在笛卡尔看来，灵魂并不是由独立的灵魂或能力构成的，而是一个通过不同方式展现自己的单一基质：是同一灵魂在感觉、推理和意愿。他对灵魂的主动和被动阶段进行了区分，他称之为灵魂的活动和感受。前者是意志的决定或行动，取决于灵魂自身：我自由地意愿或者热爱上帝、肯定或否定某个命题、恢复记忆、在想象中创造图画或者移动我的身体。后者包括感觉及其摹本、嗜欲、痛苦、热和其他的身体感受，这些都与外在物体或者身体有关。自愿或主动的状态完全在灵魂的能力之内，只能间接地由身体引起改变，而被动状态则完全取决于它们的生理原因，只能间接地由心灵引起变化，除了在某些情况下，心灵自身是被动状态的原因。但是还存在着其他的状态或者“知觉，我们感到其影响好像在灵魂自身之内”。这些状态有高兴、生气等情感，严格说来，它们是激情；它们是灵魂的知觉、情感或情绪，我们特别将其归于灵魂；它们是由动物血气的某些运动所引起、支持或强化的。但是这些激情的主要影响或者作用是激发灵魂或者使灵魂倾向于意愿那些激情让身体作好准备的事情：恐惧激发逃避的意愿，勇气激发起战斗的意愿，等等。这些激情将刺激松果体的动物血气的运动作为自身的直接原因，但是它们有时候也可以由愿意设想某个对象的灵魂的活动而引起；由此，我可以通过分析形势，在我身上激发起无畏的情感。
那么外在事物的性质是什么？我们在物体上清晰、明确地知觉到的是物体的本质属性。声音、颜色、味觉、嗅觉、热和冷并不是物体的属性，我们不能清晰而明确地想象它们，它们是混乱的。我们所感觉到的并不是物体的真正实在。物体的属性是广延，此外再无其他属性。物体和广延是同一的。广延是由长度、宽度、厚度这三维构成的一个空间。每一物体都具有有限的空间维度。并不存在虚空的空间或真空，只要有空间，就有物体。空间是无限可分的，不存在终极的空间部分，因此物质是无限可分的，也就是说，不存在原子，只存在微粒。广延没有止境，因为物质世界是无限的。
笛卡尔有时候毫不犹豫地接受了因果相互作用理论。心灵虽然同整个身体结合在一起，但在大脑的松果体中占有最重要的位置。动物血气中的运动是由可感物体引起的，并被传送到松果体中，感觉就是这样产生的。心灵也可以通过不同方式使松果体运动，这一运动被传送到动物血气中，由血气引导，通过神经而传送到肌肉中。在这里身心之间的关系被清楚地设想为因果性的：通过松果体这一中介，在心灵和身体之间产生了某种相互作用。但是笛卡尔并没有成功表明这一相互作用如何与他的思维和广延实体的形而上学二元论相一致。
我们不能接受传统的观点，而必须研究自然这部大书。“即使阅读了柏拉图和亚里士多德的所有论证，如果不能对任何命题形成合理的判断，我们也永远不可能成为哲学家。”[3]知道别人的观点并不是科学，而是历史。人们应当独立思考。但是我们在试图获得清晰明确的知识时应当如何行动？应当遵循什么样的方法？数学的榜样给我们提示了在推理中应当遵循的步骤。只有数学家才能够发现确而自明的命题。我们毫无疑问接受这样的表述：二加二等于四，三角形的三个角之和等于两个直角之和。如果我们可能在哲学中发现类似的真理，无数的辩论和争议将会停止：我们将能够证明上帝的存在、灵魂的不朽和外部世界的实在性，也将为成功的科学建立安全的基础。
第四十六章 勒奈·笛卡尔
在笛卡尔看来，真正的哲学的第一部分是形而上学，形而上学包含着知识的原则，比如上帝主要属性的定义、灵魂的非物质性和我们拥有的所有清楚而简单的观念。第二部分是物理学，在发现了物质事物的真正原则后，我们在物理学中通常研究整个宇宙是如何构成的，然后研究地球的性质和在地球上发现的所有事物的性质，如空气、水、火、磁铁和其他物质，然后研究植物、动物尤其是人的本性，以便发现对我们有用的其他科学。
