“形而上学”一词在这个意义上一直使用到辩证法大师黑格尔时期，他诱发出了一种新的含义。黑格尔除了在“研究超验对象的哲学”的意义上使用“形而上学”之外，还把一种主观抽象的、表面的、孤立的思维方法叫做“形而上学”，与辩证法的思维方法相对。因此，恩格斯曾说过：“旧的研究方法和思维方法，黑格尔称之为‘形而上学的’方法，主要是把事物当作一成不变的东西去研究……”
而“形而上学”最早的含义是亚里士多德的一本著作的名称，意思是“物理学之后”（metaphysics）。
公元前60—50年左右，吕克昂学园当时的主持安德罗尼柯对这些原稿进行了整理编订。安德罗尼柯在编订这些卷帙浩繁的原稿时，把那些论述超验的对象的著作安排在论述经验的有形物体的物理学之后，并取名“物理学之后”。这就是这个概念的由来。可见它的原初意义是指一种研究超验对象的哲学。
“形而上学”现今有两种基本的含义：或者指一种与辩证法相对立的世界观和方法论；或者指一种研究超验的东西的哲学。
在亚里士多德时代，哲学的范围是很广的，既包括研究超验对象的形而上学，也包括研究经验对象的物理学等各门具体科学。但亚里士多德认为，研究自然界中各种经验对象的科学只是“第二哲学”，而研究“实体、质料、形式、潜能、现实、运动、神、第一推动者”等超验对象的“形而上学”，由于其研究对象是最基本的东西，是其他东西所凭借的东西，因而是“第一哲学”。
《物理学之后》这本书传入中国后，人们发现此书内容具有超验的性质，与中国魏晋时代的玄学类似，故有人将之译为《玄学》。后来，大翻译家、思想家严复根据《周易·系辞》中的“形而上者谓之道，形而下者谓之器”之分，把《物理学之后》译为《形而上学》。
亚里士多德死后，遗著原稿由吕克昂学园接班人德奥弗拉斯特保存。德奥弗拉斯特死后，他把这些原稿交给了他的同学奈勒乌。奈勒乌死后，他的后代将原稿藏入地窖达150年之久，以至后来忘记了储藏地点。最后还是德奥弗拉斯特的后代几经寻找才使得它们重见天日。
亚里士多德与许多沿用至今的哲学范畴有关，“形而上学”就是最著名的一个。
