后来，他们还完成了阿卡和蒙特福特的城寨加固工程。转年到了1228年，他们甚至完成了仅次于阿卡的海港城市凯撒利亚的防卫强化工作。这一切都是为了确保腓特烈到达时能够安全登陆，登陆后马上就能用作前线基地，而这样的地方不止一地。
顺便一说，在参加这次十字军的意大利南方的志愿兵中，有不少人是已经集体居住在卢切拉的萨拉森人士兵。十字军把伊斯兰教徒作为敌人，腓特烈却随军带去了伊斯兰教徒。当然也可以说，既然是伊斯兰教徒，那么总司令是不是被开除教籍者也就无所谓了。
腓特烈率领的海军，无论在威力、规模和传统方面都劣于这三个国家的海军。但在伊斯兰教国家看来，这同样是基督教国家的海军。腓特烈率领自己的海军开了过来，这对开罗苏丹阿尔-卡米勒来说足以形成威胁。单单想象一下，腓特烈的海军溯尼罗河而上出现在开罗城前，阿尔-卡米勒就会像看到了腓特烈腰间佩戴的宝剑一般。
在13世纪前半叶，这些海洋城邦国家的海军已经具有了强大的战斗力，可以说地中海就是他们的海。这些海军原本也是为保护自己国家的城市和人民免遭北非伊斯兰教徒海盗的袭扰而建。海军因此得到加强的这三个城邦国家均以贸易立国。强大起来的海军为把满载商品的本国船队送出地中海而保驾护航，这也理所应当。当然，这时他们的敌人同样还是伊斯兰教徒的海盗船。
中间隔着大海对基督徒来说不是问题。伊斯兰教徒在陆上很强大，但在海上，他们却不是基督教徒的对手，尤其不是基督教徒海上战斗主力威尼斯、热那亚和比萨等意大利海洋城邦国家的对手。
就这样，尽管阿尔-卡米勒可以在陆上轻易召集起10万兵马，他却无法对塞浦路斯动手，只因那是漂浮在大海之上的一座岛屿。
那就是专门为远征建造了运输船。这些船的船底浅而平，能够溯尼罗河而上，直击开罗。
由此可见，33岁的腓特烈是在做好了军事上的充分准备之后才远征东方的。
船队由40艘加莱船和超过百艘的运输帆船组成，总指挥是海军将领恩里克。船上装满了军粮、武器和马匹，载着100名骑士和3 000名步兵。腓特烈乘坐的大型加莱船上还有巴勒莫、卡普亚和巴里的三位大主教，他们都是高级神职人员，是西西里王国神职界第一、第二和第三号人物。
指挥这些海军的是生于马耳他岛、对地中海了如指掌的海军将领恩里克。海军力量不用求别国自然有利于指挥系统的一体化。腓特烈的海军还有一个特色。
1228年6月28日，腓特烈率领的十字军从布林迪西港出发了。33岁的皇帝并没有因热衷于跟教皇吵嘴而虚度9个月，他把这9个月用在了做好万无一失的准备。
虽说率领十字军的是被开除教籍之人，但骑士、士兵和船员中却没有一个人因宗教理由离队。那是一个仅与被开除教籍者保持关系都会被开除教籍的时代。当时的编年史作家几乎都是主教或修道士，支持教皇者居多。如果有离队者，他们是不会放过而不记录下来的，但却没有一个作家记录有人离队。
然而，面对手里只拿着一根拐杖，穿着一身穷酸僧衣的年轻修道僧的大胆举动，苏丹阿尔-卡米勒的回应只是微微一笑，便派卫兵把他送回了基督教一方的阵营里，这才使方济各得以回到阿西西。比这位圣人年轻12岁的腓特烈一次也没有劝过阿尔-卡米勒改教，但却考虑要从伊斯兰教徒阿尔-卡米勒那里得到保证，实现收复圣城耶路撒冷这个十字军远征的终极目标，和让基督教徒在圣城继续生存下去这个伴随目标。他认为，要达到这个目的，首先要用语言去做说服工作，同时布置军事力量，这样的办法最具实现的可能性。
就这样，意大利的三个海洋城邦国家一方面在与伊斯兰商人做着贸易，另一方面却持续地对伊斯兰教徒海盗保持着常备不懈的战斗态势。他们因此在行船技能、高效造船，以及有效使用船员等各方面都有了长足的进步。结果，这些基督教国家与伊斯兰国家在海上战斗力方面的差距，在中世纪业已过半的时代已经拉得太大，后者想赶也赶不上了。
另外的一个好处是，由于腓特烈受到开除教籍的处罚，出征时便不用再带那些忌讳与他同行的众多朝圣者了。这就是说，第六次十字军排除了碍手碍脚的善男信女，成为一支由纯粹战士充实起来的十字军。腓特烈率领的第六次十字军还有一个有利之处。
我想再说一遍，皇帝腓特烈二世和阿西西的圣方济各虽然相差12岁，他们却是同时代人，而且同为中世纪历史上的巨人。在这一点上，两人也很相像。但腓特烈不是圣方济各，他不认为光靠这位修道士在上次第五次十字军远征时所尝试的那样，用语言说教就能实现和平。
