此时蒋经国也向蒋介石提议，需紧抓特务机构，防杜干部叛变与动乱，因此蒋介石与蒋经国在高雄特地召集唐纵、毛人凤等人，成立了政治行动委员会，即台湾日后的“总统府机要室资料组”与“国家安全局”的前身，统筹陆续抵台的各情报与治安机关，由蒋经国全权负责，为蒋经国接下来负责“监督筹划情报业务，对大陆游击活动的派遣和指挥”，以及为安定台湾情势而执行的全面肃清政治动作做准备。［接下来推动的军中党部、政战体系等措施，深受许多人抨击，包括吴国桢、孙立人与雷震，都因此对蒋经国相当不满，连带让蒋经国在20世纪50年代的形象备受争议。以雷震为例，原先是蒋介石重要幕僚，参与国民党改造工作，蒋经国在蒋介石溪口下野时期，看到雷震甚至以叔叔称之，却因为雷震反对军中党部，主张军队国家化，两人不但翻脸，蒋经国甚至曾当面痛斥雷震，从此两人如同陌路。］
此外，此时为调解李宗仁与蒋介石的矛盾，挽救国民党在广州岌岌可危的局势，于右任、阎锡山、吴铁城、朱家骅、陈立夫5人衔命来台，前往高雄等地请示蒋介石意见，这番大阵仗迎驾才让蒋介石在台湾驻留的消息曝了光。不过蒋介石对此并未立即回应，因为如何处理美国政府的负面态度，才是蒋介石真正的烫手山芋。
根据蒋介石指示的战略布局，他要求“国府”军事应采东西两方面作战，东面以舟山、台湾、琼州、长山各岛为根据地，向沿海各省发展；西面以甘肃、青海、四川、西康、西藏为基地，向中原发展。金融财政方面由台湾接济东南各省。此时蒋介石也指示空军，实施舟山群岛定海机场轰炸上海龙华机场，并由海军布雷封锁吴淞港等动作。
至于蒋介石，一方面加紧研究整军、防务，并手拟八项应在台采取的重要政策方针，由台湾省主席陈诚尽速办理；包括台币改革、军队人事、施政方针与经济政策、预算与兵额、成立三军将校团、军队生活改良、军纪整顿、军民合作。同时计划召开台湾军事会议，目标是集中管理军中财务调度，解决兵额编组与防务等问题。
树木掩映下的行馆披着淡绿色的外墙，既有保护色的作用，夏日也透出一阵清凉舒爽的感觉。1937 年，该建筑物落成，采和风形式，高两层。西子湾行馆是蒋介石时代在高雄最重要的象征，隔绝市区、毗邻海湾的特点凸显了它的地理特色。至今，里面仍旧陈列着蒋介石来台的重要文物，与已改为艺廊的建筑本体相得益彰。
美方早已打算弃蒋，改与中共发展正式关系，主张台湾地位未定或联合国托管者也不在少数；人在西子湾的蒋介石可说如风中残烛，一日数惊，据说在西子湾停留的这几天中，还接到宋美龄两封来信，都在警告他留意美方可能强占台湾。极度忧虑的蒋介石除特地在6月17日召见王世杰，商议台湾处境与美方态度，更在6月18日日记中写道：“余必死守台湾，确保领土，尽我国民天职。”
不过蒋介石之前对陈诚若有似无的不信赖，似乎在抵台后出现转机，当时蒋经国重申，对陈诚治台不表乐观，认为台湾危机四伏，不早日改进恐将发生动乱，“陈诚先生恐难负治台之重任”，因此建议以俞大猷取代陈诚。不过蒋介石并未多做回应，反而在返回台北召开东南军事会议后，委托陈诚接任东南军事长官职务。
但情势如此，蒋介石根本难挽大局，不但陈诚对他下野后以“总裁”身份越级指挥抱怨连连，多次在雷震或部属面前指责蒋介石凡事插手的作风，更因抱怨各项整军备战计划欠缺准备，让他人力物力筹调困难而一度请辞。连蒋经国都称，“赣南及福州的军事情况，已日渐紧张……我军之颓势已难挽回……”让他感到“连夜多梦，睡眠不安”。
◆这是一张罕见的老照片，向来低调的蒋方良少有交际时的留影。1956 年，蒋经国夫人方良女士常常来到位于高雄的西子湾，探视她当时在“陆军官校”受训的长子蒋孝文。在这座位于高雄西子湾内的“总统行馆”旁的凉亭当中，方良女士与一行女友留下一帧照片，照片内衣着得体、气质颇佳的女友们有些面生，但个个都是高雄西子湾高官的亲眷。右侧第一位是高雄要塞司令张国疆将军的夫人；右二是石觉将军夫人张复权女士；右三是高雄凤山“陆军官校”校长谢肇齐先生的夫人谢余立女士。在其晚年，她以64 岁的高龄在旧金山获得针灸行医资格，自我追求之精神让人肃然起敬。左三为方良女士；左二为陈叔同夫人周痕静女士（陈叔同先生是陈布雷之幼弟，日后亦步乃兄之后尘，担任蒋介石机要秘书）；最左侧一位应是当时空军屏东运输联队队长宋树中先生的夫人。因方良女士在此年频繁前往高雄西子湾，与军政要人的夫人也有颇多互动。
