经过长期的发展，到13世纪后，日本佛教逐渐融入到自己的文化中，形成了具有一定日本特色的佛教。佛教在日本也算是真正生根发芽了。
我们知道，在唐朝，日本有很多“遣唐使”，在这批人中就有不少求法僧人。那时，中国的佛教各宗纷纷传到日本。
早在6世纪初，佛教就传入了日本民间社会中。而6世纪中叶，也就是562年，朝鲜半岛的一个国家——百济的国王派出使节，将金铜释迦佛像和其他的一些佛教用品赠给日本。这就是佛教传入日本的开始。后来，高句丽的僧人慧慈东渡日本，成为日本圣德太子的老师。此外，还有高句丽僧人慧灌赴日开创三论宗，新罗僧人审详赴日始传华严宗等等。
而日本真言宗（又称密宗），是日本和尚空海到长安来求法时，由中国高僧惠果传授给他的。密宗主张僧人们应该一心向佛，认认真真，才可得道。
圣德太子摄政之后，以崇佛作为刷新政治的手段，积极支持佛教发展，先颁布弘扬佛教的诏书，后来通过法律，把佛教信仰从一种个人私事转化为一种国家公务。
然而，在6世纪晚期，日本的上层集团出现了崇佛、反佛的两大派别。以苏我马子为首的崇佛派，以武力击垮了反佛派。这样一来，佛教才得以在日本公开合法地传播。
日本也是一个佛教大国，有着很悠久的佛教传统。不过说起来，日本的佛教其实来自于朝鲜。而朝鲜的佛教当然是来自于中国。中国的佛教，在许多方面都与印度本土的佛教思想不太一样，它注入了中国人的很多思维和理解。所以，整个东亚地区的佛教，有着比较接近的气质。对于日本人来说，佛教从中国而来，经过朝鲜，到达东瀛。
在日本的平安时代，天台、真言两宗在日本最为流行。日僧最澄来大陆求学，得到了天台宗秘传。回到日本后，他在比睿山创日本天台宗，强调众生皆有佛性，人人可修心成佛，一时间有很多人追随。
8世纪中叶，中国高僧鉴真历经艰难，东渡扶桑，创立日本律宗。日本朝廷对其十分重视，赐田地，建寺院。鉴真不仅在日本弘布戒律，还与弟子们主持设计、建造了庄严精美的唐招提寺，将中国唐朝的建筑技艺传至日本，赢得日本人民“禅光耀百倍，戒月照千乡”的极高评价。
