福楼拜生命的最后几年非常孤单。他大多数时间都住在克鲁瓦塞。他抽烟抽得很凶，暴食暴饮，从不锻炼身体。他手头很拮据，朋友们最终给他找了一份闲差，一年能有三千法郎收入，虽然他感觉这份活儿很羞耻，还是不得不接了下来。不过他活得不长，并未从中得益。
他一生中唯一真诚、忠实、无私爱过的女人就是伊莉莎·施勒辛格。有一天晚上在马格尼吃饭，泰奥菲尔·戈蒂耶、泰纳、埃德蒙德·德·龚古尔都在场，福楼拜讲了一番奇怪的话：他说他从未真正拥有过一个女人，自己还是个处男，他交往过的所有女人都不过只是另一个女人的“床垫”，而这个女人才是他梦寐以求的。莫里斯·施勒辛格的投机买卖以破产而告终，他带着妻子儿女住到了巴登。1871年，他去世了。福楼拜在爱上伊莉莎三十五年之后，才给她写了第一封情书。信的开头并不是他惯常用的“亲爱的夫人”，而是“我的旧爱，我唯一的挚爱”。她来到克鲁瓦塞，两人自上次相见后都变化很大。福楼拜身材肥胖，红通通的脸上净是斑点。伊莉莎瘦了，肌肤失去细腻的光泽，头发也白了。《情感教育》中阿诺克斯夫人和弗里德里克最后相见的那段动人描写，很可能就是福楼拜和伊莉莎多年后重逢的忠实再现。此后他俩又遇见了一两次，后来据人所知就再也没有见过面了。
他出版的最后一部作品是一卷由三个故事组成的小说，其中之一，《纯朴的心》，极为精彩。他开始撰写一部名叫《布法与白居谢》的小说，决意在书中再次讥讽人类的愚昧，本着一贯的一丝不苟的态度，他阅读了足有一千五百本书以获取自认为必要的素材。该小说计划出两卷，而他几乎要完成第一卷了。1880年五月八日上午，女仆于十一点进书屋送午饭，发现他躺在长沙发上，嘴里咕哝着听不懂的话。她赶紧去请医生，把他领回家。可医生已经无能为力了。不到一个小时后，古斯塔夫·福楼拜与世长辞。
福楼拜死后一年，马克西姆·迪康去巴登度夏，有一天，当他出去打猎的时候，发现自己身处伊莱诺精神病院附近。大门敞开着，女性病人可以在监管人的陪护下每天出来散步。他们一对一对地出来了。其中有个人向他鞠躬。原来此人就是伊莉莎·施勒辛格，让福楼拜爱得如此长久，又爱得如此徒劳的女人。
时光飞逝，侄女凯洛琳嫁了人，只剩下福楼拜和母亲。母亲去世后，他在巴黎的一间公寓住了几年，但生活几乎跟克鲁瓦塞时期一样地深居简出。除了每月在马格尼来上一两次聚餐的文人之外，他还有几个朋友。福楼拜身上有股乡下气。埃特蒙德·德·龚古尔曾说过，他在巴黎住得越久，这股乡下气就越重。在餐厅用餐的时候，他一定要单间，因为他受不了吵闹或者身旁有人；而且假如不脱掉外套和靴子，他就吃不安稳。1870年法国战败之后，凯洛琳的丈夫经济拮据，为了让他免于破产，福楼拜最终把所有的财产都转让给他，自己除了老宅子则所剩无几。由此带来的忧虑导致他好了多年的痉挛再度复发，当他外出吃饭的时候，居伊·德·莫泊桑都要去接他，好把他平安送回家。龚古尔形容此时的他容易发火、爱挖苦人、脾气暴躁，为什么事儿（甚至不为什么）都要生气；不过他在自己的日记中又补充道，“只要你让他做主角，让他不停地开窗而自己感冒，那么他还是个蛮可亲的伙伴。他有着一种沉闷的快乐以及孩子般的笑声，非常具有感染力，在日常交往中，又具有一种发自内心的深情，不能说没有魅力。”龚古尔的这番话有失公允。迪康是这样说他的：“这个冲动而傲慢的天才，因为极小的矛盾就勃然大怒，但实则却是每一位母亲所能梦想到的最可敬、最文雅、最细心的儿子。”你只需读读他给自己侄女写的那些迷人的信，就知道他有多柔情了。
《包法利夫人》出版之后，福楼拜写了《萨朗波》，这本书被普遍看作是败笔，之后则是又一个版本的《情感教育》，他在书中再次描写了他对伊莉莎·施勒辛格的爱。法国的许多学者将之视为福楼拜的代表作。这本书杂乱难读。主人公弗里德里克·莫洛部分上就是福楼拜本人，就像他看自己一样，部分上又是马克西姆·迪康，就像他看他一样；然而这两个人差距实在过大，所以合为一体不怎么真实，这个人物始终不可信，毫无一点趣味。不过这本书开头堪称绝妙，快到结尾时有一个阿诺克斯夫人（伊莉莎·施勒辛格）和弗里德里克（福楼拜）分别的场面，可说是凄美到了极点。此后，他第三次写了《圣安东尼的诱惑》。尽管福楼拜说自己脑子里有的是想法，可以写书一直写到生命的终结，但这些到最后也只是模糊的计划。奇怪的是，除了《包法利夫人》的故事是现成的之外，福楼拜仅有的几部小说都是根据他自己早年的想法写出来的。他衰老得过早，才三十岁就已经脑门变秃、大腹便便了。如马克西姆·迪康所言，很可能他的神经爆发症，以及为抵抗此症所服用的使人消沉的镇静剂，破坏了他的想象力和创造力。
