他的学生时代是悲惨的。他受到清教教义的训练。国家的领导者是“上帝挑选的”而不是人民选举的，他们在教育上压制一切自由的天性。于是，洛克的学生生活只是一个接着一个的阴郁沉闷的说教。在英国各地，牧师们对稍有过失的学生施以心灵的沉重鞭笞，并把自己的阴郁态度看作是对他们灵魂的拯救。全国各地到处是因教义而发生的生死搏杀。那时的制度是不宽容的。
洛克精通医术，当时一位一流的医生在给朋友的信中说，洛克不仅有最伟大的判断力，而且有最熟练的技术。他甚至说，与他本人的医术相比，洛克也是当之无愧的专家。然而洛克只是自己钻研而已。
不过，他还有一个绝妙的天资，就是结交朋友的能力，友谊使他的生活成为“持久的快乐节日”。比如后来成为辉格党领导人的沙夫茨伯里勋爵就是他最亲密的朋友之一。
毕业后他被派到基督学院做希腊语教师，并对现实政治和医学研究产生了兴趣。在20多岁的时候他失去了整个家庭。这时年轻的哲学家十分需要他的哲学作为慰藉。
退隐生活对洛克是很有意义的。伟大产生于孤独。洛克现在有了一个好机会，可以像揭露英国专制政府的弊端那样来考察当时尼兰德自由政府的优点。他觉得世界需要一种新的哲学，一个新的道德法规，一个新的宽容的宗教。人类必须宽容——这是他唯一的信条。
洛克20岁进入牛津大学的基督学院，他在学习中并不觉得愉快。他受的正规教育不比放任自流更好。但至少培养了他对教义学的极端鄙视、轻蔑的态度，他反抗如此激烈，以致于在无意中为一个新的知识体系打下了基础。也许，这是坏的教育给一个思想家心灵造成的好的结果吧。
但在家里，洛克却得到了完全的宽容。洛克的家庭，大家过着自由和平等的和睦生活。当洛克还年轻的时候，他父亲曾把他叫到书房，对他说：“我的孩子，我要向你道歉。”“为什么，爸爸？”“我想以前在我发脾气的时候曾打过你。”
但是，这也是一个激动人心的动乱时代。洛克的父亲是一位崇尚自由的乡村律师。他参加了反对国王的骑兵部队。最后查理一世被迫退位并被处以死刑。然而克伦威尔却以另外一种军事独裁取而代之。洛克的童年就是在这种情况下度过的。
洛克的时代是一个朴实的、健康的时代，没有伪装，没有错觉，也没有充当圣徒或救世主的任何想法。人们说这个时代诞生了三位伟大的英国人，他们天生就具有伟大的美德，也是最亲密的朋友。第一位是给新大陆带去光明的威廉·佩恩，第二位是建立宇宙法则的牛顿，第三位则是为人与人之间的相互理解铺平道路的洛克。
洛克出生的时候，正值英国处于“暴风雨”阶段。查理一世国王，一个傲慢、顽固和专制的国王，解散了英国国会，企图施行独裁统治。王权神圣和法权神圣的斗争已经超出了政治理论的范围。
洛克兴趣广泛，热衷于参加政治活动，是一位正直的政治家。他的生活与沙夫茨伯里家族有密切的联系。沙夫茨伯里的生活里程是一次徒刑跟着一次徒刑，一会被投进伦敦塔，一会又被任命为大法官、贵族院院长；洛克的生活是从一块大陆旅行到另一块大陆。沙夫茨伯里死后，洛克也成了人们敌视的对象，因为他是其最亲密的同伴，他被看做是一个危险的激进分子。后来他被撤去牛津大学的教师职务。看到自己的危险处境，他决定去一次自由主义者逃亡的天堂——荷兰。于是“他消失在稀薄的空气中”。