第二节 科学的分类
第六节 外部世界的存在
K.Fischer，《笛卡尔和他的学派》，J.P.Gordy译，1887年；N.Smith，《笛卡尔哲学研究》，1902年；E.Boutroux，《笛卡尔和笛卡尔主义》，见《剑桥近代史》第四卷，第27章；E.Boutroux，《哲学史研究》，F.Rothwell译，1912年；P.G.Natorp，《笛卡尔的认识论》，1882年；E.S.Haldane，《笛卡尔的生平及时代》，1905年；L.Lévy-Bruhl，《法国近代哲学史》，G.Coblence译，1899年；L.Brunschvicg，《笛卡尔和帕斯卡尔》，1944年；S.V.Keeling，《笛卡尔》，1934年；M.J.Mahony，《笛卡尔主义》，1925年；E.Gilson，《中世纪思想笛卡尔体系形成中的作用》，1930年；J.Maritain，《笛卡尔的梦》，1932年；A.B.Gibson，《笛卡尔哲学》，1932年；S.V.Keeling，《笛卡尔》，1934年。
[3] 《指导心灵的规则》，规则二。
勒奈·笛卡尔（1596年~1650年）生于都兰的拉哈耶的一个贵族家庭。他在拉夫雷士的耶稣会学校接受教育，学习古代语言、经院哲学和数学。他在数学研究中发现了自己所渴望的确定性和明晰性，对其他学科并不满意。他在1612年离开学校时放弃了对这些学科的研究，而只是追求“在其自身或世界这本大书中发现”的科学。他周游各地，享受尘世生活。1617年和1619年他先后参加了拿骚的莫里斯和梯利将军的军队，同各种各样的人交往。在这个时期，笛卡尔的理智兴趣从未减弱。人们经常发现他处于沉思状态，即使在军队司令部也是如此。如何在哲学中获得同数学一样的确定性，这一问题激发着他的兴趣。他祈求神的启示，发誓如果他的祈祷能够得到回答，他就去拉瑞多的圣殿朝拜。1621年笛卡尔离开军队，将时间用于旅行和研究（1621年~1625年），他在巴黎和科学界的朋友待了3年（1625年~1628年），但是感受到了独处的必要，便到了荷兰。在那里，他忙于准备自己的著作（1629年~1649年）。1649年，笛卡尔接受了对哲学非常感兴趣的瑞典女王克里斯蒂娜的邀请，来到斯德哥尔摩，但是天气损害了他的健康。笛卡尔在那里待了一年后于1650年去世。
外在世界的一切过程都是广延的改变形式或者样式。广延无限可分，具有广延的部分可以结合、分开，形成物质的不同形式。物质的一切变化或者形式的多样性都依赖于运动。运动是指一个物体从一个位置到另一个位置的移动。运动是可移动事物的样式，而不是实体。所有现象都是从一个空间部分到另一个部分的运动的转移。“运动是一部分物质或者一个物体从与其直接接触或者我们认为是静止的那些物体，运送到其他物体附近。”物质世界可以根据力学进行解释。没有超远距离的作用—所有的现象都是由压力和冲击力引起的，因此必然存在着普遍的以太以解释天文学事实。
但是，有人可能主张，无限的概念只是一个否定的概念—对完善的否定。在笛卡尔看来并非如此，因为有限的观念蕴含了无限的或者上帝的观念。如果我自身没有通过和一个比我更完善的存在者的观念作比较，使我认识到我的本性的缺陷，我怎么能够怀疑或者具有欲求？怀疑蕴含着一个真理的标准，不完善蕴含着完善的标准。
