与当代许多哲学家不同的是，培根很重视实验，并用虹的理论证实了实验的重要。他不仅能写出影响哥伦布的精辟的地理学文章，还是个优秀的数学家。此外，他还论述了透视画法，认为逻辑学没什么用。他认为，愚昧的原因有如下四种：一是受脆弱且不恰当的权威的影响；二是受习惯的影响；三是漠视群众的见解；四是用炫耀外表智慧的方式掩藏愚昧。他认为，产生所有罪恶的根源就是这四种原因，尤其是第四项。
由上面一段论述可以肯定，教皇的地位出现了一次巨大的危机，但事情并没有就此结束，因为有人创造出了一种新的反对教皇的形式，这个人是马西哥利欧（1270—1342年）。马西哥利欧是威廉的密友，但在政治方面比威廉更重要。他认为，立法者应该是人民自己，他们还具有惩罚君主的权力。他还主张，应该在各地成立有世俗民众参加的地方宗教会议，而参加全教会议的人必须是地方宗教会议选举的代表，也只有全教会议才有权施行开除教籍的处分和解释《圣经》。值得注意的是，在这套新形式里，教皇没有任何特权。
马西哥利欧创造新的反对教皇的形式的目的是保存天主教信仰的统一，只不过他不希望借助于教皇的专制实现目的，而是希望通过民主的方式实现目的。不过，这并没有使他实现目的，尽管新教徒们在反对教皇时从宗教会议运动的原则中找到了理论依据，可是当他们获得权利后，大部分情况是用世俗国家的皇帝或国王代替了教皇，不仅个人判断的自由没有得到保障，民主决定教义问题的方式也没有得到保障。
培根有限度地尊重亚里士多德，这表现在总是用“大哲学家”来称呼亚里士多德，但又认为即使是亚里士多德，也没有达到人类智慧的极限。和阿维罗伊一样，培根也认为，在本质上，能动的智力是与灵魂分开的实体。他说翻译的错误是造成亚里士多德著作里有自相矛盾之处的原因。阿维森纳是亚里士多德之后的“哲人王”，但由于阿维森纳没有认识到霓虹的成因，所以他也没能完全明白霓虹现象。培根还总是发表一些带有正统教义味道的言论，但他也以诚恳的语气说，从异教徒那里获得知识并无不可。作为一个优秀的数学家，培根赞扬数学，把数学当做天文学必需的科学和确实性的唯一未经启示的源泉。
托马斯之后最重要的经院哲学家是奥卡姆的威廉。他可能在1290年至1300年之间生于英国苏黎郡的奥卡姆（但也有人说他生于萨里郡的奥卡姆，因此被称为“奥卡姆的威廉”），在1349年或1350年的4月10日逝世。他原本是邓斯·司各特的学生，后来却转变成与邓斯·司各特竞争的人。再后来，他参加了教团与教皇约翰二十二世的斗争，结果于1328年受到开除教籍的处分。他被迫投靠了神圣罗马帝国皇帝路易四世。这个路易四世也和教皇发生过争执，争执的结果令人哭笑不得：在路易四世的控诉下，全教会议指控教皇为异端——后来，威廉在慕尼黑住了下来，以著书立说为乐。1338年，路易四世逝世，之后的威廉也失去了音信。
哲学家的时代在威廉之后就告一段落，至少在威廉之后再没有出现过著名的经院哲学家。下一个哲学家的时代出现在文艺复兴的后期。
与培根相比，禁止他发表著作的波拿文都拉是另一种类型的人。他拥护安瑟伦的本体论论证，因为他继承了安瑟伦的传统。此外，他还相信柏拉图的理念，而且认为只有上帝才能全面认识这些。
波拿文都拉与塞维利亚大主教立安德。波拿文都拉（约1217—1274年），欧洲中世纪经院哲学家、神学家，曾任方济各会总会长、红衣主教等职。他认为信仰无须用理性来论证，上帝的意志是万物的原因和形式，理性与意志属于灵魂，生长与感觉属于肉体
那个时候，英格兰和法兰西逐渐强盛起来，神圣罗马帝国甚至连名义上的“普遍统治权”都失去了。从外表上看，教廷似乎还在继续发展，但事实是已经失去了往日的尊贵地位。十四世纪初，教皇克雷芒五世把教廷迁到了阿维尼翁，从此，在政治上教皇变成了法兰西国王的从属，削弱了对俗世事务影响。
研究特殊问题的学者因为威廉的治学态度而获得了更大的自信，欧利斯姆人尼古拉就是其中一位。热衷于钻研行星理论的尼古拉是威廉的直接追随者，他提出了地球中心论和太阳中心论，从某种程度上讲，他是哥白尼的先驱，然而人们却很难在他和哥白尼之间作出选择，因为尼古拉说，地球中心论和太阳中心论都可以解释那个时代的所有事实。
继续展开弗朗西斯教团对托马斯的争论的是邓斯·司各特。邓斯·司各特是个稳健的实在论者，同时也是个奥古斯丁主义者，但比起波拿文都拉和马太来，他身上所体现出的奥古斯丁主义成分更少、更缓和。他拥护纯洁受胎说，反对托马斯，并因此获得了天主教会和巴黎大学的赞赏。他和托马斯的不同起源于他的哲学中掺杂较多的柏拉图主义。当时，追随邓斯·司各特的人很多，大多数是弗朗西斯教团的僧侣。
