纲、副组长蒋经国。
第五组掌管国际问题研究，组长陶希圣、副组长蒋君章。
这波异动，多属蒋介石亲近人士方能冒出头，蒋经国也被拔擢出任党务组副组长，日后因“自由中国案”遭禁的雷震，此时仍深获蒋介石信任而出任设计委员。从1949年成立后到1950年中，蒋介石幕僚即以总裁办公室名义，密集在附近的草山第二宾馆开会研议，稍后国民党也在草山第二宾馆前成立“革命实践研究院”，以培养党内新进干部。
蒋介石在澎湖停留期间，再度思及推动国民党改造问题。他当时在日记中指出，“以往领导干部之无方，不仅使革命重受挫折，而且使革命干部对余之观念与认识有此错误，仅视为法定总统之职位，而不以革命领袖之身份待之，殊为惭怍”。换言之，蒋介石认定，国民党对“领袖”无法绝对服从，党内分裂是溃败的最重要关键，需对此彻底改变。
第二组掌管经济，组长吴国桢（实未成立）。
第四组掌管宣传，组长董显光、副组长沈昌焕。
第三组掌管军事，组长王东原、副组长唐军铂。
但没过几天，由于白崇禧主导的华中战线告急，李宗仁赶来台北向蒋介石搬救兵，当时陈诚以降数百名官员于松山机场列队欢迎，蒋介石也在机场休息室等候，并发动台湾民众在街道列队欢呼，之后国民党在中山堂举办盛大欢迎会，给足了面子，让李宗仁在台期间相当风光，当时蒋介石更安排李宗仁住在草山御宾馆，以示尊荣。［只是李宗仁在台这几天内，虽与蒋介石先后进行五次会谈，30日李宗仁搭机返回广州当天，蒋介石并再度亲自到松山机场送机，但蒋介石并没有承诺在财政或军事上立即协助白崇禧防卫华南战区，也回绝了李宗仁要求让白崇禧接手国防部长、执掌兵权的构想，没几天，白崇禧就因为难挽颓势而退守衡阳，广州跟着也岌岌可危。］
第七组掌管情报，组长唐璇、副组长张师。
为进一步推动国民党改造，9月20日，随着国民党中央因广州陷落而迁往重庆，蒋介石飞抵重庆并发表《告全党同志书》，号召国民党员参加改造。但蒋军节节败退，蒋介石在各地东奔西走，地方党务处于无组织状态，根本没时间处理改造与否等末节。直到1949年底在台落脚，蒋介石才腾出手推动改造，清党、重新登记，“CC派”遭彻底洗出权力核心之外，国民党权力布局呈现全新局面。
蒋介石5月间抵台后，除听取蒋经国关于全盘改造党组织，挽救青年对国民党信心等构想，并请教吴稚晖后，即决定收回党的决策主导权，并指定张道藩、谷正纲、黄少谷、袁守谦、张其昀、胡健中及陶希圣等人，整合派系意见，在草山御宾馆讨论改造问题。
据说蒋介石莅临会场时，阎锡山正在发表谈话，突然看到蒋介石现身，众人均大吃一惊。接下来在蒋介石主导下，国民党顺利通过新设由12名委员组成的非常委员会，蒋介石与李宗仁分任正副主席［非常委员会名单包括蒋介石、李宗仁、孙科、居正、于右任、何应钦、阎锡山、吴忠信、张群、吴铁城、朱家骅、陈立夫。］，取代党内最高决策机构——中央政治委员会，会中并决定国民党未来将改造为列宁式革命政党，以党领政。
总裁办公室第一份成果，就是由陶希圣执笔，将讨论结论整理为改造方案，并于7月8日呈送蒋介石参考，主张在中常会外新设改造委员会。蒋介石在台布局底定后，也立即拿着新出炉的改造方案，在未告知国民党中央情况下，于7月14日自菲律宾访问返台后，立即飞往广州，迳赴国民党中常会参与讨论。
蒋介石之所以急于设置非常委员会，主要因为他虽已下野，但却能以非常委员会主席身份，通过国民党指挥政务体系，直接插手军政。因此他在台设置的总裁办公室，也成为贯彻他个人意旨的机要组织，国民党中央基本上已被架空。7月18日，国民党中常会讨论并通过陈立夫等人起草的《本党改造方案》，宣示将推动改造并展开清党，蒋介石也在稍后搭机返台。
第八组掌管警卫，组长施觉民、副组长楼秉国。
因此早在1948年，蒋介石就在日记中感叹，“大局之危险困厄，至开封沦陷以至极点，乃知历代亡国之原因，并不在于敌寇外患之强大，而实在于内部之分崩离析所致。尤以亲近左右之干部，不知自强自立，而一意推诿塞责，只怪他人，互相抱怨，而不肯为国家尽职责，减损丝毫之权益与名利，凡一切失败皆推至元首一身”所致。