我们如何进行数学研究，遵循什么样的方法？我们从自明的公理或者原理开始，所有知道并理解这些公理或原理的人都会接受它们。我们将这些公理作为我们推演其他命题的出发点，这些命题逻辑地从这些原理中推出，如果在推理上没有错误，这些命题具有和前者一样的确定性。也即是说，我们从自明的简单命题开始，由此得出更为复杂的命题，我们的方法是综合的和演绎的。
但是有一样东西是确定的，那就是我怀疑或者思维，对这一点不存在任何怀疑。实际上，在思维者思维的同时假定其不存在，这是矛盾的。笛卡尔并没有求助于经验心理事实，即心灵的意识自身，而是从逻辑上推论出：怀疑蕴含着怀疑者，思维蕴含着思维者，即一个思维着的事物或者精神实体。这样他就获得了一个在他看来似乎是合理的、自明的命题。怀疑意味着思维，思维意味着存在，我思故我在—我思维，所以我存在。“对于以一种遵守秩序的方式进行哲学推理的人来说，它是首要的和最确定的知识。”[5]这就是我们在寻找的原理—我们的形而上学的一个确定而自明的始发点。这一命题也为我们提供了真理的标准和检验。这一命题是绝对确定、真实的，并且为人们清晰而明确地理解，由此我们可以确立一条普遍原则：所有与这一原则相似并被人们清晰而明地理解的事物，都是真实的。
笛卡尔的目标是要发现一些确定、自明的真理，比如具有常识和推理能力的人都会接受的真理。经院哲学不可能给予我们这样的知识，在同一主题上存在着许多不同的观点，因此在经院哲学中寻找确定性是徒劳的。其他科学实际上采取了经院哲学的原则，在这样不稳固的基础上不可能建立牢固的东西。我们得到的是大量虚假观点，被包围在错误和怀疑之中，而没有得到清晰确定的知识。在哲学中没有一个主题是不可争辩的。因此，如果我们希望在科学中有确定不变的东西，就必须除掉这些意见，从其地基开始重新建立知识的大厦。
笛卡尔的《哲学原理》的第一部分包含了形而上学，其他三部分，处理“物理学中最一般的东西”。[2]
如果身心这两种实体相互排斥，那么就可以知道在这两者之间不可能有任何的相互作用：心灵不可能引起身体上的变化，而身体不可能引起心灵的变化。但是笛卡尔并没有一贯地从他的前提中得出这一结果。有些事实表明在心灵和身体之间存在着密切的结合：饥渴的欲望；并不绝对是精神性情感的情绪和激情；痛苦的感觉、颜色、光、声音等。我们不能将这些东西仅仅归于身体或精神，而必须通过二者的紧密结合进行解释。笛卡尔认为这一结合与舵手和其所在船舰的结合并不相同。心灵和身体组成了一个坚固的统一体。前面提及的所有感觉都只是意识的混杂样式，是身心结合的结果。人并不是纯粹的精神。在动物身上以及通常在我们身上的运动是在没有理性干预的情况下发生的，由外在物体所激发的感觉只对动物血气有反应，并且这些反应是机械性的—动物只是一台机器。但是对人而言，身体的运动可以产生感觉。如果我只是一个思维的存在者，如果我的精神并不是以某种方式与我的身体结合的，我就只会知道（例如我很饿）而不是感觉到我很饿。我就不会有作为意识混杂样式并由身心密切结合而产生的感觉和情感。
培根已经提出一种精神状态的机械理论，霍布斯将机械论作为其整个哲学的基础。笛卡尔试图用机械论来详细说明我们的心理生活的大部分，但是他并没有用机械论来解释我们所有的精神过程。心灵自身是一个独特的实体，具有理解和意愿的能力。而且，笛卡尔所谈论的所有“知觉”—感觉、嗜欲和情感—都是心灵状态，而不是运动。有些激情是纯粹精神性的，并非由器官的运动引起。意志独立于身体状态，能够自己产生这样的心灵状态。意志是自由的，灵魂的伦理理想是使自己免受外界影响。
