下一位教皇是来自于克吕尼修道院的帕斯卡二世。他继承了格里高利七世和乌尔班二世的事业，并在法兰西和英格兰取得了胜利。当时，帕斯卡二世为了让亨利五世放弃主教叙任权，提出让主教和修道院院长放弃世俗财产的建议，但遭到了主教和修道院院长声势浩大的抗议。亨利五世见有机可趁，便逮捕了帕斯卡二世。帕斯卡二世无奈，只好作出很大的让步。直到1122年，在沃尔姆斯宗教协定中，亨利五世才放弃了主教叙任权。亨利五世同时放弃的，还有对勃艮底和意大利选举主教的管理权。
伦巴底联盟的城市虽然与教皇结盟，但它们在思想方面并不受教皇的影响，还保有非教会性质的世界观。在十二、十三世纪，这些城市的许多人就像宗教改革后的英格兰和荷兰商人那样，持有的观点跟清教徒的异端观点很相似。在这以后，他们对教会的拥护只存在于口头上，在心里却倾向于自由思想家。
然而，实际情况并不是这样。尽管罗马帝国早已衰落了，但在意大利北部城市，出现了一些商业繁荣、文化发达的共和政体社会，就像早期的罗马一样，这些小城先进而富饶。同样，尽管经院哲学家们的确很尊崇亚里士多德，但他们比任何一个阿拉伯人都有独创性，有的人甚至还超过了普罗提诺或奥古斯丁之后的任何哲学家。在政治领域也是如此，显著的独创性无处不在。
十字军第一次远征时，德意志的很多犹太人遭到了屠杀。十字军第三次远征时，这种悲剧又在英格兰上演了。在十字军东征之前，全欧洲与东方的贸易几乎都把持在犹太人手里；十字军东征之后，犹太人被成批地杀死，之前由犹太人把持的贸易权就落在了基督徒手里。
果然，没过多久，阿诺德就鼓动罗马人发动暴乱，并杀死了一位红衣主教。于是，阿德里安四世果断命令罗马教会停止举行任何宗教活动。在基督复活节的前一周，迷信的罗马人屈服了，而阿诺德则被巴巴罗萨的军队烧死。1155年，在群众的抗议声中，阿德里安四世为巴巴罗萨举行了加冕礼。
巴巴罗萨与勃艮第的比阿特丽克丝成婚
1095年，在克莱蒙宗教会议上，乌尔班二世亲自命令十字军进行第一次东征。这件事的结果有好有坏，好处是教皇的权力迅速增强，坏处是大批的犹太人被屠杀了。不过，和前几任教皇相比，乌尔班二世的晚年生活是少有的幸福，因为是在罗马安然度过的。
从表面来看，中世纪有一件怪事，即：人们不知道自己有独创性。就连经院哲学家也是如此，即使他们有了独创性的成果，也总是希望能掩盖住这一切。他们日常所做的工作，无非是引用《圣经》，或者就是先引用柏拉图，再引用亚里士多德。
巴巴罗萨当政时期的教皇是英格兰人阿德里安四世，最初，这位精力充沛的教皇与巴巴罗萨的关系很好，因为罗马同时向他们二位提出了独立的要求。这一次，罗马人作了充分的准备，为此还请了异端者阿诺德支援他们。人们虽然认定阿诺德是异端，但却没有人怀疑他的苦行是否诚心。哈德里安四世的前任就曾给巴巴罗萨写信，提醒他注意阿诺德支援罗马这件事，当时的巴巴罗萨很是气愤。
十二世纪注定是一个令我们很感兴趣的时代，因为发生了很多值得我们关注的事情，主要有：俗世皇帝与教廷的冲突、伦巴底的崛起、十字军东征和经院哲学的发展。无一例外，上述四件趣事全都延续到了十三世纪。不过，在这个世纪，除了十字军走向了灭亡，其他三件事都进入了发展的高峰：教廷取得了决定性胜利，伦巴底获得了稳固的独立，经院哲学也达到了顶峰。而且，这四件事都和教皇及教会权力的增长有着密不可分的联系。第一件事的联系自然不必说，那么后三件——与教皇联合对抗皇帝的是伦巴底，直接发动十字军第一次远征的是教皇乌尔班二世，经院哲学家都是教皇领导下的僧侣。
