4月25日，欧洲各地会集到热那亚的高级神职人员终于全部上了船。热那亚为了把这批重要客人送到罗马，准备了一支30艘的船队。为了不让皇帝方面察觉，所有船只在极其隐秘的情况下离开了港口。凌晨，港口上还不见人影，船队便出发了。除了相关人员以外，这件事便再无人知晓。然而，事情还是被察觉了。
腓特烈的自家领地意大利南方离罗马很近。教皇可没那么心慈，认为单靠公开信息就足以对付意大利南方人了。他已经派说教僧进入意大利南方，开始了反皇帝的宣传活动。
腓特烈动员了比平时更多的书记员和递信员，写了反驳的信件，对教皇开除他教籍的理由逐一进行了反证，并把信件送给了选举并辅佐教皇的机构枢机主教团，而并没有像往常那样送给教皇。此外，腓特烈还使用了他惯常的做法，大量复制反驳信件，送往全欧洲的国王和实力诸侯手中。不过，他这次并没有就此罢手。
腓特烈的措施取得了基本令人满意的成功。枢机主教团分裂了，一部分人赞成教皇的做法，另一部分人嘴上不说心里却开始认为是教皇冒进了。教皇与皇帝的正面冲突已经表面化，欧洲的王侯们对此感到担心，希望教皇三思而行的人占了一多半。此外，腓特烈是神圣罗马帝国的皇帝，但他的祖国是德意志。德意志还是封建社会，只要封建诸侯坚持支持腓特烈，德意志便不会有问题。
在那个时代，被罗马教皇开除教籍的事并不罕见，法兰西王和英国国王都各有过一次这样的经历。但这是腓特烈第三次被开除教籍，三次都是被教皇格列高利开除的。
如果理由仅此而已，那便与普通的开除教籍并无二致了。但这次挥舞这个只有罗马教皇才拥有的武器之人是被现代英国研究家叫作“睚眦必报之人”的79岁老者。在罗列了通常开除教籍的理由后，他又列举了以下理由。
腓特烈在平定意大利北方时的基地之一帕多瓦得知自己被开除教籍，当时正是庆祝复活节的高潮。同一天，他还接到了赫尔曼在萨莱诺去世的消息。这位忠心耿耿、尽心尽力二十载的人去世了。但这并没有迟滞腓特烈的行动，他立即开始反击。
与竞争对手威尼斯不同，热那亚共和国内部各派的斗争从未间断。国内的四大家族总是分裂成两派，两两一派，循环往复地上演着驱逐和被驱逐的闹剧。菲耶斯科和格里马尔迪是教皇派，与之敌对的多里亚和斯皮诺拉站在皇帝一边。这个时期的热那亚紧跟教皇，是因为菲耶斯科和格里马尔迪联合执政的原因。热那亚内部当然会有人暗通多里亚和斯皮诺拉这两大家族。
这两个国家是意大利海洋城邦国家的代表，它们之间的竞争不仅限于地中海的海上。在整个地中海世界，它们都是竞争对手。这样的两个国家统一了步调，只能说是奇迹。威尼斯承诺派出25艘加莱船，热那亚知道后也承诺派出同样数量的加莱船参战。
开除教籍是一个强有力的武器，但乱用就会降低效力。所以对原来就是自己一方的人使用没有多大效果。可是，不论开除教籍的理由是什么，光是被开除教籍就有被敌人利用的风险。而且，还会让那些非己非敌但却自认为是信仰笃深的基督教徒的善男信女产生动摇，因为“反基督”就是“基督的敌人”。
教皇诏书所叙述的开除教籍的理由从对教皇不够尊重开始，罗列了一堆老生常谈之事。而且每次都会宣布，与被开除教籍者有关人等也被开除教籍，被开除教籍之人所到之地都要受到禁止教务的处分，因为努力排除这些罪孽深重者是每个本分的基督教徒对上帝的义务。
作为意大利的海洋城邦国家，热那亚和威尼斯都是中世纪地中海的主人公。这两个国家都靠贸易立国，通过贸易把异教徒的伊斯兰世界与欧洲的基督教世界联系在一起。他们是同行，但也因此在地中海世界的所有地方存在利害冲突。