我从上帝那里得到上帝的观念，这一观念是人所天生的。上帝不仅是原因，而且是我们的存在的原型。他按照自己的形象创造了人。我们不需要对此惊讶：上帝在创造我们时，将这一观念置于我们心灵中，就像工人将标记印在他的产品上一样。如果上帝不存在，我们就不可能是现在的样子，也不可能具有上帝的观念。我们知道上帝自身和人的心灵比我们对物质性物体的了解更为清楚。反思上帝的观念，我们知道他是永恒、全知和全能的，是所有善和真理的来源，是所有事物的创造者。他并不是物质性的，不像人那样用感官来知觉事物。上帝具有理智和意志，但与我们的不同，他并不意欲为恶或者犯罪，因为罪是存在的否定。这是在经院哲学那里我们就开始熟悉的通常的神学立场。笛卡尔赞同邓斯·司各脱的观点，认为我们只能够在理性不同启示冲突的情况下接受理性。他还与司各脱一样认为上帝本可以将世界安排成其他样子；一事物之所以是善的，是因为上帝使其如此；上帝并不是因为事物是善的，才使其成为善的。
但是笛卡尔并没有说清这一紧密结合是如何形成的—实际上，在他的二元论框架内，这一结合是不可能的。笛卡尔告诫我们不要混淆身心彼此。他认为，思维和广延在人这一身心结合的统一体而不是在自然的统一体中被结合起来：我们不应当将这一结合同两个物体之间的混合进行比较。他宣称：“思维可以受器官困扰，但并不是后者的产物。”感觉、情感、欲望是心灵与身体结合而在心灵中产生的困扰。尽管存在着身心的结合，身体和心灵仍然是不同的；上帝将它们组成整体，但它们本性上是独立的，以至于上帝可以将它们单独保存。笛卡尔似乎接受了这一观点：心灵和身体之间的关系并不是物理状态变成、产生或者引起精神状态，或者相反，而只是心灵受到了有机进程的困扰。他在这一问题上的含糊和摇摆是因为他希望依据纯粹的机械原理来解释物质世界，同时又给精神原则的活动留下余地。经验事实表明在身心这两个世界之间存在着紧密结合，但他在身心之间的截然区分又使得这一结合变得不可能。
[2] 同上书，第212页。
笛卡尔列举了六项主要的激情：好奇、爱、欲望、欢乐和悲伤，其余的激情都是它们的类。这些激情都与身体有关，它们的自然用途在于激发灵魂赞同或者促进有助于保存身体的活动，或在某种程度上使身体更加完善。在此意义上，人们首先运用的是欢乐和悲伤。因为只有通过产生悲伤激情的痛苦感觉，灵魂才能直接避免有害的事物，然后产生对痛苦原因的憎恨和摆脱痛苦的欲望。
第四节 上帝存在的证明
这一极端的二元论特别吸引笛卡尔的地方在于它让自然科学自由地对自然进行机械论解释。心灵被排除在自然之外，自然获得了自己的独立领域。物理学可以走自己的路，所有的目的或最终因都从物理学中被清除。人们在心灵和身体之间进行了划分，就如同经院哲学时代神学和哲学之间的划分一样。笛卡尔将这一学说应用到整个有机界中，甚至应用到人的身体上。人的身体像动物的身体一样是一台机器。身体的运动本原是心脏中的热，运动器官是肌肉，感觉器官是神经。动物血气在心脏血液中蒸馏，通过动脉进入大脑，又从大脑进入肌肉和神经。在这台机器中，身体的所有功能都自然地是器官安排的结果—像钟表的运动一样必然是由钟摆和齿轮产生的。除了血液和动物血气外，在人的身体中不需要假设感觉灵魂或者任何生命运动的本原。笛卡尔否定了亚里士多德和经院学者的生机论，而为有机自然提供了一个机械理论。
[4] 《第二个沉思》。
第三节 知识的方法和标准
[5] 《哲学原理》，第一部分，原理七。