波拿文都拉的追随者中最出名的是马太。马太是弗朗西斯教团的僧侣，作过红衣主教，在哲学上比波拿文都拉接触到了更多一些的新兴哲学。他最崇敬的人是“大哲学家”亚里士多德，经常提到的人是阿维森纳，经常引证的人是安瑟伦和狄奥尼修斯，不过，他依据的主要权威是奥古斯丁。他认为，柏拉图的观点是极端错误的，能建立智慧，却建立不了知识。而亚里士多德的错误在于能建立知识，却建立不了智慧。他据此下结论说，低级和高级两种事物、外在物体和理性观念共同导致了知识的产生。
罗吉尔·培根在近代受到的赞扬要比他生前受到的赞扬多，多得甚至超过了他的功绩。与狭义的哲学家相比，他更像一个酷爱数学和科学的博学家。然而，在那个时代，夹杂着妖术和魔法的炼金术也混杂在科学里，培根因此总被怀疑与魔法为伍，并经常为此遭到迫害。1257年，教团总管波拿文都拉不仅让人跟踪监视培根，而且禁止他发表著作。就在此时培根得到了驻英国教皇使节的援助，得以“为教皇利益而写作哲学”。在短短的时间里，他就写了《大著作》、《小著作》和《第三著作》三本书。1271年，他又写了一本主题是抨击僧侣的愚昧无知的《哲学研究纲要》，但这本书给他带来的名望远远不及前面那三本书。1278年，他再次遭到教团总管的谴责，还忍受了长达14年之久的牢狱之灾。出狱后没两年，他便凄惨地死去了。
奥卡姆的威廉（约1285—1349）。英格兰人，十四世纪逻辑学家、圣方济各会修士。他有一句名言“切勿浪费较多东西去做用较少的东西同样可以做好的事情”，这就是著名的“奥卡姆剃刀”原理
了解威廉的纯哲学学说可以依据厄内斯特·伊·穆迪的著作《奥卡姆的威廉的逻辑》。穆迪的这本书采用了“哲学史家有一种用后人的眼光解释前人的倾向”这种不太寻常的观点，但一般而言，这个观点是错误的。威廉是笛卡尔、康德或其他任何一个被人们尊敬的近代哲学家的先驱，但就是这样一个人，也曾被认为导致了经院哲学的崩溃。穆迪认为，恢复纯粹的亚里士多德，或者说让亚里士多德脱离奥古斯丁和阿拉伯人的影响，这才是威廉最关心的事。但事实是，比起威廉，弗朗西斯教团的其他人更是紧紧追随着奥古斯丁。穆迪认为，为了找出一个从经院哲学过渡到近代哲学的道路，近代史学家们才对威廉作了不恰当的解释。
在回答“在人身上感性灵魂与智性灵魂是否完全不同”这一问题时，威廉认为它们确实不同，但这种不同又很难证明。他进而提出了反对神学的四种论证。对这个问题的观点，也许与人们所期望的他的观点有所不同，但不论如何，在这一点上他认同托马斯的观点，即：人的智力属于他自己，而不属于非个人。在这一点上，认可托马斯就意味着反对阿维罗伊。
英国牛津大学博物馆中的罗吉尔·培根塑像。罗吉尔·培根（1214—1294年），英国中世纪哲学家、科学家，提倡经验主义，主张通过实验获取知识
在逻辑层面上，威廉是唯名主义者，被十五世纪的唯名主义者尊为创始人。他认为，由于种种原因（主要有三部分原因，一是奥古斯丁的影响，二是阿维森纳的影响，三是菲尔普斯写就的论亚里士多德《范畴论》的文章的影响），司各特主义者曾误解了亚里士多德。威廉还认为，逻辑是自然哲学的一种工具，可以独立于形而上学之外。按照威廉的说法，关于未来的偶然性事物，还谈不上真伪。他还计划把神的全知与这种观点调合在一起。这就使得逻辑独立于形而上学和神学了。
与多明我教团相比，弗朗西斯教团在严守正统教义方面做的不够好。弗朗西斯教团最重要的三个哲学家是罗吉尔·培根（1214—1294年）、邓斯·司各特（约1270—1308年）和奥卡姆的威廉。此外，波拿文都拉（1221—1274年）和马太（约1235—1302年）也值得注意。
培根把实验作为知识的来源之一，也因为重视实验胜过论证而受到了近代学者的赏识。的确如此，他和典型的经院哲学家们在兴趣和处理问题的方法上有很大的不同。他很像阿拉伯的知识分子，在百科全书式的学术体系方面更是如此。显然，与基督教哲学家给他的影响相比，阿拉伯知识分子给他的影响要更深远。他不仅跟典型的经院哲学家们不同，跟其他中世纪的基督徒哲学家也不同。然而，在当时他却没产生什么影响，而且也不如一般人想象的那样热爱科学。英国人都说火药就是他发明的，其实这是个错误。
由于形而上学和神学与主张钻研逻辑和人类知识并无关联，因此，威廉间接地鼓舞和推动了科学研究。他认为，“假设万物不可理解和人类没有智力之后，再加上一道来自无限的光，就让知识成了可能”这就是奥古斯丁主义者犯的错。尽管在这一点上，他和托马斯各有侧重，但在大体上还是达成了一致。众所周知，托马斯更多的是个神学家，但在逻辑方面，威廉更多地是个世俗哲学家，两人有区别也不难理解。