1239年3月24日，这一天是基督徒所称的“神圣的礼拜四”。在位于罗马梵蒂冈的圣彼得大教堂，正门上醒目地贴出了教皇诏书，内容是教皇格列高利九世对皇帝腓特烈二世处以开除教籍的处分。
为了把意大利北部的这些自治体拉到自己一边，腓特烈这次毫不犹豫地动了武。他派去了一队士兵，进攻并烧毁了为这些城市“输血”的郊区农村地带。得知帕尔马又重新开始与米兰联系之后，皇帝亲率军队突袭帕尔马，成功扑灭了尚未燎原之火。这一年很快过去，腓特烈甚至没能腾出时间回一趟意大利南方。
按照教皇格列高利的说法，根据这些理由开除腓特烈皇帝的教籍，对基督教世界最高领袖教皇而言是理所当然的行为。
威尼斯共和国巧妙地利用了第四次十字军，成功地把被推翻的拜占庭帝国首都君士坦丁堡变成了自己的一大贸易基地。这意味着1204年以后威尼斯在东方占据了有利的地位。而处于不利地位的热那亚共和国当然不想这样下去。他们企图通过搞垮起于第四次十字军东征、由威尼斯援助的拉丁帝国来挽回自己的不利。
教皇首先旧事重提，回溯了第六次十字军之事。他说腓特烈一再拖延后终于出发远征，却又以瘟疫流行为由撤了回来。他还说腓特烈指使他人杀害了从德意志前来参加远征的图林根伯爵，谎称伯爵死于瘟疫，再次拖延出发。这不仅不被允许，而且是犯罪行为。
教皇诏书继续写道：
皇帝扬言，摩西、基督和穆罕默德是人类产生的三大骗子，说圣母马利亚是否为处女也值得怀疑，他还嘲笑基督教。皇帝的这种态度，只能表明他是“反基督”的。
然而，要剥夺腓特烈的帝位需要事先找好替代他当皇帝的人。这个人要把拥有武力的腓特烈拉下马，没有军事力量是不行的。教皇派特使去找法兰西王，要让王弟阿图瓦伯爵当皇帝，要求法兰西王把军事力量交给弟弟。
在创立了异端裁判所的格列高利教皇看来，腓特烈是彻头彻尾的异端者，排斥他是可以在公会议上讨论的议题。格列高利知道，将于第二年复活节在罗马拉特兰大教堂召开的公会议上，仅仅开除腓特烈的教籍是达不到目的的。
公会议原本是以主教、大主教为主的高级神职人员应教皇之召聚集一堂，讨论基督教会面临的种种问题，达成统一见解的会议。王侯们也会派自己的代理人参会，但他们毕竟只是观察员，不参与讨论和起草形成统一见解的工作。公会议在中世纪的通用语言拉丁语中称为“Concilium”。会议集合以指导各地信徒为业的神职人员，商讨基督教徒的信仰、伦理和纪律等方面的议题，通过作为信仰规范的正式见解。这就是说，公会议应该只讨论宗教问题，而不能把讨论非宗教人士皇帝的去留作为议题。
教皇格列高利把写有开除皇帝教籍的教皇诏书贴在了意大利所有城市主教堂的大门上，而皇帝则把反驳信贴在了通常位于主教堂对面的市政厅大门上。如此一来，不光是枢机主教和王侯，就连普通老百姓，只要穿过广场也都能够看到教皇开除皇帝教籍的诏书和皇帝对教皇的反驳信。想到这中世纪方式的信息公开，我不禁莞尔。我们从中可以看到，格列高利挥剑而来，腓特烈则仗剑相向。
“异教徒”（paganus）与“异端者”（haereticus）不一样。异教徒是信仰其他宗教的人，而异端者则是与自己信仰同一宗教，但信仰方法错误的人。“异教”和“异端”用于这样的意义，是进入基督教时代以后的事情。这两个词可以反映出中世纪在宗教方面是一个不宽容的时代。
转年到了1240年。对70岁的教皇和45岁的皇帝而言，这又是激烈动荡的一年。
使者飞奔南方，命令海军提督进入临战状态。准备迎击敌人的命令同时也发向王国的所有海港城市。完成陆海迎击布防并不需要那么多时间。
