但是在飞鸟、奈良时代（593—794），朝廷之所以提倡佛教，目的也只是让佛教的灵光能够“镇护国家”。所以，政府任命官吏，掌握着整个佛教界，僧侣不但不能自由布道，而且具有类似于官僚的身份。这样一来，佛家弟子的行动就要受到世俗法律的严厉约束。不经政府认可，任何人不得随意出家。
比如说，主攻三论学、兼攻成实论的集团主要集中在大安寺、兴元寺。主攻法相学(唯识论)、兼攻俱舍论的集团主要集中在药师寺、法隆寺。华严学在东大寺，关于律论的研究则在东大寺、大安寺。可以说，日本南都六宗属于一个学派，而南都七大寺则是名副其实的佛教大学。
自圣德太子之后，日本朝廷大力提倡佛教。天武天皇（673—686）曾下令全国普建佛堂，置佛像，藏经卷，进行拜佛仪式。圣武天皇（724—749）也下令诸国兴建寺庙。有时，连万乘之君的天皇，也亲临寺庙，跪伏于大佛之前，自称“三宝之奴”，其狂热程度可想而知。日本俨然变成了一个堂堂皇皇的佛教国家。
而在当时，主要的佛经和中国的宗派差不多都传到了日本。其中，有代表性的是三论、法相、俱舍、成实、律、华严等六大宗派，史称“奈良六宗”，但是由于后来朝廷迁都平安(今京都)，所以又被称为南都六宗。这些所谓的“宗派”，其实是因为研究了不同的佛法教义，才相互区分开来的。
所以，所谓的“南都六宗”，其实只是学僧们在大寺院内进行研究的书斋学问，与现实生活中的信仰基本上没什么关系，它们之间也不是在信仰上的宗派之别。同一个寺院可以有几宗杂居，混合研究，也有一个人兼学几宗的情况。
于是，这就产生了看来有些奇怪的现象，那就是，佛教虽在日本盛行，但是一般人却并不了解佛教的真谛。他们只把各种佛当作从外国来的神而顶礼膜拜，相信佛也能施予功德，帮助人排忧解难，因而与日本的神道信仰并不发生矛盾。至于说佛教高超的教理、艰深的哲学，老百姓是完全不知道的。因为这些东西还只是在僧人们的案头出现，并没有深入到生活中去。
