从此以后，世俗国家的皇帝和教皇的友好关系就大不如前了。教皇在皇帝的支持下当上教皇以后，最想做的事不是回报皇帝，而是设法摆脱皇帝而独立，进而又要求超越皇帝的权威。皇帝岂能甘心呢？于是，一场历时二百年的皇帝与教皇的大纷争就此上演了。从这个角度看，亨利三世的改革是缺乏预见性的。
安瑟伦是意大利人，担任过坎特伯雷的大主教。在他担任大主教期间，曾严格奉行格里高利七世的原则，并不惜与皇帝产生争执。和奥古斯丁一样，安瑟伦也认为理性应该从属信仰，认为如果没有信仰，就不能理解一切。为此，他说“我相信是因为我要理解”。因为发明了有关上帝存在的“本体论论证”，安瑟伦一举成名。他认为，如果定义上帝为最大可能的思维对象，再假设其中的一个思维对象是不存在的，那么另外一个思维对象就必然是存在的，而且还是最伟大的一个对象。他由此得出结论说，思维对象里最伟大的那个必然是存在的，否则就有可能出现另一个更伟大的对象。所以说，存在着上帝。
教职买卖和蓄妾是所有僧侣改革家一致批评的两大弊端。教会在信徒的捐献下变得异常富有，主教也就拥有了雄厚的财产，因此他们便有财力从掌握主教任命权的国王那里买到主教之职，之后再兜售自己职权内的教职以捞回“成本”。
十一世纪时，改革家掀起了创立教团的风潮。1012年，罗穆阿勒德创立了卡玛勒多力兹教团；1084年和1098年，布鲁诺创立了以严谨闻名的卡尔图斯教团和西多教团。其中，西多教团继承了本尼狄克的教规，成为拥有多个修道院的著名教团，芳腾修道院就属于西多教团。
和以前的基督教哲学家们一样，说安瑟伦属于亚里士多德传统，还不如说他属于柏拉图传统。正是由于这个原因，他身上没有托马斯·阿奎那所谓的经院哲学特征——一般认为，经院哲学的源头是罗塞林。罗塞林比安瑟伦年轻17岁，但在哲学史上的影响却远远超过安瑟伦，因为他标志着一个新的开始。
在改革家看来，这种进步是由纯道德的动机引发的。但在这个动机之外，还有另外一个原本无意识，但后来逐渐明显起来的动机，即以增强僧侣的势力为目的而彻底分开僧侣与俗众。这样一来，教皇与皇帝之间的剧烈冲突就是教会改革胜利的直接结果了。
如果要追溯修道院改革运动的开始时间，那应该是公元910年的事。那一年，自创立以来就一直独立于外界权威（教皇的权威除外）的克吕尼修道院落成了。当时，大部分修道院经济富有但纪律松散，只有克吕尼修道院还保持着尊严与礼法。但仅仅过了两个世纪，克吕尼修道院就丧失了改革热情，退出了教会改革的舞台。
要想取得教会改革的成功，这些改革家需要更多的勇气和魄力，因为他们和他们的信徒最终促使整个教会改革得以实现。不过，无论教会改革家们如何努力，不可否认的是，起初的教皇制改革主要是世俗皇帝的功劳。
1046年，年仅29岁的德意志国王亨利三世来到了意大利，代表俗众掀起了与格里高利六世的斗争。亨利三世是一个虔诚的宗教改革家，立志要杜绝教职买卖现象，因此，他与格里高利六世必不相容。果然，很快他就以买卖教职的罪名废黜了格里高利六世。在废黜了格里高利六世之后，亨利三世又任命日耳曼籍主教苏伊德吉担任教皇，称为克雷芒二世。结果仅仅过了一年，教皇克雷芒二世就死去了。在另一位被推荐为教皇候选人病死之后，亨利三世只好选立他的表兄弟布鲁诺伯爵担任教皇，称利奥九世。和亨利三世一样，利奥九世也是一个虔诚的宗教改革家，他虽然做了很多工作，但没能取得大的成就。1055年，利奥九世逝世，亨利三世又推荐革布哈尔德继承教皇之位，称维克托二世。第二年，亨利三世逝世；又过了一年，维克托二世也死了。
