在16世纪前半叶欧洲宗教改革运动中，除马丁·路德外，最负盛名、最有影响力的还有加尔文的宗教改革。
1536年，加尔文来到了瑞士宗教改革的中心日内瓦。当时的日内瓦宗教改革运动如火如荼地进行：废除弥撒、拜圣像、售赎罪券；改进礼拜仪式，改进教会组织，然而当地天主教的势力依然强大，封建贵族们当时不甘心放弃手中的神权，新旧两教进行答辩是司空见惯的事。新教的另一个教派再洗礼派力量比较强大，主张也比加尔文教激进得多。他们不断组织平民起事，破坏天主教堂，拆毁修道院，这一切过激的行动吓坏了当局，为了不闹出大乱子，当局先是禁止辩论会的召开，接着开始迫害再洗礼派，平民运动遭到了严酷的镇压。“城门失火，殃及池鱼”，加尔文教派也受到了不同程度的迫害。加尔文不得不再一次惶惶而逃。
加尔文在瑞士日内瓦领导宗教改革和市政工作。他废除主教制，代之以共和式的长老制；简化宗教仪式；鼓励经商致富，宣称做官执政，蓄有私产，借贷取利，同担任教士职务一样，均可视为受命于上帝。他反对教阶制，主张民主选举教职人员，建立民主的廉俭教会，适应了新兴资产阶级激进派的要求。根据加尔文的改革方案，在日内瓦建立了一个政教联合的政权。
在宗教改革发轫之初，几乎每位倡导改革者都是神职人员，而且都是德国人，而加尔文却不是神职人员，也不是德国人。加尔文（1509—1564年）生于法国北部努瓦荣，1523年到巴黎就学；后赴奥尔良大学学习法律，深受人文主义思潮影响。1531年回到巴黎，专攻神学，约1534年成为新教徒，参加巴黎的宗教改革运动。当他开始认真过基督信仰的生活时，便产生了改革教会的念头。此时，法国政府对新教徒实施迫害，于是加尔文逃往瑞土，并发表其主要神学著作《基督教原理》。该书对新教教义作了系统的阐述，是一部影响很大的新教百科全书。
原则上，加尔文的宗教思想和马丁·路德非常接近，如强调圣经是基督教信仰的唯一根据和权威；主张因信称义等。但加尔文的教义更系统化，在信仰生活上，路德最强调信德的作用，加尔文则把圣经和信德等量齐观。加尔文还主张“先定论”，认为人的得救与否，贫穷与富贵，早已由上帝事先决定，与本人努力无关；上帝的选民注定能得救，上帝的弃民则一定要遭殃。这种宿命论反映了资本原始积累时期资产阶级的意识形态，鼓舞了在商战中发财的资产阶级的进取精神。
加尔文对教会的外在组织要求也非常明确严格，这和路德的看法正好大相径庭。加尔文以为：人需要外在的帮助来肯定自己的信仰，这个外在的帮助便是教会。加尔文固然也相信教会有它无形不可见的特征，但他一开始便强调有形可见的教会。这个有形可见的教会就是地方教会团体。
后来宗教改革派在日内瓦掌握了大权，并于1541年向加尔文发出了正式邀请。此后，加尔文就在瑞士开展他的事业，直到去世。
在加尔文的领导下，日内瓦成为政教合一的神权共和国和宗教改革的中心，加尔文宗传播到欧洲各国。因此，有人称加尔文是新教的教皇，日内瓦是新教的罗马。1564年5月27日加尔文死于日内瓦，有《加尔文全集》52卷传世。
另外，基于加尔文的建议，日内瓦成立由加尔文宗长老、议员和官员组成的宗教法庭，密切监视人们的思想和行动。加尔文是宗教法庭的实际负责人。凡听讲道迟到、念玫瑰经、拜偶像、望弥撒、唱歌跳舞、酗酒吵架和亵渎上帝者，法庭可警告、罚款、监禁，甚至烧死。加尔文容不得不同观点的存在，许多人因批评他的主张而遭迫害。发现人体血液小循环的西班牙著名医生塞尔维特也是一位新教信奉者，他曾撰写《论三位一体学说的谬误》，专批天主教的三位一体论，又写了《再论基督教原理》，驳斥加尔文的先定论，并提出要和加尔文辩论。结果，这位医生被加尔文以异端罪名处以火刑，同时被处死的有50多人。
