元朝的流刑又有新的发展，这主要是“新流刑”的创立，所谓“新流刑”是指流远与出军，它们都是从蒙古族古老的惩治方式中脱胎而来的。出军与流远的主要去所在素为“瘴疠”之地的湖广与北鄙的辽阳。罪犯一般是南人发北，北人发南。所谓“流则南人迁于辽阳迤北之地，北人迁于南方湖广之乡”。出军的罪犯到达配所之后，主要是“从军自效”，在当地屯种增强边方镇戍军伍的实力。原则上，除了大赦，出军与流远的罪犯要终老发配之地，永无回归故土的希望。与传统流刑相比，其惩治力度更为严厉。出军与流远起初并行，至元仁宗、元英宗年间，出军逐渐进入流远刑，使流远刑成为一种新的流刑方式。
元朝流刑的最大的特点就是上文所说的，南人发北，北人发南。这也为明清所仿效。这与元朝的幅员辽阔有很大关系。元朝是中国历史上国土面积最大的朝代，其行政区划历经数度变更，最终将全国划分为中书省直辖的“腹里”地区和10个比较固定的行中书省。《元史·地理志》称：“盖岭北、辽阳与甘肃、四川、云南、湖广之边，唐所谓羁縻之州，往往在是，今皆赋役之，比于内地；而高丽守东，执臣礼惟谨，亦古所未见。”难怪元朝统治者自豪，饶是无比强大富饶的唐朝，这些地方都不过是名义上附属于中央的“羁縻州”，其版籍并不向唐朝呈报，也并不承担一定的贡赋。但是到了元朝，这些地方统统属于元朝行省范围，一律要向中央交税。
以往的羁縻之州如今已经成为“大一统”的一个部分，但是它毕竟仍过于荒凉偏僻，因此它就成了“南人发北，北人发南”的首选之地。当时，蒙古人、色目人主要发配两广、海南，最南甚至到越南北部，而汉人、南人则发配辽阳屯田，最远已到黑龙江以北、乌苏里江以东地区，即今俄罗斯境内。
这里要解释一下“羁縻”的意思，对于现代的读者，这个词语实在是太过陌生。羁縻，有笼络之意。它是古人为了达到“四海之内莫不为郡县”的效果，在少数民族承认中央王朝统治的前提下，中央王朝允许其进行有限度的自治，保持本民族原有的社会经济制度、宗教信仰及风俗习惯、文化传统等等，“一切政治，悉因其俗”，以达到“不改其本国之俗而属于汉”的成效，所谓“怀柔远人，义在羁縻，无所臣属”。当然，羁縻的最终目的是为了“以华变夷”“华夷一体”，直至实现“大一统”的局面。这个目标看来只是在元朝才得到实现。