笛卡尔的唯理论和先验论并没有阻碍他对经验给予充分重视。他并没有提出一套系统的认识论。他的兴趣在于发现一种真理方法而不是详细地讨论认识论问题。尽管笛卡尔持有深思熟虑的怀疑论，但在相信理性有能力获得确定知识这一意义上，他又是一个独断论者。他是一个实在论者，承认外部世界的存在，但是又认为外部世界的真实性质只有通过理性思维才能够被发现。
V.Cousin于1824年至1826年编辑了十一卷本的法文版；Foucher de Careil于1859年至1860年编辑了两卷本的笛卡尔未出版著作； C.Adam和P.Tannery于1896年至1911年编辑的十三卷本选集；1905年由J.Veitch翻译的《沉思集》及《哲学原理的》选集（本书使用了这一译本）；1911年至1912年由E.S.Haldance和G.R.T.Ross翻译的两卷本《笛卡尔的哲学著作》；1927年由R.M.Eaton编辑的《笛卡尔选集》。
既然上帝是永恒的，世界上物体的所有变化必须遵循恒定的原则或自然法则。所有的自然法则都是运动的法则。物体的所有差别都可以通过部分之间的关系得到解释：固体是其部分结合起来并保持静止的物体；液体是其部分运动的物体。
我们已经有了关于真正知识的一条基本原理和标准。我们还能知道什么？只要我们面对着上帝骗人这一可能性，任何事物的确定性都是可疑的。但是我们还不知道上帝是否存在，并且如果上帝存在，他不是一个骗子。这一困难必须得到解决。我们的有些观念似乎是天生的，有些观念是我们创造的，这些观念的大部分是我们从外界接受的。我们将有些观念视为外部世界的影响或副本，但是所有这些都可能是幻觉。我心中的一个观念是上帝的观念。既然无不可能产生无，所有存在都必定有其存在的原因，这也是一个自明的命题。而且原因必定至少像结果一样伟大，在原因中必定存在着同结果中一样多的实在。自身包含着更大的实在性并且更加完善的事物不可能是一个较不完善的事物的结果，也不依赖于后者。因此我自己不可能是上帝这一观念的原因，因为我是一个有限的、不完善的存在者，而上帝的观念是一个完善的、无限的存在者的观念。它必定是由一个无限的存在者或者上帝置于我心中，因此上帝必定存在。上帝存在的这个证明并不是安瑟伦的本体论证明，而是一个因果证明，这一证明从存在于我心灵中的完善存在者的观念开始。这一证明并不是认为上帝这一存在者的存在仅仅是因为我们具有上帝的概念，而是因为从这样一个存在者的观念中，我们必然能够推论出上帝的存在，并将其作为我们所具有的观念的原因。这一证明在两个方面不同于本体论的证明：（1）它的出发点并不是作为形式本质的上帝概念，而是在人的心灵中实际存在的上帝观念；（2）它通过因果推论，从上帝的观念推进到上帝自身的存在，并且与本体论证明不同，通过严格的形式推论，从上帝的本质推进到上帝的存在。
笛卡尔的目标是要获得清晰而明确的知识，当我们断定一事物除了是我们所设想的那样之外，不可能是其他情况，我们就获得了关于这一事物的确定知识。我们在数学证明中具有这样的必然知识，如果遵循正确方法，在哲学中也会具有这样的知识。确定性作为真理的一种特性，可以被人们清楚而明确地把握。确定的知识不可能产生自感觉，因为感觉不能向我们显示事物自身，而只能显示它们如何影响我们。颜色、声音、滋味、气味并不属于事物。真正的事物是在去除了感官所归于事物的性质之后的事物，我们只能通过清晰而明确的思维来认识真正的事物。如果我们不能从感觉经验中获得真正的知识，如果真正的知识是从某些基本概念和原则推论出的，那么这些基本概念和原则必定为心灵自身所固有—这些概念和原则是天赋的或者先验的。