尽管在与俗世皇帝的斗争中，教皇的权力不断增强，但一旦世俗的皇帝不能对教皇构成威胁时，教皇的权力也会衰落。不过，伦巴底联盟城市的崛起却是经济发展的必然结果。不久之后，这些城市中还产生了一种新的文化，在文学、艺术和科学领域有很高的水平。这些成就的取得，与它们支持教皇而反对巴巴罗萨的战争取得胜利不无关系。
翻译家在十二世纪时翻译出的希腊著作主要有三个来源，分别是君士坦丁堡、帕勒尔摩和投雷多。当时，虽然人们掌握的希腊哲学并不全面，但博学之士已经有了一种认识：希腊哲学还有值得西方发掘的地方。那时的人们曾经很渴望获取全部的古代知识，而实际上正统教义的桎梏并没有多么严重，人们可以著书立说，可以展开讨论，也可以宣布撤销异端学说。对罗马教廷而言，不论教士抱有何种神学方面的异端，他们在政治方面绝对都是正统派。因此，从政治方面看，把初期的经院哲学视为教会争夺权力时的一个衍生物也未尝不可。
在文化上，十字军具有一定的重要性。至少在表面上，十字军东征的目的是宗教性质的，因此由教皇带头发动十字军东征是再自然不过的事，而且，十字军东征的宣传激起的宗教热情，有助于教皇权力的增长。
教皇乌尔班二世在克莱蒙宗教会议上鼓吹派遣军队收复被阿拉伯人占领的圣地耶路撒冷，由此开始了长达一百年，前后六次的十字军东征。通过十字军东征，教皇的权威树立了起来
1157年，阿德里安四世与诺曼人和好如初，之后就和巴巴罗萨决裂了。从此，教皇和皇帝之间的战争又持续了二十多年。在这场战役中，伦巴底联盟自始至终反对皇帝。1162年，巴巴罗萨的军队攻入米兰，并彻底破坏了这座城市。五年后，巴巴罗萨大举进攻罗马，教皇一派形势危急。但是皇帝一派的形势更糟：流行病毁掉了巴巴罗萨的大军，巴巴罗萨单枪匹马地逃回了德意志。1176年，巴巴罗萨与伦巴底联盟进行了雷格纳诺战役。在东罗马皇帝的支持下，伦巴底联盟取得了胜利。之后，巴巴罗萨被迫与伦巴底联盟讲和，给予了他们实质上的自由。但战争的主角——皇帝和教皇，谁也没有取得全面胜利。
与老师罗塞林相比，阿贝拉德更有才华和名望。1079年，阿贝拉德生于南特，他先在布列塔尼的罗什跟着罗塞林，后来去了巴黎，拜师于唯实主义者威廉。然而，他似乎也超越了威廉的学问，因为在巴黎的一所天主教会学校任职时，他就已经能够批驳威廉的观点了。后来，他又投到拉昂人安瑟伦门下专攻神学。
经过这一系列斗争，原本处在皇帝的从属地位上的教皇，终于和皇帝平等了，而且在教皇的选举事务上已经完全摆脱了皇帝的控制。此时的教皇已成了教会的全面统治者，主教的重要性降低了，僧侣的品德也更好了。
狭义地说，早在十二世纪初，经院哲学就开始兴起了。经院哲学有鲜明的特征。一是被哲学家局限在自认为正统的教义之内，在受到教会谴责时，哲学家们就自行放弃了自己的意见，这就像是法官服从上级法院一样；二是十二世纪以后，人们逐渐对亚里士多德有了较为全面的认识，亚里士多德越来越多地被正统教义公认为权威；三是哲学家普遍相信辩证法和三段论法，具有烦琐与好辩的一般气质；第四哲学家突然提出了亚里士多德和柏拉图在共相问题上意见不同这一问题，但这并不说明他们主要关心共相问题。