6月20日，蒋介石接获正式信息，立刻通过驻日本东京代表团团长朱世明联系麦克阿瑟，强调暂管违反中国国民心理，“绝对无法接受”，更与中国在开罗会议坚持争回台澎主权的立场完全相反。他也坚称，决心与中共作持久战，“国民政府”亦决不会成为流亡政府，因此希望麦克阿瑟协助说服美国政府确保台湾，中共新政权同时劝阻托管行动。怀抱着未卜的心情，1949年6月21日下午，蒋介石与蒋经国一同搭机离开冈山，当晚抵达桃园大溪暂歇，之后再转到台北草山行馆居住，暂时结束了这一段在南台湾低迷萧条的日子。
因此李宗仁与多名非蒋介石高度信赖的党政要员，根本搞不清楚蒋介石的动向与落脚处。倒是蒋介石借着在西子湾行馆停留的空当，着手草拟防守及治理台湾的计划。因此蒋经国在日记中记载，蒋介石此时已认为，“此后应以台湾防务为中心”。换言之，他已确定要把台湾当作“反共复兴基地”了。
但是为了稳定军心，蒋介石还是表达出强硬立场，强调自己虽然已下野，但仍是“革命领袖”，对“革命军队”拥有无上权力，与是否是“总统”无关，他也“决不放弃‘革命领袖’之职责与权力，无论军政，必尽我监督与指导之职责，任何人亦不能加以违抗也”。
在西子湾，蒋介石也接见了刚接替何应钦出任行政院长的阎锡山［何应钦请辞行政院长后，李宗仁原拟由国民党大佬居正接任，但遭蒋介石坚决反对，他对外虽未表示意见，私下却痛批居正与桂系连手是打算亡党卖国，因此委由吴铁城、陈立夫联系国民党各派系立委反对，并派出曹圣芬等人赴广州传达他的意见；最后居正以一票之差落选，创下中华民国有史以来行政院长人事案第一个被立法院否决未通过的案例。李宗仁迫于无奈，找上同样有老资格的阎锡山组阁，在蒋介石默许下顺利通过，不过阎锡山就职也被外界视为国民党内右派势力与“CC派”企图影响政局的胜利。6月间，阎锡山赴台北处理其继母陈太夫人丧礼，因此也借此机会，抢在正式组阁前南下谒见蒋介石。］，除了交付阎锡山关于当前国民党政府应执行之七项政策，与未来新阁国防、外交等重要人事等指示，蒋介石再度坚决反对白崇禧出任国防部长，由于担心李宗仁把驻美大使顾维钧换掉，从而掌控整个外交体系，他并指示阎锡山关于英、美等重要国家使节不宜轻易更动。此外，蒋介石也约了俞鸿钧一同共商阎锡山内阁的财政与经费问题。
但当时两岸风声鹤唳，麦克阿瑟［麦克阿瑟（1880年1月26日－1964年4月5日），著名军事将领，美国陆军史上最年轻的西点军校校长、陆军参谋长。1944年因“二战”战功卓著，晋升五星上将。1950年6月25日朝鲜战争爆发，麦克阿瑟任美军总司令。因反对杜鲁门有限战争主张，于1951年4月11日以“未能全力支持美国和联合国的政策”为由撤职，引爆美国反对杜鲁门示威，使杜鲁门竞选失败。为表达对麦克阿瑟的感谢，台湾地区第一条快速公路即命名为“麦克阿瑟公路”，又名“麦帅公路”。］等驻日盟军高级将领更由于担心蒋介石守不住台湾，被解放军占领，因此由盟军总部参谋长阿蒙德草拟了一个将台湾暂时移交给盟军总部或联合国监管的计划，并告知国民政府驻日军事代表团。
6月2日，刚好是端午节，蒋介石与蒋经国父子虽然同聚高雄，但已无过节的雅致，反倒是蒋经国曾自述，在这番风雨里，想起了爱国诗人屈原投江的故事，足见当时情势之紧张。
百般无奈之下，连蒋介石自己也在日记中写道，“很想能扭转危局，但环境如此恶劣，包袱又太重，自然是非常艰苦”，“念大势忧心如焚，几乎不知人生有何意义矣，悒郁闷损莫可言状”。
◆西子湾行馆侧面
在行馆落脚的蒋介石，除了登寿山、视察要塞与部队，召见第十二兵团司令胡琏［胡琏（1907年10月1日-1977年6月22日），字伯玉，陕西人，黄埔军校第四期毕业，属陈诚的“土木系”。抗战时曾以第十一师师长于鄂西保卫战中死守石牌要塞，成功阻止日军自三峡进窥重庆，荣获“青天白日勋章”。胡琏第十八军为国军五大主力之一，善打硬仗，深获蒋介石信赖，将第十八师扩编为第十二兵团，但在徐蚌会战中覆灭。胡琏身受重伤，后在上海接受手术。手术后，蒋介石指示重建第十二兵团，在1949年古宁头战役大显身手。1949年后任金门防卫司令，并率部指挥金门炮战，历任“驻越南共和国大使”“总统府战略顾问”等职。］，指示出兵打通后方补给地潮汕准备保卫台湾外；由于东南战事紧张，蒋介石此次赴台行程从舟山群岛搭机离开大陆开始，一直保持高度保密，并不对外泄露，以策安全。