尼古拉二世只当了三年教皇，但这三年却极其重要。为了减轻对皇帝的依赖，他和诺曼人讲和，此外，他还颁布了选立教皇的一项教令。这项教令规定，教皇的人选由六个红衣主教管区的红衣主教选择，然后其他主教再参与讨论，最后由罗马城内的所有僧侣和民众确认。然而，据说，所谓僧侣和市民的确认只是一个形式，实际选举教皇的只是罗马市郊的六个红衣主教。不过，可以肯定的是，皇帝无权参与选举的任何环节，被完全排除在外了。在经历了一场激烈的斗争之后，这项教令终于确立下来。这是教皇脱离皇帝控制的重要步骤。
一般认为，除了教皇赛尔维斯特二世，十世纪没有哲学家。但伴随着十一世纪的到来，在哲学上真正杰出的人物开始逐渐现身了。这其中最具代表性的人物有安瑟伦、罗塞林等人。他们有一个共同的身份，即：都是支持教会改革运动的修道僧。
欧洲首次出现持久而全面的进步是在西罗马帝国灭亡以后的公元十一世纪。这种进步是从修道院的改革开始的，之后又扩展到了教廷和教会。不过，第一批经院哲学家却产生于十一世纪末。
奥古斯丁哲学是安瑟伦哲学的主要源头，因为安瑟伦身上具有的许多柏拉图因素就是从奥古斯丁那里获得的。安瑟伦认可柏拉图的理念，并据此推出了另一个能证明上帝存在的例证。通过这个证明，他宣称他不仅证明了存在着上帝，还证明了三位一体。
与柏拉图相同，人们认识亚里士多德的过程也是一段一段的，因此，截至十二世纪，人们从波伊提乌翻译的《范畴论》和《正谬论》里认识的亚里士多德，已经是全部了。基于这样的认识，人们就认为，亚里士多德仅仅是一个辩证家。不过，这种偏见在中世纪末逐渐得到了修正，但修正关于柏拉图的偏见却推迟到了文艺复兴时期。
1061年，尼古拉二世逝世。此时的亨利四世已经亲政，于是再次就教皇的继承问题与红衣主教们发生了争执。亨利四世认为，他没有承认过尼古拉二世颁布的那部教皇选举教令，因此他拒绝放弃在选举教皇问题上的权力。尽管这场争执持续了三年之久，但亨利四世还是失败了，因为红衣主教们选立了一个品行高尚且经验丰富的人当教皇，他就是亚历山大二世。亚历山大二世死后，格里高利七世成了新的教皇。格里高利七世是历代教皇中最杰出的人物之一。
贩卖赎罪券是教会攫取财物的重要手段。图为中世纪教会贩卖赎罪券的场景
此外，尼古拉二世还规定，以后但凡是通过买卖获得的教职一律无效。这就从根本上杜绝了买卖教职的现象。
在埃及、波斯和巴比伦，祭司是实力强大的独立阶层，但希腊和罗马的祭司却没有这样的地位。原始基督教里，僧侣和俗众之间逐渐产生了区别，这种区别有教义和政治两个方面的内容。在圣礼方面，僧侣有一些神奇的权力，比如帮助俗众举行婚礼、在俗众临终时涂油。
一位中世纪的国王将职位的象征授予一位主教。在教皇尼古拉二世之前，教会教职的任命经常受到世俗政权、贵族的干扰，甚至还有买卖教职的。尼古拉二世颁布敕令规定，世俗皇帝无权干涉教皇的选举，不承认花钱买来的教职。然而，当神圣罗马帝国皇帝亨利四世亲政后，却不承认这一敕令。当时的教皇格里高利七世与他做了坚决的斗争，并取得胜利。他甚至还宣称，教权凌驾于世俗皇权之上，有权废立国王