阿西西的方济各到敌人阿尔-卡米勒那里去说教，说要实现伊斯兰教与基督教的和平与共生，最正确的道路就是苏丹您改信基督教。
伊斯兰教规定，异教徒劝伊斯兰教徒改教便是死罪。所以，圣方济各即使当场被斩杀也无话可说。
腓特烈的领土意大利南方和西西里都面向地中海，不仅是海运国家，还是一个拥有惯于操纵加莱船的海军的国家。运送骑士团团长赫尔曼先遣队的那20艘和腓特烈亲自率领的40艘船都是加莱船，全在意大利南方或西西里建造。
这时离第一次十字军远征已经过去了130年。十字军在叙利亚、巴勒斯坦建立的那些十字军国家即基督教徒居住的地方，到接近地中海的地方已经有所减少，但却仍然存续着。中近东的基督教社会在陆地上已经完全被伊斯兰教徒所包围。因而，塞浦路斯岛能否一直在基督教一边，对这个社会而言甚至成了关系到死活的问题。
不管怎么说，感觉上所有人都在期盼的第六次十字军“终于”成行了。但总司令亲自率领的远征军规模也太小了，只有100名骑士和3 000名士兵。当然，此外还有先派出去的兵力。
为什么腓特烈一方面在考虑只靠外交和平收复圣城耶路撒冷，一方面却又在军事方面如此充分准备呢？
腓特烈来到塞浦路斯的时候，以前在狮心王援助下崛起的吕西尼昂王族，其在塞浦路斯的继承人年仅8岁，王族内部也处在类似家庭骚乱的状态之中。要解决问题动用军事力量最快。但不管是对基督教徒，还是对伊斯兰教徒，腓特烈都想不流血就能达到目的。在自己中途路过的塞浦路斯让基督教徒流血，对腓特烈来说是说不过去的。于是，33岁的皇帝选择了对话解决的道路，这花去他6个星期的时间。
这件事日后成了罗马教皇方面弹劾腓特烈的一个理由，而当时腓特烈方面的反驳如下：
可是，这些兵力加上当地可能征召到的所有兵力，也不过只有骑士900到1 000人，步兵3 000人到4 000人而已。40年前第三次十字军的时候，腓特烈的祖父“红胡子”皇帝率领的军队有骑兵3 000人和步兵8万人。
腓特烈前往中近东的航线解决了这个问题之后，腓特烈动身前往圣地，并于9月7日在阿卡登陆。自从失去了耶路撒冷之后，这里似乎成了整个中近东十字军势力的首都。
不过，这也必须做到塞浦路斯内部统治巩固，海上防卫充分才行。否则一旦让阿尔-卡米勒看到塞浦路斯处在分裂状态，采取让大量士兵同时登陆，变海战为陆战，最终将居住在塞浦路斯的基督教势力赶下大海的战术，塞浦路斯岛完全有可能伊斯兰化。
不过，腓特烈的指挥系统非常一体化。他本人是最高指挥，在他之下，陆军由条顿骑士团团长赫尔曼、海军由马耳他岛出生的恩里克这两位能力出众的武将分别节制。所以他们规模虽小，却称得上精锐。
剑并不是拔出来才有效，插在鞘里也可以让它充分发挥效力。这在现代叫作“抑制力”。
这支先遣队已于去年秋天抵达巴勒斯坦，并按照腓特烈的命令完成了西顿港的整修工程和护卫这座海港城市的城墙的加固工程。
那就是海军完全是自己的。参加第三次十字军的法兰西王腓力从运输到所有一切完全依赖热那亚，而特意让本国船队返回的狮心王理查，到了要用船队作战时也不得不去求比萨和热那亚。帆船适合运输，但海上战斗只能用加莱船。加莱船上配有当时的发动机——桨，行动自由。加莱船不是欧洲北部海洋里的船，而是适合于地中海的船，只有适应了地中海的船员才能驾驶加莱船。
1228年6月28日，腓特烈率领第六次十字军从布林迪西出港，沿伯罗奔尼撒半岛西岸南下，然后转舵向东，在克里特岛、罗德岛的港口停靠后，于7月21日进了位于塞浦路斯岛南岸的利马索尔港。行船至此所耗时间仅为3个星期，而在这座塞浦路斯岛上他竟逗留了6个星期。腓特烈也同狮心理查一样，看到了后方重地塞浦路斯岛的重要性，于是他把建立塞浦路斯的统治体制放到了比进军圣地更加优先的位置。
这先行兵力是去年因瘟疫不得不延期时，腓特烈委托条顿骑士团团长赫尔曼率领的800名德意志骑士。他们不是单纯的骑兵而是“骑士”，所以加上辅助的步兵和马夫，实际人数会是800人的3至5倍。
即便形成流血事态，那血也不是基督教徒的血，而是伊斯兰教徒的血。可见谁都不难理解，即便你不是罗马教皇，心里也想说上一句“别胡闹了”。