心灵具有自己的标准或规范，这些标准和规范引导心灵追求真理。只有在经验过程中当心灵将其自身运用到思维中时，知识的原则才能变得明显，但它们在某种程度上一开始就存在。笛卡尔的基本观念是：理性具有其自然的规范；但是他并不确定这些规范如何存在，在这里他又出现了动摇。他有时候用天赋知识来指给心灵以印记的观念或真理，以及心灵在自身内发现的原则，有时候指在人类的经验过程中，灵魂产生这样的知识的天赋能力。洛克对天赋观念学说的抨击使整个问题更加清晰明确，并促使莱布尼茨和康德提出不同形式的唯理论。
第五节 真理和错误
第七节 身心关系
只具有广延的物体被认为是消极的，自身不能移动，因此我们必须求助于上帝，将其作为世界上运动的第一因。“上帝最初创造了物质，同时创造了运动和静止。现在单靠他的聚集作用，上帝在总体上保持着与他当初置于世界的运动量相同的运动量。”这一第一推动者的观点在笛卡尔以及之后为人们广泛接受。这是古老的亚里士多德主义的观点，伽利略和牛顿都接受这一观点。但承认神的干涉意味着放弃机械论，退回到经院哲学，为了确保世界不受神的干涉，笛卡尔主张上帝给予了世界一定的运动量：运动是恒定的。这是能量守恒定律的发端。笛卡尔称为“运动”并具有恒定性的这一物理的量大概是物理学家所称的运动的冲量或数量—是质量和速度的产物。在断定运动的恒定性时，笛卡尔并不是在明显错误地主张：运动的速度是恒定的。物体自身不可能发起或者停止运动，它们也不可能在物质世界增加或减少运动的量，因此运动的数量或者静止必定保持同一。
物体是什么？物体独立于我们的思维而存在，它们的存在并不需要我们的存在。这样一个独立的事物被称为实体。我们可以用实体来指这样的事物：它们的存在并不需要其他事物。实际上，只有这样一个存在者—上帝—在绝对的意义上是实体。严格地说，笛卡尔承认一个绝对的实体—上帝—和两个相对的实体—心灵和物体。这两个相对的实体相互独立而存在，但都依赖于上帝。心灵和物体在根本上彼此不同，我们只有从其属性上了解它们。必然内在于实体的基本特征或特性被称为属性。属性是性质，没有属性，不可设想实体存在，但是属性可以通过不同的方式、样式或者改变形式来展示自己。没有广延，我们不能想象形状，只有在有广延的空间中才有运动，只有在思维的事物中才存在着想象或意志。另一方面，没有形状或者运动，我们可以想象广延，没有想象或者感觉而进行思维。实体不可能改变其属性，但是可以改变其样式：一个物体总是具有广延，但是它的形状不需要保持同一。
像培根一样，笛卡尔坚定地反对旧的权威，强调哲学的实践特征。“哲学是人类所能知道的知识中的完善知识，既是为了指导生活，也是为了健康和发现各种艺术。”但是和培根不同，笛卡尔将数学作为其哲学方法的典范，他不仅提供了人类知识的纲要，而且试图构建一个具有数学确定性的思想体系。在对外在自然的观点上，他赞同新时代伟大的自然科学家们的观点：自然中的一切事物—甚至心理过程和情感—都必须以机械方式进行解释，而无须借助于形式或者本质。同时，他接受了确立已久的唯心主义或者唯灵论哲学的基本原则，试图使它们适用新科学的要求：他的问题是要在机械论同上帝、灵魂和自由观念之间进行调和。
第一节 笛卡尔的问题
笛卡尔将自然欲望和意志之间的所谓冲突解释成运动之间的对立，身体的运动由其精神引起，灵魂的运动由其意志引起，这两种运动同时趋向于激发松果体。每个人都能根据这些冲突的结果来确定其灵魂的强弱。但是如果得到合理控制，所有的灵魂都能够获得绝对的力量以支配其激情。但是灵魂的力量没有真理的知识则不能胜任此项工作。