这一切不仅仅是公开的信条，而且还得到了僧侣和俗众的共同认可。由于僧侣拥有这些神奇的权力，就连那些拥有强大的军队的皇帝都奈何不了他们。不过，这种僧侣的权力还是受到了限制，每当俗界爆发了愤怒的激情和僧侣之间闹起了分裂时，这种限制就越发明显。罗马人并不是特别尊重教皇，在党派斗争时，他们会因为诱惑而毫不犹豫地绑架、拘禁甚至毒杀教皇——至少在教皇格里高利七世之前是这样的。因此，对于僧权而言，加强教会的纪律和建立一个管理教会的统一机构就是不可或缺的了。可喜的是，在十一世纪中期，这些僧侣道德革新的目标终于达到了。
当然，并不是人人都喜欢改革。在尼古拉二世统治期间，就发生过反对改革的斗争。当时，米兰的大主教向尼古拉二世提出要求，希望有一定的独立自主。为此，他和僧侣们联合贵族坚决反对教会改革。恰逢此时，米兰又发生了一些支持僧侣独立运动的暴动。米兰的局势变得非常复杂和危急。于是，尼古拉二世于1059年将彼得·达米安派往米兰，代他处理危机。达米安到了米兰以后，在僧侣集会上发表了反对买卖教职的演讲，并凭借着雄辩的演讲感动了僧侣。于是，僧侣们纷纷低头认罪，并发誓会忠心拥护教皇。
如果说十三世纪之前的中世纪哲学属于柏拉图派，那么就该区分清楚，除了《蒂迈欧篇》，人们认识柏拉图的过程其实是一段一段的，人们视柏拉图为一个宗教哲学家和理念学说倡导者。但如果没有柏拉图，尽管约翰·司各特的大部分柏拉图式观点来自狄奥尼修斯，他也不可能得出这些观点。在中世纪，波伊提乌是柏拉图主义的另一个来源。与近代学者直接从柏拉图著作里获得的见解相比，这种柏拉图主义有些不同，因为它把与宗教没有明显关系的内容几乎都剔除了，即使是在宗教哲学里，它也作了有选择的强调和剔除。
教职买卖改变了教会的人事升迁的主流，从此，升迁凭的不是功绩而是财富。更重要的是，这种行为间接认可了俗界在教会人事升迁方面的权威，使主教从属于世俗国家的统治者。当然，还有很多原因。这些原因使反对教职买卖成了教会改革的一个重要方面。虽然修道僧不能结婚，但世俗僧侣却没有受到禁止结婚法令的约束。因此，蓄妾也成了教会改革的另一个重要方面。
现在，让我们抛开世俗国家的皇帝和教皇之间的恩恩怨怨，把目光转到当时的哲学和哲学家身上吧。
1032年，最后一位通过世袭得到教皇之位的本尼狄克九世即位。当时，这位教皇只有12岁，还是个天真无邪的孩子。然而，令人遗憾的是，随着年龄的增长，本尼狄克九世的荒淫无道也不断增长。后来，这位荒唐的教皇卖掉了教皇之职，过起了结婚生子的生活。买到教皇宝座的是改革家格里高利六世，他获得教皇之位的丑陋手段注定了他不能被世人包容的命运。
亨利三世的继任者是亨利四世，起初，大权由他的母亲阿格尼丝执掌。当时的教皇是司提反十世，但他只当了一年教皇就死了。之后，红衣主教选出了一位教皇，沉寂已久的罗马民众在此时突然觉醒，也利用手中的选举权选出了一位教皇。这样一来，决定权就到了阿格尼丝手中。在阿格尼丝的支持下，红衣主教选出的教皇即位，称尼古拉二世。
