为了确认建立防卫体制的成果，腓特烈在塞浦路斯岛逗留了几天。离开塞浦路斯后，他向意大利南方直航而去，于6月10日进入布林迪西港。
腓特烈收到了这些情报，但他仍然率军继续北上，进入那不勒斯。那不勒斯大学的学生也加入到居民行列，他们一起为腓特烈的军队开道，从那不勒斯一直走到卡普亚。
相互确认教廷领土与腓特烈领国边界这个谈判的名目很漂亮，但谈判实质上不过是各种各样的讨价还价。最终双方达成妥协：在教皇回家乡阿纳尼时，皇帝去那里问候教皇。阿纳尼是位于罗马南边的一个小城，也是教皇英诺森三世的出生地。
前一年的1228年9月7日，腓特烈率领第六次远征的十字军进入圣地。他在圣地只待了8个月，但圣城耶路撒冷已回到了基督教徒的手中。
教皇孤立了，但他并未投降。罗马教皇岂能向皇帝低头！
阿纳尼“和平之吻”的3天之后，腓特烈已经在意大利南方了。
然而，34岁的腓特烈是在居民们肮脏的谩骂声和抛掷的污物中出发离开圣地的。没有一个神职人员为皇帝送行。
就在腓特烈于1229年6月10日靠港的同时，皇帝回师的消息很快传遍了整个意大利南方。消息还传到了教皇所在的罗马，传到了意大利北方，教皇正要求北方提供兵力以对付腓特烈。
当天，教皇邀请皇帝享用本家的午餐，皇帝毕恭毕敬地接受了。条顿骑士团团长赫尔曼也出席了午餐。
到了10月份，腓特烈并未与教皇军交战便已成功收复了全部被侵占的领土。从布林迪西登陆开始，即便加上在巴列塔的两个月，也不过4个月的时间。
腓特烈是前一年6月28日从布林迪西港起航的，加上往返航行用去的天数，第六次十字军的远征之旅尚不满一年。对腓特烈而言，这是他从33岁到34岁的一年光阴。
“哪怕是一个管不住的儿子，所有信徒的母亲罗马教会也会由衷地以慈爱的感情迎接他的归来。皇帝也将由此回到正确的道路上来，基督教世界也将因此忘却过去那充满恐惧的日子，今后将充满光明和安宁！”
9月，腓特烈的军队终于开始行动了。大敌当前，率领教皇军的布里昂的约翰抛下军队临阵脱逃，逃到君士坦丁堡去了。紧接着意大利北方各自治城邦纷纷拒绝加入教皇军。
不管怎样，腓特烈都是成功完成了十字军远征后回国的，远征中他没有杀害一个伊斯兰教徒。如果回国后立即对基督教徒大开杀戒，不光说不过去，他的处境也难免会变得更加恶劣。杀害基督教徒会让罗马教皇谴责的调门更高。尤其在这种时候，腓特烈更需要在不流血的情况下把入侵自己领地的敌人赶出去。他在巴列塔花了两个月的时间，与其说是为了筹备反击的军队，不如说是为了给敌人施加更强大的心理压力。
格列高利教皇在迎接腓特烈皇帝时发表了一个声明：
腓特烈还是踏上了回国的归途，他只带了海军将领恩里克指挥的7艘加莱船。他回国了，却把带去远征的共计80艘船和士兵中的大部分留下来保卫圣地。
可是，腓特烈既要不损教皇的面子，又要同他改善关系，这并不容易，因为对方是一个坚信“教皇是太阳，皇帝是月亮”的人。他花了近一年的时间来做这件事。
腓特烈派条顿骑士团团长赫尔曼去会见教皇。赫尔曼第一次去罗马时，教皇把他赶了回来，第二次去时教皇接见了他。赫尔曼回来后告诉一直等在卡普亚的皇帝，教皇的态度在逐渐软化。
1230年9月1日，“重归于好”的庆祝仪式在60岁的教皇格列高利和35岁的皇帝腓特烈的相互拥抱亲吻中结束了。这种亲吻在基督教世界里叫作“和平之吻”。腓特烈开除教籍的处罚被解除了。
意大利南方领地的居民得知皇帝回师后重新振奋起了精神，腓特烈见状便从布林迪西去了北面不远的巴列塔城。他决定在这座临海城市逗留，不是为了休养，而是为了一边观察他回国引起的各方反应，一边准备有效的反击行动。