总体来说，逻辑与认识论这两个方面体现了阿贝拉德的重要性。阿贝拉德认为，逻辑是具有神圣性的基督教科学，因为《约翰福音》说“太初有道”。写于1122年的《是与非》是阿贝拉德最著名的著作。这本书之所以著名，是因为阿贝拉德以辩证的议论维护和反驳了许多论点。从教条的沉睡中唤醒人们是这本书的主要作用。阿贝拉德认为，辩证法是除了《圣经》之外唯一通向真理的道路，尽管经验主义者们不接受这种观点，但它的确很有价值，因为它鼓励人们大胆运用理智，而且还是当时各种偏见的溶解剂。然而，除了阿贝拉德，当时大多数学者都不热衷于辩证法。
欧洲发生教廷与世俗皇帝之间的斗争这一情况，要从教皇格里高利七世算起，直到十二世纪中期才结束。格里高利七世的政策被他的接班人乌尔班二世用更温和的方式继承了下来。起初，为了自身安全，乌尔班二世待在诺曼。1093年，亨利四世被自己的儿子康拉德杀死，乌尔班二世便趁着与康拉德结成同盟的有利时机控制了意大利北部，并得到了以米兰为首的伦巴底联盟的拥戴。第二年，乌尔班二世进行了一次胜利游行，这次游行经过了意大利北部和法兰西全境。那时，法兰西国王腓力一世向乌尔班二世申请离婚，但遭到了斥责，腓力一世无奈，只好臣服于乌尔班二世。
阿贝拉德的人生转折点发生在1113年之后。当时，他认识了教会参事富勒伯特的侄女厄罗伊斯，并与她成了情人。富勒伯特很是气愤，于是就阉割了他。这以后，他隐居到了圣邓尼修道院，而厄罗伊斯则去了一所女修道院。1121年，阿贝拉德在斯瓦桑受到谴责，原因是他的一部关于三位一体的著作背离了正统教义，他被迫撤销了自己的观点。之后，他担任了圣吉尔塔修道院院长。四年之后，他回到了“文明的地方”。1141年，他又在桑斯受到谴责。之后，他住在克吕尼修道院，一年后去世。
写了一本随笔集的撒利斯伯利人约翰并不是一个重要的哲学家，不过因为是教皇哈德里安二世的朋友，晚年还当过沙尔特的主教，因此，他算是十二世纪少有的与教会关系融洽的哲学家。约翰自称是学院派，还说他对世俗皇帝只是有限的尊敬。他认为，尽管逻辑本身是没有生气的，但它依然是学问的良好阶梯。对他而言，“哲人王”是柏拉图，亚里士多德至少在逻辑方面还有改进的空间。他生活的圈子的氛围很像牛津大学30年前的膳后休息室。在他的晚年，教堂、修道院的学校都变成了大学，从那时直到现在，英格兰的大学都是这样的。
这一部分与一位皇帝有关，他就是神圣罗马帝国皇帝腓特烈一世弗里德里希·巴巴罗萨。巴巴罗萨精力充沛而富有才干，受过很好的教育，有相当渊博的古典知识，而且很推崇《罗马法》。尽管他以罗马皇帝的继承者自居，但身为德意志人，他很难赢得意大利人的臣服。虽然伦巴底联盟认可他的统治，但却反对他干涉他们的内部事务。
罗塞林是第一位最正宗的经院哲学家。他是贡比涅人，大约生于1050年，起初在布列塔尼的罗什讲学，1092年的莱姆斯宗教会议指控他为异端，出于对私刑的恐惧，他宣布撤销自己的学说。后来，他去了英格兰，在鲁莽地抨击了安瑟伦以后逃到了罗马。1120年前后，他的事迹就不见于记载了。他的全部著作也遗失了，只保存下来一封写给学生阿贝拉德的信，这是一封论三位一体的信。除了这封信，人们了解他的观点的途径，主要是他与安瑟伦等人论战时写的文章。
不过，十字军东征也带来了一项好处，即促进了基督教世界与君士坦丁堡的学术交流。这种交流造成的结果是，有许多希腊文著作被翻译成了拉丁文。在威尼斯人的带动下，西欧与君士坦丁堡之间的贸易往来加深了。
十字军进入君士坦丁堡
