在关押期间，他的朋友们买通了狱卒并制定了详细的越狱计划，劝他逃走。但他认为，服从法律是公正的基本要求，尽管自己被误判，但他宁愿赴死也不逃跑，因为这违背了自己的信仰。
苏格拉底之死成了一个重大的哲学学案和文化事件，后来有很多思想家都对这一事件进行了解释。贤哲的死时时提醒我们，要对人性和民主保持警惕。
苏格拉底不仅揭露了许多人的无知，而且还经常为难哪些自视甚高的人，证明他们不过只是白痴。他曾指责诗人只是发表自己的感觉。他认为优秀的政治家是精通政治，懂得怎样管理的人，而不是那些握有权柄、以势欺人的人和那些由民众选举的人。而他又被认为是因“自知其无知”而最有智慧的，结果被一些人怀恨在心。
公元前399年6月的一个傍晚，雅典监狱中年届7旬的苏格拉底就要被处决了。只见他衣衫褴褛，散发赤足，面容却镇定自若。他的一位朋友伤心地说：“看到你这样被不公正地处死，真让我受不了！”他回答道：“难道你愿意看到我被公正地处死？”之后，苏格拉底打发走妻子、家属后，仍与几个朋友侃侃而谈，似乎忘记了就要到来的处决。直到狱卒端了一杯毒汁进来，他才收住“话匣子”。这时，阿波罗多洛送来一件漂亮的外衣，要给他穿上，他拒绝了，说道：“什么是我自己的东西，这种东西能让我活在其中而不是死在其中吗？”然后，他接过杯子，一饮而尽。临死之前，他托付给了与他告别的朋友最后一件事，那就是他曾吃过邻人的一只公鸡，还没给钱，要他们替他偿还。说完，老人安详地闭上了双眼。
苏格拉底死后不久，雅典人就为他们的错误选择后悔了。因为这样做等于关闭了自己精神的训练场和体操馆。于是他们处死了告苏格拉底的美勒托，并放逐了其他几个控诉者。人们还雕刻了一座铜像纪念他。
“三十僭王”的统治被推翻以后，民主派重掌政权。政治家阿尼图斯伙同诗人美勒托和煽动家吕孔控告他与克利提阿斯关系密切，反对民主政治，指责他不敬国家所奉的神，并且宣传其他的新神，并用邪说毒害青年，苏格拉底因此被捕入狱。然而他毫不妥协，他常把自己比作是神赐给国家的牛虻，是神让他来叮咬城邦这一头伟大高贵而动作迟缓的牲口以刺激它活跃起来的。因而他宣布自己决不放弃自己的活动，因为这是执行神的命令。他的这一态度激怒了法庭，法庭以280票对220票认定他有罪。按当时规定，处以什么惩罚，要根据原告和被告各自提出的一种刑罚来由法庭最后裁定。原告提出要判处死刑。而苏格拉底提出，按他的言行，他应该得到的是“由公家供养，住在公家的房子里”，如果一定要他认罚，他只愿意交一点点罚款。他的这种顽固的态度更加激怒了法庭，结果以超过280票的票数判处了他死刑。苏格拉底最后在辩辞中说：“雅典的公民们，分手的时刻到了，我去死，你们去活，谁的路更好？只有神才知道！”