第九节 天赋观念理论
参考书
我们的善恶主要依赖于在灵魂中并由其激发的内在情感。只要灵魂内存在着满足灵魂的东西，所有来自外部的困扰都不可能伤害它。为了使灵魂获得这一内在的满足，人们需要做的就是严格遵循美德。在这里笛卡尔的伦理学受到了斯多葛学派的影响。斯多葛主义是在文艺复兴时期被普遍接受的伦理学理论，直到近代仍然流行。
[1] 笛卡尔给他的《哲学原理》一书的译者的信，这封信被作为这本书的序言。参见Haldane和Ross译的《笛卡尔的哲学著作》，第一卷，第211页。
我们已经发现了几条自明的真理：我存在；凡是被清晰明确地理解的就是真实的；任何事物皆有原因；原因必须包含着同其结果一样多的实在和完善；上帝是完善的，不可能欺骗我们。但是我们为什么会受骗呢，为什么会犯错误？首先，上帝给予我们辨别真伪的能力不是无限的。其次，错误取决于两个原因的同时存在，这两个原因是认知的能力和选择的能力或自由选择的力量—理解力和意志。只有理解力，我既不能肯定也不能否定某物，而只是理解与我所形成判断有关的观念，在理解力中没有真正的错误。意志本身也不是错误的来源，因为意志在性质上非常充足和完善。错误来源于人类理智的有限和人类意志的无限之间的巨大差异。错误是由于我们在对事物没有充分清晰而明确的认识时，不能限制意志对事物进行判断。意志通过选择虚假而不是真实的，选择恶的而不是善的，从而陷入了错误和罪恶之中。
笛卡尔的著作有：1637年出版的《方法谈》（在一套《哲学论文集》中与《屈光学》《气象学》和《几何学》一起发表）；1641年出版的《第一哲学沉思集》，附有阿诺尔德、霍布斯、伽桑狄等几位学者和其他人的反对意见，并附有笛卡尔本人的反驳；1644年出版的《哲学原理》、1650年出版的《论心灵的各种情感》。其中《方法谈》和《论心灵的各种情感》是用法文写成的。《形而上学的沉思》和《哲学原理》用拉丁文写成。他从1630年开始写《论光》一书，但生前并没有出版，1632年宗教裁判所对伽利略的谴责阻止了这位胆小而爱好和平的哲学家完成此书。这部书和《论人》于1644年才出版；《书信集》于1657年~1667年出版；他的译著于1701年出版。
“这样哲学作为一个整体就像一棵树，这棵树的根部是形而上学，树干是物理学，从树干中长出来的分枝是所有其他科学，可以归结为三个主要部分：医学、力学和伦理学—我是指更高一级和最为完善的道德科学，这一科学预设了对其他科学的完全知识，是最高级的智慧。”[1]
这一方法也必须扩展到哲学上。我们应当从绝对确定的基本原理出发，从清晰自明的命题出发，去获得同样确定的、新的未知真理。在传统的经院哲学中寻找这样的真理是徒劳的。因为在经院哲学中我们除了得到一堆有分歧的意见之外，一无所获。而且我们不可能接受任何只依赖于其他权威的真理，而是必须自己寻求真理，对我们没有清晰明确地理解的东西，永远也不要视为真实的。我们应当警惕不受偏见的影响，不受我们的父母和老师在我们孩提时代灌输给我们的观念的影响。经验发现这些意见中的许多是虚假的，可能全部都是如此。我们也不能相信我们的感觉，因为感觉经常欺骗我们，我们如何能够知道它们与真实事物是相符的？但是我们有可能不确定我们自己的身体和行动是实在吗？是的，即使对此我们也有可能不确定，因为我们经常被欺骗，经常做梦，在梦中我们相信我们面前有实在的东西，但是它们仅仅是幻觉。可能在这一时刻我们正在做梦，我们没有办法在清醒和睡梦之间作出确定的区分。因为就我所知，可能是一个恶魔将我弄成这样以便欺骗我，我给自己描绘的他的世界可能只存在于我的想象中。在我的心灵之外，恶魔的世界可能并不存在。即使数学证明也可以被怀疑，因为我们有时候看到人们在这样的问题上犯错误，将在我们看来是虚假的东西认为是绝对确定的。