腓特烈采取了强硬政策对付意大利南方和西西里合二为一的“西西里王国”的老百姓。他把教皇派进来的说教僧驱逐出境。可那并不是单纯的驱逐出境，他把说教僧集中起来装到船上，送往耶路撒冷。把他们逐出意大利时，腓特烈还给了他们一份皇帝文书，说在圣地他们便可以专心致志地从事本职工作了。对教皇的讽刺也算到位了。
法兰西王路易九世那年25岁，与腓特烈一直关系良好。他根本不想撕毁祖父腓力二世年轻时与腓特烈缔结的德法互不侵犯条约。这位法兰西王给教皇的回复是：拒绝。但路易并没有禁止收到邀请的法兰西高级神职人员前去罗马，参加第二年的公会议。
腓特烈立即察觉到了这个联合所带来的危险。组成“西西里王国”的意大利南方和西西里岛都为海洋所环绕。两个拥有强大海军的国家将联手进攻这里。但是腓特烈也有海军。
教皇对开除皇帝教籍的效果不大感到失望，对派去的说教僧被驱逐到耶路撒冷感到愤怒。根据编年史作者们的说法，教皇完成了一项“奇迹”，他与腓特烈多年的宿敌热那亚和威尼斯达成了一致，联手从海上进攻“西西里王国”。
基督徒最重要的节日是基督诞生祭和复活祭，一般称为圣诞节和复活节。圣诞节确定在12月25日。但因为规定复活节要在礼拜日庆祝，所以复活节的日子每年都在变化。历史史料中记录某某年复活节的，要多于记录具体日期的情况，为此人们还制作了记载每年变化不定的复活节日期的一览表。根据史料，1239年的复活节是3月27日。对基督教徒而言，这是最重要的庆祝耶稣复活的礼拜日。但不知道为什么，在中世纪，复活节前三天的礼拜四是公布受到开除教籍处分人员名单的日子。我想，也许这是为了要在排除罪人后再来迎接神圣节日的缘故。可能还是这个原因，“礼拜四”也是公布教廷规定基督教徒禁止阅读的书籍及其作者名字的日子。
不过，这些地方距离遥远，要走完这迢迢之路来到热那亚，在那个时代确乎不易。1241年3月31日是复活节的日子。到这天为止抵达罗马的人数令人绝望。尽管如此，格列高利教皇召开公会议的决心并未改变，大主教和主教们只好前去热那亚。
也许是这些措施见了效，在腓特烈的领土德意志和意大利南方，开除教籍所带来的危害成功地减到了最小。但意大利北方却并不如此。有几个自治体发生了这样的情况：教皇诏书依旧张贴在主教堂的大门上，而贴在市政厅大门上的皇帝反驳信却一大早就被撕毁。
格列高利教皇就是赌上罗马教皇的权威也要让公会议绝对成功。为了不让收到邀请的主教们以经济上的理由拒绝参会，教皇通知他们，不但免除从乘船地点热那亚到罗马外港奇维塔韦基亚的船钱，就连出席公会议期间在罗马的住宿费等也都由教廷全额负担。既然腓特烈势力范围内的德意志和意大利南方派人参会的希望渺茫，教皇也就只能指望法兰西、英吉利和西班牙等地了。为此，他打算支付船钱，为他们做什么都行。
教皇格列高利再次绝望。他只好决定召开公会议，在会上谴责皇帝为异端，剥夺他的帝位。教皇的邀请函送到了全欧洲的高级神职人员手中，通知将于第二年1241年的复活节召开公会议。
另一方面，尽管热那亚和威尼斯决定共同作战，但一直没有进展。以前的宿敌关系难以轻易消解，但这并不是理由。两个国家不仅是船舰之国，也是商人之国。他们不需花费多少时间就能想到，跟教皇搞在一起以皇帝为敌一点好处都没有——这才是最大的理由。但约定就是约定，他们开始从海上发起了进攻。然而他们根本没有联合行动，而是各自为战，消极进攻。结果，教皇的想法所带来的奇迹昙花一现地完结了。
但是，按照格列高利教皇的想法，腓特烈一事可以顺利地成为公会议的讨论议题。正是这位教皇，在10年前的1232年设立了异端裁判所。
