这位格列高利九世教皇留名青史是因为此后开始的他同腓特烈二世皇帝之间的炽烈抗争。不止于此，他作为5年后于1232年设立的“异端裁判所”的创设者也在欧洲史上留下了自己的名字。“异端裁判所”靠着女巫审判这种多半是嫉妒和羡慕的产物，以及残酷无比的严刑拷打，长期震慑着欧洲社会。而“异端裁判所”竟是由这样一位教皇创设的，他坚信天主教会之长罗马教皇应该是不仅照耀皇帝、还要照耀所有信徒的太阳！
腓特烈将西西里王国托付给一个重臣统治，把怀孕的妻子约兰达留在了安德里亚城，于约定的日子（8月15日）开进了出港地点布林迪西。
但是，群众聚集在同一个地方容易导致瘟疫发生。那情况就像很多人挤在住宿设施不足的地方，而且又逢盛夏季节。
到了圣母升天日的8月15日，腓特烈已根本无法出港。朝圣者中爆发的瘟疫已经扩散到了士兵，尤其是为运送远征军召来的船员中也接二连三地有人病倒。
1227年3月18日，年近百岁的教皇洪诺留三世去世。第二天召开的枢机主教会议选出了新教皇，以格列高利九世之名即教皇位。新教皇是英诺森三世的侄子，对伯父的名言“教皇是太阳，皇帝是月亮”深信不疑。
9月8日，皇帝登上了旗舰。这是一艘大型加莱船。旗舰领头，整个船队离开了布林迪西港。
但还没航行到10海里，情况就明确显示出他们处于一种绝望之中。船速之慢令人一筹莫展，甲板上满是无力瘫坐的士兵，无处插脚。旗舰像是医疗船，船上躺着濒死的图灵根伯爵。他是腓特烈的同辈好友，腓特烈原本想把十字军的陆军交给他指挥，而现在腓特烈所能做的只是陪在行将去世的图灵根伯爵路德维希的枕边。
腓特烈在布林迪西看到数量庞大的群众挤满了港口。他们基本上都是得知十字军要进行久违的远征后从欧洲各地汇集而来的朝圣者。军事远征让朝圣者同行，这也是以往远征时的惯常做法。但这年的朝圣者数量之庞大前所未有，好似又回到了第一次十字军远征的狂热时代。尽管皇帝和国王们都没有参加第一次十字军远征，但因教皇的倡导，那时的狂热几乎是自发的。只凭这一点我们就可以推测，欧洲的基督教徒对旨在收复圣城的十字军远征早已翘首以待。
进了奥特兰托港后，腓特烈立即命令条顿骑士团团长赫尔曼淘选健康船员，编成有20艘加莱船的船队，载着800名健康骑士先行前往东方。他没有忘记给教皇格列高利写信说明情况，并让海军将领恩里克带着信出发去了教皇那里。做完了这一切之后，他便到那不勒斯附近的波佐利温泉疗养去了，他自己的健康状况也不妙了。
新教皇即位时已经57岁。与纤细瘦小的前教皇洪诺留相反，他体格魁梧，浓密的胡须遮住了半张脸。他言谈举止颇有威严，也经常暴怒。他心中郁积着颇深的阴暗怨恨，人们经常能在深感自己身处底层、忍受已久的人身上见到这种怨恨。
尽管如此，大主教贝拉尔德还是切身感受到了年轻君主的心思。他拿着介绍信去了大马士革，请求与苏丹阿尔-穆阿扎姆举行会谈。我们不知道他们实际上是否见了面，因为这个时期苏丹正在卧病之中。
即便如此，腓特烈还是试着于8月21日出港。但那天全军没有准备好，只能延期出发。
然而，即使明白贝拉尔德的辛苦，腓特烈也已经没有时间等待大主教回国了。
贝拉尔德再度来访，阿尔-卡米勒这次也直截了当地做了答复，也许是他厌倦了玩弄语焉不详的辞藻，或是他觉得不能失礼于远方的来客。他说，耶路撒冷在弟弟阿尔-穆阿扎姆的领地上，要让贝拉尔德做出判断。他还为贝拉尔德写了一封介绍信给身在大马士革的弟弟。再怎么样弟弟也是敌对方，给这样的对手写介绍信，阿尔-卡米勒也真是一个莫名其妙的人。
4月初，教皇格列高利即位尚不满半个月就给皇帝来了信，要求皇帝严格遵守与前教皇洪诺留约定的十字军远征的出发日期。
托了伯父的福，他得到了罗马附近富裕的大教区，而根本不是什么身处底层。可是，客观标准不通用于这种怨恨。顺便说一下。7年前的1220年，当时25岁的腓特烈为了参加加冕典礼来到罗马。当时50岁的格列高利受教皇洪诺留之命迎接并照顾腓特烈。他在加冕当天担任先导，把腓特烈引到教皇等候的圣彼得大教堂。
即使教皇不催促，腓特烈也考虑到事到如今只能决心远征了，只是还没有从阿尔-卡米勒那里得到归还耶路撒冷的明确说法。他再次派巴勒莫大主教贝拉尔德去了开罗。
腓特烈命令船队调转方向去奥特兰托港。如果撤回，去那里要比去布林迪西更近。