身体与心灵截然对立。身体的属性是广延：身体是消极的；心灵的属性是思维：心灵是积极的和自由的。这两种实体绝对不同：心灵完全没有广延，而身体也不能思维。我们不能设想没有思维的心灵：灵魂是思维的东西。就我只是一个能思维而无广延的事物而言，我对自身具有清晰而明确的观念。因此，可以确定的是，我，也就是我据以成为我所是的心灵，与我的身体完全且真正不同，并可以离开身体而存在。我可以清晰而确定地将我自己设想为完整的而没有想象与知觉能力，但是我不可能设想想象与知觉能力而不设想我自己，也即是说，不设想一个理智实体，想象与知觉能力存在于这一实体之中。因此想象与知觉与我自己不同，就像样式与事物不同一样。但笛卡尔认为思想包括意志，很明显也包括那些不是作为身体和心灵结合的结果的更高级的情感。他在《方法谈》中告诉人们，一个思维的事物就是能够怀疑、理解、设想、肯定、否定、意愿、拒绝、想象以及感觉的事物。思想绝不是限制在心灵的理智或者甚至是认知活动上—思想包含了我们现在列为“意识”的所有事物。我清晰地认识到，广延或者形状、局部运动或者任何可归于身体的东西都不属于我作为思维着的事物所具有的本性。我关于自己心灵的知识先于我关于任何物质事物的知识，并且更为确定，因为我可以怀疑物体是否存在，但是我已经认识到我在思维。
我不可能对任何观念表示完全确定。“由此我假设，我所看到的所有事物都是虚假的，我相信我的骗人的记忆呈现给我的所有东西都是不真实的。我以为我没有感觉，物体、形状、广延和位置都不过是我的心灵的虚构。那么还有什么东西可以被认为是真实的？可能在这个世界上没有什么是确定无疑的。”[4]
我所想象的神圣完善者具有不止一个原因，这也是不可思议的。因为如果存在着许多原因，这些原因就不可能是完善的，因为原因要成为完善的，就必须只有一个原因，一个上帝。上帝必须是自因，如果他是另外的存在者的结果，那么那个存在者又是另外的存在者的结果，如此类推，以至无穷。我们会无限倒退，永远也不能到达一个我们据以开始的、对结果的因果解释。
第八节 情感心理学
另外一个需要考虑的问题是外部世界的问题。我们想象在我们之外存在着物体。我们如何知道它们实际上存在？我们具有快乐和痛苦的情感、嗜欲和感觉，我们本能地将其归于物体的原因。但是既然我们的感觉经常欺骗我们，既然我们的欲望和嗜欲经常是误导性的，我们不可能通过这些经验的存在来证明物体的存在。但是，如果上帝在我们心灵中产生了根深蒂固的信念，使我们确信外部世界的存在，一旦这样的世界不存在，他就无法反驳他是一个骗子这一指控。但是我心灵中感觉幻象甚至是幻觉和梦的存在同神圣的善性可以共存，因为上帝已经赋予我理智的力量来消除或者纠正这些谬见。因此，上帝并不是骗子，而是一个真实的存在者，我们的感觉因此必定是由真实的物体而引起。
我也不可能是我自身存在的原因，因为我具有关于完善的观念，如果我创造了我自己，我本应当使自己完善，而且我也能够保全我自己，但事实并非如此。如果是我的父母创造了我，他们也能够保全我，而这也是不可能的。最后，从上帝这一完善的存在者的观念也可以推出上帝的存在。我没有能力想象一个不存在的上帝，也即是说，想象一个存在者具有至上的完善，却没有绝对的完善。这就是为安瑟伦和奥古斯丁所使用的本体论证明。
